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- EMDB-9277: Single particle cryoEM structure of a DARPin-aldolase platform in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9277
タイトルSingle particle cryoEM structure of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP
マップデータDARPin-aldolase platform in complex with GFP, Relion Post processed map with B factor -25 angstrom squared
試料
  • 複合体: DARPin-aldolase platform in complex with GFP
    • 複合体: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion
    • 複合体: Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein
キーワードsynthetic construct / platform / single particle cryoEM / small protein display / LYASE-FLUORESCENT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / glycolytic process / protein homotetramerization ...negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase A / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Aequorea victoria (オワンクラゲ) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Weaver SJ / Yao Q
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 082545 米国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Fusion of DARPin to Aldolase Enables Visualization of Small Protein by Cryo-EM.
著者: Qing Yao / Sara J Weaver / Jee-Young Mock / Grant J Jensen /
要旨: Solving protein structures by single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) has become a crucial tool in structural biology. While exciting progress is being made toward the visualization of ...Solving protein structures by single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) has become a crucial tool in structural biology. While exciting progress is being made toward the visualization of small macromolecules, the median protein size in both eukaryotes and bacteria is still beyond the reach of cryo-EM. To overcome this problem, we implemented a platform strategy in which a small protein target was rigidly attached to a large, symmetric base via a selectable adapter. Of our seven designs, the best construct used a designed ankyrin repeat protein (DARPin) rigidly fused to tetrameric rabbit muscle aldolase through a helical linker. The DARPin retained its ability to bind its target: GFP. We solved the structure of this complex to 3.0 Å resolution overall, with 5-8 Å resolution in the GFP region. As flexibility in the DARPin position limited the overall resolution of the target, we describe strategies to rigidify this element.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2018
タイトル: Fusion of DARPin to aldolase enables visualization of small protein by cryoEM
著者: Yao Q / Weaver SJ / Mock JY / Jensen GJ
履歴
登録2018年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月21日-
マップ公開2018年11月21日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mwq
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9277.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DARPin-aldolase platform in complex with GFP, Relion Post processed map with B factor -25 angstrom squared
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.34 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.34 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.34 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8315 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大-0.025016628 - 0.056058165
平均 (標準偏差)0.00006114975 (±0.001124288)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.34 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.83150.83150.8315
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.340299.340299.340
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0250.0560.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP

ファイルemd_9277_half_map_1.map
注釈Half map 1 of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP

ファイルemd_9277_half_map_2.map
注釈Half map 2 of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DARPin-aldolase platform in complex with GFP

全体名称: DARPin-aldolase platform in complex with GFP
要素
  • 複合体: DARPin-aldolase platform in complex with GFP
    • 複合体: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion
    • 複合体: Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescent protein

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超分子 #1: DARPin-aldolase platform in complex with GFP

超分子名称: DARPin-aldolase platform in complex with GFP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 314 KDa

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超分子 #2: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion

超分子名称: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)

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超分子 #3: Green fluorescent protein

超分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1

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分子 #1: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion

分子名称: DARPin, Muscle-type aldolase chimeric fusion / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 53.113434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SGSDLGKKLL EAARAGQDDE VRILMANGAD VNALDRFGLT PLHLAAQRGH LEIVEVLLKC GADVNAADLW GQTPLHLAAT AGHLEIVEV LLKYGADVNA LDLIGKTPLH LTAIDGHLEI VEVLLKHGAD VNAQDKFGKT AFDISIDNGN EDLAEILQKL N LSDIAHRI ...文字列:
SGSDLGKKLL EAARAGQDDE VRILMANGAD VNALDRFGLT PLHLAAQRGH LEIVEVLLKC GADVNAADLW GQTPLHLAAT AGHLEIVEV LLKYGADVNA LDLIGKTPLH LTAIDGHLEI VEVLLKHGAD VNAQDKFGKT AFDISIDNGN EDLAEILQKL N LSDIAHRI VAPGKGILAA DESTGSIAKR LQSIGTENTE ENRRFYRQLL LTADDRVNPC IGGVILFHET LYQKADDGRP FP QVIKSKG GVVGIKVDKG VVPLAGTNGE TTTQGLDGLS ERCAQYKKDG ADFAKWRCVL KIGEHTPSAL AIMENANVLA RYA SICQQN GIVPIVEPEI LPDGDHDLKR CQYVTEKVLA AVYKALSDHH IYLEGTLLKP NMVTPGHACT QKYSHEEIAM ATVT ALRRT VPPAVTGVTF LSGGQSEEEA SINLNAINKC PLLKPWALTF SYGRALQASA LKAWGGKKEN LKAAQEEYVK RALAN SLAC QGKYTPSGQ

UniProtKB: Fructose-bisphosphate aldolase A

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分子 #2: Green fluorescent protein

分子名称: Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 25.473697 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV N FKIRHNIE ...文字列:
SKGEELFTGV VPILVELDGD VNGHKFSVSG EGEGDATYGK LTLKFICTTG KLPVPWPTLV TTLVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMPEGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV N FKIRHNIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSALSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGIT

UniProtKB: Green fluorescent protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Grids were frozen on a manual plunger at the Scripps Research Institute Core Microscopy Facility in a 4 degrees C cold room humidified to >95%..
詳細The protein complex was then purified with Ni-NTA affinity chromatography (Qiagen), and Superdex 200 chromatography (GE healthcare). The purified GFP-DARPin-aldolase complex was concentrated to 2.5mg/ml in a buffer containing 25 mM Tris-HCl pH 8.0 and 150 mM NaCl.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 1133 / #0 - 平均露光時間: 4.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 2.3 e/Å2
#0 - 詳細: All three microscope sessions used grids frozen in the same session. In the first microscopy session the stage was untilted (0 degrees).
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 548 / #1 - 平均露光時間: 4.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 2.3 e/Å2
#1 - 詳細: All three microscope sessions used grids frozen in the same session. In the second microscopy session the stage was untilted (0 degrees).
#2 - Image recording ID: 3
#2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#2 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #2 - デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / #2 - 撮影したグリッド数: 1 / #2 - 実像数: 1180 / #2 - 平均露光時間: 4.0 sec. / #2 - 平均電子線量: 1.1 e/Å2
#2 - 詳細: All three microscope sessions used grids frozen in the same session. In the third microscopy session the stage was tilted to 26 degrees.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
詳細Particles from all three microscopy sessions were processed together.
粒子像選択選択した数: 851776
詳細: Manually picked particles were used to generate references for autopicking. Particles from all three microscopy sessions were processed together. Microscope session 1 - 358,381 particles ...詳細: Manually picked particles were used to generate references for autopicking. Particles from all three microscopy sessions were processed together. Microscope session 1 - 358,381 particles Microscope session 2 - 64,368 particles Microscope session 3 - 402,427 particles
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio initial model generation
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta 2) / 使用した粒子像数: 236339
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta 2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5vy5

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ma6

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5ma6

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細PDB models 5vy5 and 5ma6 were used as starting points. These models were mutated to match the sequence of the DARPin-aldolase platform in complex with GFP that were used. The PDB models were docked into the cryoEM density using Chimera fit into map function. No model refinement was used.
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6mwq:
Single particle cryoEM structure of a DARPin-aldolase platform in complex with GFP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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