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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8795 | |||||||||
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タイトル | SpoIIIAG stage III sporulation engulfment assembly protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Secretion system / Sporulation channel / Ring Building Motif (RBM) / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | Sporulation stage III, protein AG / membrane => GO:0016020 / Stage III sporulation engulfment assemblyprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) / Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeytuni N / Hong C | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Near-atomic resolution cryoelectron microscopy structure of the 30-fold homooligomeric SpoIIIAG channel essential to spore formation in . 著者: Natalie Zeytuni / Chuan Hong / Kelly A Flanagan / Liam J Worrall / Kate A Theiltges / Marija Vuckovic / Rick K Huang / Shawn C Massoni / Amy H Camp / Zhiheng Yu / Natalie C Strynadka / 要旨: Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the ...Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the forespore, surrounding it with two bilayer membranes. During the engulfment process, an essential channel, the so-called feeding tube apparatus, is thought to cross both membranes to create a direct conduit between the mother cell and the forespore. At least nine proteins are required to create this channel, including SpoIIQ and SpoIIIAA-AH. Here, we present the near-atomic resolution structure of one of these proteins, SpoIIIAG, determined by single-particle cryo-EM. A 3D reconstruction revealed that SpoIIIAG assembles into a large and stable 30-fold symmetric complex with a unique mushroom-like architecture. The complex is collectively composed of three distinctive circular structures: a 60-stranded vertical β-barrel that forms a large inner channel encircled by two concentric rings, one β-mediated and the other formed by repeats of a ring-building motif (RBM) common to the architecture of various dual membrane secretion systems of distinct function. Our near-atomic resolution structure clearly shows that SpoIIIAG exhibits a unique and dramatic adaptation of the RBM fold with a unique β-triangle insertion that assembles into the prominent channel, the dimensions of which suggest the potential passage of large macromolecules between the mother cell and forespore during the feeding process. Indeed, mutation of residues located at key interfaces between monomers of this RBM resulted in severe defects both in vivo and in vitro, providing additional support for this unprecedented structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8795.map.gz | 9.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8795-v30.xml emd-8795.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8795.png | 211.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-8795.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8795 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8795_validation.pdf.gz | 461 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8795_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8795_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_8795_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8795 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8795 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SpoIIIAG
全体 | 名称: SpoIIIAG |
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要素 |
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-超分子 #1: SpoIIIAG
超分子 | 名称: SpoIIIAG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: residues 55-229 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 580 KDa |
-分子 #1: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
分子 | 名称: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 19.729086 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMKTENAK TITAVSSQHS ADSKEKTAEV FKASKSDKPK DSIDDYEKEY ENQLKEILET IIGVDDVSVV VNVDATSLKV YEKNKSNKN TTTEETDKEG GKRSVTDQSS EEEIVMIKNG DKETPVVVQT KKPDIRGVLV VAQGVDNVQI KQTIIEAVTR V LDVPSHRV AVAPKKIKED S UniProtKB: Stage III sporulation engulfment assemblyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 13 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
詳細 | Cs corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2876 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.9 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |