+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8582 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 by Cryo-EM | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of HIV-1 capsid protein and spacer peptide-1 (CA-SP1) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang P / Randall S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Quenching protein dynamics interferes with HIV capsid maturation. 著者: Mingzhang Wang / Caitlin M Quinn / Juan R Perilla / Huilan Zhang / Randall Shirra / Guangjin Hou / In-Ja Byeon / Christopher L Suiter / Sherimay Ablan / Emiko Urano / Theodore J Nitz / ...著者: Mingzhang Wang / Caitlin M Quinn / Juan R Perilla / Huilan Zhang / Randall Shirra / Guangjin Hou / In-Ja Byeon / Christopher L Suiter / Sherimay Ablan / Emiko Urano / Theodore J Nitz / Christopher Aiken / Eric O Freed / Peijun Zhang / Klaus Schulten / Angela M Gronenborn / Tatyana Polenova / 要旨: Maturation of HIV-1 particles encompasses a complex morphological transformation of Gag via an orchestrated series of proteolytic cleavage events. A longstanding question concerns the structure of ...Maturation of HIV-1 particles encompasses a complex morphological transformation of Gag via an orchestrated series of proteolytic cleavage events. A longstanding question concerns the structure of the C-terminal region of CA and the peptide SP1 (CA-SP1), which represents an intermediate during maturation of the HIV-1 virus. By integrating NMR, cryo-EM, and molecular dynamics simulations, we show that in CA-SP1 tubes assembled in vitro, which represent the features of an intermediate assembly state during maturation, the SP1 peptide exists in a dynamic helix-coil equilibrium, and that the addition of the maturation inhibitors Bevirimat and DFH-055 causes stabilization of a helical form of SP1. Moreover, the maturation-arresting SP1 mutation T8I also induces helical structure in SP1 and further global dynamical and conformational changes in CA. Overall, our results show that dynamics of CA and SP1 are critical for orderly HIV-1 maturation and that small molecules can inhibit maturation by perturbing molecular motions. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8582.map.gz | 428.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-8582-v30.xml emd-8582.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8582_fsc.xml | 17.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8582.png | 257 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8582 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8582_validation.pdf.gz | 287.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_8582_full_validation.pdf.gz | 286.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8582_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8582 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8582 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM structure of HIV-1 capsid protein and spacer peptide-1 (CA-SP1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 CA-SP1
全体 | 名称: HIV-1 CA-SP1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: HIV-1 CA-SP1
超分子 | 名称: HIV-1 CA-SP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1
分子 | 名称: HIV-1 Capsid Protein and spacer peptide 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 24.654268 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF ...文字列: PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF YKTLRAEQAS QEVKNWMTET LLVQNANPDC KTILKALGPG ATLEEMMTAC QGV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 実像数: 200 / 平均電子線量: 23.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 59000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
得られたモデル | PDB-5up4: |