+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8814 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / translational elongation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fislage M / Brown Z | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM shows stages of initial codon selection on the ribosome by aa-tRNA in ternary complex with GTP and the GTPase-deficient EF-TuH84A. 著者: Marcus Fislage / Jingji Zhang / Zuben Patrick Brown / Chandra Sekhar Mandava / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / ![]() ![]() 要旨: The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular ...The GTPase EF-Tu in ternary complex with GTP and aminoacyl-tRNA (aa-tRNA) promotes rapid and accurate delivery of cognate aa-tRNAs to the ribosomal A site. Here we used cryo-EM to study the molecular origins of the accuracy of ribosome-aided recognition of a cognate ternary complex and the accuracy-amplifying role of the monitoring bases A1492, A1493 and G530 of the 16S rRNA. We used the GTPase-deficient EF-Tu variant H84A with native GTP, rather than non-cleavable GTP analogues, to trap a near-cognate ternary complex in high-resolution ribosomal complexes of varying codon-recognition accuracy. We found that ribosome complexes trapped by GTPase-deficicent ternary complex due to the presence of EF-TuH84A or non-cleavable GTP analogues have very similar structures. We further discuss speed and accuracy of initial aa-tRNA selection in terms of conformational changes of aa-tRNA and stepwise activation of the monitoring bases at the decoding center of the ribosome. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.7 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 81.9 KB 81.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 178.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 240.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 15.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 191.3 MB 191.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5we4MC ![]() 8813C ![]() 8815C ![]() 8826C ![]() 8828C ![]() 8829C ![]() 5wdtC ![]() 5we6C ![]() 5wf0C ![]() 5wfkC ![]() 5wfsC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_8814_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_8814_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp
+超分子 #1: 70S ribosome-EF-Tu (H84A) in complex with GppNHp
+分子 #1: 23S rRNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #34: 16S rRNA
+分子 #55: tRNA-fMet
+分子 #56: mRNA
+分子 #57: Phe-tRNA-Phe
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L9
+分子 #9: 50S ribosomal protein L11
+分子 #10: 50S ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: 50S ribosomal protein L15
+分子 #13: 50S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: 50S ribosomal protein L18
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L20
+分子 #18: 50S ribosomal protein L21
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #22: 50S ribosomal protein L25
+分子 #23: 50S ribosomal protein L27
+分子 #24: 50S ribosomal protein L28
+分子 #25: 50S ribosomal protein L29
+分子 #26: 50S ribosomal protein L30
+分子 #27: 50S ribosomal protein L32
+分子 #28: 50S ribosomal protein L33
+分子 #29: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #32: 50S ribosomal protein L10
+分子 #33: 50S ribosomal protein L31
+分子 #35: 30S ribosomal protein S2
+分子 #36: 30S ribosomal protein S3
+分子 #37: 30S ribosomal protein S4
+分子 #38: 30S ribosomal protein S5
+分子 #39: 30S ribosomal protein S6
+分子 #40: 30S ribosomal protein S7
+分子 #41: 30S ribosomal protein S8
+分子 #42: 30S ribosomal protein S9
+分子 #43: 30S ribosomal protein S10
+分子 #44: 30S ribosomal protein S11
+分子 #45: 30S ribosomal protein S12
+分子 #46: 30S ribosomal protein S13
+分子 #47: 30S ribosomal protein S14
+分子 #48: 30S ribosomal protein S15
+分子 #49: 30S ribosomal protein S16
+分子 #50: 30S ribosomal protein S17
+分子 #51: 30S ribosomal protein S18
+分子 #52: 30S ribosomal protein S19
+分子 #53: 30S ribosomal protein S20
+分子 #54: 30S ribosomal protein S21
+分子 #58: Elongation factor Tu 2
+分子 #59: MAGNESIUM ION
+分子 #60: POTASSIUM ION
+分子 #61: N-FORMYLMETHIONINE
+分子 #62: PHENYLALANINE
+分子 #63: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
+分子 #64: water
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.00933 kPa 詳細: grids were manually coated with gold and the carbon support was removed by glow discharge. gas mixture: 20% hydrogen/80% oxygen power: 15 W | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 5 second blot time, no wait time. | |||||||||||||||||||||
詳細 | 300 nM 70S ribosome in final mixture |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 51020 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2844 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 84 |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-5we4: |