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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9406 | |||||||||
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タイトル | TPeA-bound closed MthK channel in nanodisc | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan C / Nimigean CM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Calcium-gated potassium channel blockade via membrane-facing fenestrations. 著者: Chen Fan / Emelie Flood / Nattakan Sukomon / Shubhangi Agarwal / Toby W Allen / Crina M Nimigean / 要旨: Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because ...Quaternary ammonium blockers were previously shown to bind in the pore to block both open and closed conformations of large-conductance calcium-activated potassium (BK and MthK) channels. Because blocker entry was assumed through the intracellular entryway (bundle crossing), closed-pore access suggested that the gate was not at the bundle crossing. Structures of closed MthK, a Methanobacterium thermoautotrophicum homolog of BK channels, revealed a tightly constricted intracellular gate, leading us to investigate the membrane-facing fenestrations as alternative pathways for blocker access directly from the membrane. Atomistic free energy simulations showed that intracellular blockers indeed access the pore through the fenestrations, and a mutant channel with narrower fenestrations displayed no closed-state TPeA block at concentrations that blocked the wild-type channel. Apo BK channels display similar fenestrations, suggesting that blockers may use them as access paths into closed channels. Thus, membrane fenestrations represent a non-canonical pathway for selective targeting of specific channel conformations, opening novel ways to selectively drug BK channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9406.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9406-v30.xml emd-9406.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9406.png | 193.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9406.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9406_validation.pdf.gz | 393 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9406_full_validation.pdf.gz | 392.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9406_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9406_validation.cif.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5bkjMC 9405C 9407C 5bkiC 5bkkC 8djbC 8fz7C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MthK
全体 | 名称: MthK |
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要素 |
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-超分子 #1: MthK
超分子 | 名称: MthK / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) |
-分子 #1: Calcium-gated potassium channel MthK
分子 | 名称: Calcium-gated potassium channel MthK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 37.35616 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV AVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS ...文字列: MVLVIEIIRK HLPRVLKVPA TRILLLVLAV IIYGTAGFHF IEGESWTVSL YWTFVTIATV GYGDYSPSTP LGMYFTVTLI VLGIGTFAV AVERLLEFLI NREQMKLMGL IDVAKSRHVV ICGWSESTLE CLRELRGSEV FVLAEDENVR KKVLRSGANF V HGDPTRVS DLEKANVRGA RAVIVDLESD SETIHCILGI RKIDESVRII AEAERYENIE QLRMAGADQV ISPFVISGRL MS RSIDDGY EAMFVQDVLA EESTRRMVEV PIPEGSKLEG VSVLDADIHD VTGVIIIGVG RGDELIIDPP RDYSFRAGDI ILG IGKPEE IERLKNYISA UniProtKB: Calcium-gated potassium channel MthK |
-分子 #2: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PGW |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-分子 #3: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #4: 1-(tripentyl-$l^{4}-azanyl)pentane
分子 | 名称: 1-(tripentyl-$l^{4}-azanyl)pentane / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: YQ1 |
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分子量 | 理論値: 298.57 Da |
Chemical component information | ChemComp-YQ1: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 52.23 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80904 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |