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- EMDB-8149: Cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initia... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8149
タイトルCryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex in the P-INconformation
マップデータNone
試料
  • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: x 1種
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
キーワードtranscription
機能・相同性
機能・相同性情報


translation reinitiation / selenocysteine metabolic process / selenocysteine incorporation / selenocysteine insertion sequence binding / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity ...translation reinitiation / selenocysteine metabolic process / selenocysteine incorporation / selenocysteine insertion sequence binding / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / translation elongation factor activity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational initiation / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Ribosomal protein S27ae / Translation initiation factor 2, gamma subunit / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Translation factor SUI1 homolog, archaea / Archaeal/bacterial translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2, beta subunit / Ribosomal protein S27ae / Translation initiation factor 2, gamma subunit / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / S1 domain profile. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Protein translation factor SUI1 homolog / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Protein translation factor SUI1 homolog / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS31 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Translation initiation factor 2 subunit beta / Translation initiation factor 2 subunit alpha / Translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS19 / Translation initiation factor 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Pyrococcus (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.34 Å
データ登録者COUREUX P-D / SCHMITT E
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM study of start codon selection during archaeal translation initiation.
著者: Pierre-Damien Coureux / Christine Lazennec-Schurdevin / Auriane Monestier / Eric Larquet / Lionel Cladière / Bruno P Klaholz / Emmanuelle Schmitt / Yves Mechulam /
要旨: Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal ...Eukaryotic and archaeal translation initiation complexes have a common structural core comprising e/aIF1, e/aIF1A, the ternary complex (TC, e/aIF2-GTP-Met-tRNA) and mRNA bound to the small ribosomal subunit. e/aIF2 plays a crucial role in this process but how this factor controls start codon selection remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of the full archaeal 30S initiation complex showing two conformational states of the TC. In the first state, the TC is bound to the ribosome in a relaxed conformation with the tRNA oriented out of the P site. In the second state, the tRNA is accommodated within the peptidyl (P) site and the TC becomes constrained. This constraint is compensated by codon/anticodon base pairing, whereas in the absence of a start codon, aIF2 contributes to swing out the tRNA. This spring force concept highlights a mechanism of codon/anticodon probing by the initiator tRNA directly assisted by aIF2.
履歴
登録2016年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月7日-
マップ公開2016年12月7日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5jbh
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8149.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 348 pix.
= 389.76 Å		1.12 Å/pix.
x 348 pix.
= 389.76 Å		1.12 Å/pix.
x 348 pix.
= 389.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.11587982 - 0.18483302
平均 (標準偏差)0.0010275262 (±0.008826057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 389.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z348348348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z389.760389.760389.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS348348348
D min/max/mean-0.1160.1850.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 30S archaeal translation initiation complex

全体名称: 30S archaeal translation initiation complex
要素
  • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL30
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS14
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS28
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS27
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS2
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS24
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS27
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein uS8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eS8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein SX
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein eL41
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • タンパク質・ペプチド: aIF1
      • タンパク質・ペプチド: aIF1A
      • タンパク質・ペプチド: aIF2-gamma
      • タンパク質・ペプチド: aIF2-beta
      • タンパク質・ペプチド: aIF2-alpha
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
    • 複合体: 30S archaeal translation initiation complex
      • RNA: mRNA
  • リガンド: METHIONINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: 30S archaeal translation initiation complex

超分子名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
分子量理論値: 982 KDa

+
超分子 #2: 30S archaeal translation initiation complex

超分子名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#29
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #3: 30S archaeal translation initiation complex

超分子名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #31, #33-#36
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

+
超分子 #4: 30S archaeal translation initiation complex

超分子名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #32
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: 30S archaeal translation initiation complex

超分子名称: 30S archaeal translation initiation complex / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #30
由来(天然)生物種: Pyrococcus (古細菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1
詳細: 16S model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 492.800781 KDa
配列文字列: GUACUCCCUU UAAUUCCGGU UGAUCCUGCC GGAGGCCACU GCUAUGGGGG UCCGACUAAG CCAUGCGAGU CAAGGGGGCG UCCCUUCUG GGACGCCACC GGCGGACGGC UCAGUAACAC GUCGGUAACC UACCCUCGGG AGGGGGAUAA CCCCGGGAAA C UGGGGCUA ...文字列:
GUACUCCCUU UAAUUCCGGU UGAUCCUGCC GGAGGCCACU GCUAUGGGGG UCCGACUAAG CCAUGCGAGU CAAGGGGGCG UCCCUUCUG GGACGCCACC GGCGGACGGC UCAGUAACAC GUCGGUAACC UACCCUCGGG AGGGGGAUAA CCCCGGGAAA C UGGGGCUA AUCCCCCAUA GGCCUGGGGU ACUGGAAGGU CCCCAGGCCG AAAGGGAGCC GUAAGGCCCG CCCGAGGAUG CG GCGGCGG CCGAUUAGGU AGUUGGUGGG GUAACGGCCC ACCAAGCCGA AGAUCGGUAC GGGCCGUGAG AGCGGGAGCC CGG AGAUGG ACACUGAGAC ACGGGUCCAG GCCCUACGGG GCGCAGCAGG CGCGAAACCU CCGCAAUGCG GGAAACCGCG ACGG GGGGA CCCCCAGUGC CGUGCCUCUG GCACGGCUUU UCCGGAGUGU AAAAAGCUCC GGGAAUAAGG GCUGGGCAAG GCCGG UGGC AGCCGCCGCG GUAAUACCGG CGGCCCGAGU GGUGGCCACU AUUAUUGGGC CUAAAGCGGC CGUAGCCGGG CCCGUA AGU CCCUGGCGAA AUCCCACGGC UCAACCGUGG GGCUCGCUGG GGAUACUGCG GGCCUUGGGA CCGGGAGAGG CCGGGGG UA CCCCCGGGGU AGGGGUGAAA UCCUAUAAUC CCGGGGGGAC CGCCAGUGGC GAAGGCGCCC GGCUGGAACG GGUCCGAC G GUGAGCGCGG AAGGCCAGGG GAGCGAACCG GAUUAGAUAC CCGGGUAGUC CUGGCUGUAA AGGAUGCGGG CUAGGUGUC GGGCGAGCUU CGAGCUCGCC CGGUGCCGUA GGGAAGCCGU UAAGCCCGCC GCCUGGGGAG UACGGCCGCA AGGCUGAAAC UUAAAGGAA UUGGCGGGGG AGCACUACAA GGGGUGGAGC GUGCGGUUUA AUUGGAUUCA ACGCCGGGAA CCUCACCGGG G GCGACGGC AGGAUGAAGG CCAGGCUGAA GGUCUUGCCG GACGCGCCGA GAGGAGGUGC AUGGCCGCCG UCAGCUCGUA CC GUGAGGC GUCCACUUAA GUGUGGUAAC GAGCGAGACC CGCGCCCCCA GUUGCCAGUC CCUCCCGCUC GGGAGGGAGG CAC UCUGGG GGGACUGCCG GCGAUAAGCC GGAGGAAGGG GCGGGCGACG GUAGGUCAGU AUGCCCCGAA ACCCCCGGGC UACA CGCGC GCUACAAUGG GCGGGACAAU GGGACCCGAC CUCGAAAGGG GAAGGGAAUC CCCUAAACCC GCCCUCAGUU CGGAU CGCG GGCUGCAACU CGCCCGCGUG AAGCUGGAAU CCCUAGUACC CGCGUGUCAU CAUCGCGCGG CGAAUACGUC CCUGCU CCU UGCACACACC GCCCGUCACU CCACCCGAGC GGAGUCCGGG UGAGGCCUGA UCUCCUUCGG GAGGUCAGGU CGAGCCC GG GCUCCGUGAG GGGGGAGAAG UCGUAACAAG GUAACCGUAG GGGAACCUAC GGCUCGAUCA CCUCCUAUCG CCGGAA

+
分子 #30: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus (古細菌)
分子量理論値: 8.394025 KDa
配列文字列:
AUUUGGAGGU GAUUUAAAUG CCAAAG

+
分子 #32: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)

分子名称: initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
タイプ: rna / ID: 32
詳細: tRNA model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 24.488629 KDa
配列文字列:
GCGGGGUGGA GCAGCCUGG(H2U) AGCUCGUCGG G(OMC)UCAUAACC CGAAGAUCGU CGG(5MU)UCAAAU CCGGCCCC C GCUACCA

+
分子 #2: 30S ribosomal protein uS3

分子名称: 30S ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: 30S ribosomal protein uS3 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 23.464352 KDa
配列文字列: MAIERYFIRE AVREMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYAALRA IMNNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSIRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ...文字列:
MAIERYFIRE AVREMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVIIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYAALRA IMNNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSIRFYQG YLAKVGNPAE T LVSKGYAQ ALLKLGVIGV KVAIMPPGAR LPDEIEIIEK PVEEEVVSNE AE

+
分子 #3: 50S ribosomal protein uL30

分子名称: 50S ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: 50S ribosomal protein L7AE model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 13.414664 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPKELAEKAL QAVEIARDTG KIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYIYV PSKKELGAA AGIEVAAASV AIIEPGKARD LVEEIAMKVK ELMK

+
分子 #4: 30S ribosomal protein uS10

分子名称: 30S ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: 30S ribosomal protein uS10 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 11.769689 KDa
配列文字列:
MQKARIKIAS TNVRSLDEVA NQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRITTR KSPDGEGSAT FDRWELRVHK RLIDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

+
分子 #5: 30S ribosomal protein uS13

分子名称: 30S ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: 30S ribosomal protein uS13 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 16.948904 KDa
配列文字列:
MANFRHIVRV AGVDLDGNKQ LRWALTAIKG IGINFATMVC RVAGLDPFMK AGYLTDEQVK KIEEILADPV AHGIPRWAVN RPKDYETGR DLHLITAKLD MAIREDIMRL RRIRAYRGIR HELGLPVRGQ RTRSNFRRGQ TVGVSRKKK

+
分子 #6: 30S ribosomal protein uS14

分子名称: 30S ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: 30S ribosomal protein uS14 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 6.634046 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CIRCGQYGPI IRIQGLMLCR HCFREVAPKL GFRKYE

+
分子 #7: 30S ribosomal protein eS17

分子名称: 30S ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: 30S ribosomal protein eS17 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 7.942465 KDa
配列文字列:
MGKIRQGFIK RVARELVNKY PNEFTTDFEH NKKKVQELTN VTSKKIRNRI AGYVTKLVRM KMEGKIL

+
分子 #8: 30S ribosomal protein uS19

分子名称: 30S ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8
詳細: 30S ribosomal protein uS19 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 15.357399 KDa
配列文字列:
MARKEFRYRG YTLEQLMNMS LEELARLFPA RQRRSLKRGL TPEQKKLLRK IRLAKKGKYK KPIRTHCRDM IILPEMVGLT IYVHNGKEF VPVEIKPEMI GHYLGEFAPT RKKVEHGAPG VGATRSSMFV AVK

+
分子 #9: 30S ribosomal protein eS19

分子名称: 30S ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: 30S ribosomal protein eS19 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 17.394236 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAQRL KEIPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASILR RVYLDGPVGI ERLRTYYGGR KNRGHAPEK FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVEKVPGKGR VITPKGRSFL DKIATELKKE LEEIIPELKK Y

+
分子 #10: 30S ribosomal protein eS28

分子名称: 30S ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10
詳細: 30S ribosomal protein eS28 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 8.116332 KDa
配列文字列:
MAEDEGYPAE VIEIIGRTGT TGDVTQVKVR ILEGRDKGRV IRRNVRGPVR IGDILILRET EREAREIKSR R

+
分子 #11: 30S ribosomal protein eS27

分子名称: 30S ribosomal protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11
詳細: 30S ribosomal protein eS27 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 5.864958 KDa
配列文字列:
MGQKWKLYEI KDGKVIRKNK FCPRCGPGVF MADHGDRWAC GKCGYTEWKK

+
分子 #12: 30S ribosomal protein uS7

分子名称: 30S ribosomal protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12
詳細: 30S ribosomal protein uS5 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 24.701791 KDa
配列文字列: MAKPLNERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEQRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ...文字列:
MAKPLNERFF IPHEIKVMGR WSTEDVEVRD PSLKPYINLE PRLLPHTHGR HAKKHFGKAN VHIVERLINK IMRSGGSHYK VAGHFMRRE HRSLNSKKVK AYEVVKEAFK IIEQRTGKNP IQVLVWAIEN AAPREDTTSV MFGGIRYHVA VDISPMRRLD V ALRNIALG ASAKCYRNKM SFAEALAEEI ILAANKDPKS YAYSKKLEIE RIAESSR

+
分子 #13: 30S ribosomal protein uS9

分子名称: 30S ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: 30S ribosomal protein uS9 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 15.317932 KDa
配列文字列:
MRIIQTTGKR KTAIARAVIR EGKGRVRING KPVEIIEPEI ARFTILEPLI LAGEEIWNSV DIDVKVEGGG FMGQAEAARM AIARALVEW TGDMSLKEKF MKYDRTMLVG DPRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

+
分子 #14: 30S ribosomal protein uS11

分子名称: 30S ribosomal protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: 30S ribosomal protein uS11 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 14.75695 KDa
配列文字列:
MSEEQVNIKK KEKWGIAHIY SSFNNTIIHI TDITGAETIS RWSGGMVVKA DRDEPSPYAA MLAARRAAEE ALEKGIVGVH IRVRAPGGS KSKTPGPGAQ AAIRALARAG LKIGRVEDVT PIPHDGTRPK GGRRGRRV

+
分子 #15: 30S ribosomal protein uS12

分子名称: 30S ribosomal protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15
詳細: 30S ribosomal protein uS12 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 16.477621 KDa
配列文字列:
MPGKKAPNGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSGMR KAVRVQLIKN GKVVTAFCP GDGAIKFIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

+
分子 #16: 30S ribosomal protein uS15

分子名称: 30S ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16
詳細: 30S ribosomal protein uS15 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 18.640025 KDa
配列文字列:
MARMHARKRG KSGSKRPPRT APPIWVEYTV EEIENLVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PSVKLFKDPD NPNRNLTITR ILEKHGLAP EIPEDLMFLI RRAVNLRKHL EQHPKDLHSM RGLQLIESKI RRLVKYYKRK GKLPKNWRYD PETAKLLVR

+
分子 #17: 30S ribosomal protein uS17

分子名称: 30S ribosomal protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17
詳細: 30S ribosomal protein uS17 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 13.296521 KDa
配列文字列:
MMRDIGLRVQ PPAEKCDDPK CPWHGNLKIH GRVFEGIVVS DKPRKTVTVE RQYYFYLNKY ERYELRRSKI HAHNPPCINA KVGDKVLIA ETRPLSKTKH FVVVAVLERA EERR

+
分子 #18: 30S ribosomal protein uS3

分子名称: 30S ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18
詳細: 30S ribosomal protein uS3 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 22.984107 KDa
配列文字列: MAAKRATTTR DKWKLKQWYI IYAPDFFGGV EVGLTPADDP EKVLNRVVEV TLKDVTGDFT KSHVKLYFQV YDVKGQNAYT KFKGMKLAR SYIRSLVRRK TTRIDGIFNI TTKDGYKLRV MAMAIAMRRI QTSQERAIRK IMQEIIYKKA EELNFKDFVL E SVNGKIAA ...文字列:
MAAKRATTTR DKWKLKQWYI IYAPDFFGGV EVGLTPADDP EKVLNRVVEV TLKDVTGDFT KSHVKLYFQV YDVKGQNAYT KFKGMKLAR SYIRSLVRRK TTRIDGIFNI TTKDGYKLRV MAMAIAMRRI QTSQERAIRK IMQEIIYKKA EELNFKDFVL E SVNGKIAA EIAKEAKKIY PLRKAEIRKI KVLEEPQVIA

+
分子 #19: 30S ribosomal protein uS2

分子名称: 30S ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19
詳細: 30S ribosomal protein uS2 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 23.039861 KDa
配列文字列: MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA KFEPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVLIVTD PRADHQAMRE AVEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY ...文字列:
MADEYLVPLD QYLAAGVHIG TQQKTKDMKK FIYRVRQDGL YVLDVRKTDE RLKVAGKFLA KFEPQSILAV SVRLYGQKPV KKFGEVTGA RAIPGRFLPG TMTNPAVKNF FEPDVLIVTD PRADHQAMRE AVEIGIPIVA LVDTENLLSY VDLAIPTNNK G RKALALIY WILAREILYN RGEIQSREDF KIPVEEFEMK IVRR

+
分子 #20: 30S ribosomal protein eS24

分子名称: 30S ribosomal protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20
詳細: 30S ribosomal protein eS24 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 11.698564 KDa
配列文字列:
MEIRIKEIKE NKLIGRKEIY FEIYHPGEPT PSRKDVKGKL VAMLDLNPET TVIQYIRSYF GSYISKGYAK AYDSKERMLY IEPEYILIR DGLIEKKEGE

+
分子 #21: 30S ribosomal protein eS27

分子名称: 30S ribosomal protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21
詳細: 30S ribosomal protein eS27 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 6.888388 KDa
配列文字列:
MAKPIIPMPR SRFLRVKCID CGNEQIVFSH PATKVRCLIC GATLVEPTGG KGIVKAKILE VLE

+
分子 #22: 30S ribosomal protein uS4

分子名称: 30S ribosomal protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22
詳細: 30S ribosomal protein uS4 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 21.38191 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPPHPWIK ERLDRERVLM DKYELKNKKE LWKHETQLKN FRRRARRLLA ARGKQAEIER EQLLARLKRL GLLPEDAVL DDVLSLTIED ILERRLQTIV YKKGLARTMR QARQLIVHGH IEVNGQIIRS PSYLVLKEEE DTITYARTSP F ANPQHPER MMIEKAKQGG EA

+
分子 #23: 30S ribosomal protein eS4

分子名称: 30S ribosomal protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23
詳細: 30S ribosomal protein eS4 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 28.197023 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEDE AFIKPLRIRN KRMIKGARVQ LNFHDGTNHI VSIAEKDNYF T SYTVLMKV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IERKAYKWAV RPRPGPHNMR TSIPLLYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK FLVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEDE AFIKPLRIRN KRMIKGARVQ LNFHDGTNHI VSIAEKDNYF T SYTVLMKV PEREILEVLP FEKGAYVFVT QGKNVARKGR IVEIKRFPMG WPDVVTIEDE EGELFDTLKE YAFVVGTDKP KI SLP

+
分子 #24: 30S ribosomal protein uS5

分子名称: 30S ribosomal protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24
詳細: 30S ribosomal protein uS5 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 26.590891 KDa
配列文字列: MSQEWKEYAK RVLDEWEPKT KLGMMVKEGQ ITDIHEIFRR GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEVLDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGKEVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFAVEGKE GSVRVRLIPG P RGLGLVIG ...文字列:
MSQEWKEYAK RVLDEWEPKT KLGMMVKEGQ ITDIHEIFRR GYQIKEPEII DVLLPEVNAR ENQEVLDIAL TVRMTDSGRR VRFRVLAAV GNRDGYVGLG IGHGKEVGIA IRKAINYAKL NIIEIKRGCG SWECRCRRPH SVPFAVEGKE GSVRVRLIPG P RGLGLVIG DVGKKILRLA GVQDVWSQTF GETRTTVNFA KAVFNALYNT NRVAISPEMI ERYGIVVGRA MPTTFTLE

+
分子 #25: 30S ribosomal protein eS6

分子名称: 30S ribosomal protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25
詳細: 30S ribosomal protein eS6 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 14.00233 KDa
配列文字列:
MATFKLVISD PKSGIAKQVE ITGAETEKLI GKRIGDQIPA KELNINLNEL FGKEFPEDVK LEIRGGTDKD GFPMRPDIHG PRRVRVLLS KGPGFRPKEK GERRKKTVRG NTISPEIVQV NVKLVY

+
分子 #26: 30S ribosomal protein uS8

分子名称: 30S ribosomal protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26
詳細: 30S ribosomal protein uS8 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 14.684174 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKREVYIKPA SKLIGEVLRV MQKYGYIGEF EFIDDGRAGV YRVQLLGRIN KAGAIKPRFP VKVSEFEKW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMSHKEAIEK GIGGRLIAYV Y

+
分子 #27: 30S ribosomal protein eS8

分子名称: 30S ribosomal protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27
詳細: 30S ribosomal protein eS8 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 14.293733 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLK KPSGGRIVLA RKKRKRELGR EPSNTRVAEQ DKRKIIRTYG GNRKVRLTAA AYANVFDKSG KGRKVRIIRV IENPANRQF ARRNIITKGA IIETEIGKAK VTSRPGQDGV VNAILLEE

+
分子 #28: 30S ribosomal protein SX

分子名称: 30S ribosomal protein SX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28
詳細: 30S ribosomal protein SX model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 4.868993 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #29: 30S ribosomal protein eL41

分子名称: 30S ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29
詳細: 30S ribosomal protein eL41 model from Pyrococcus furiosus (PDB code 4V6U) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 3.050834 KDa
配列文字列:
MRWKWIKKRI RRLKRQRKKE RG

+
分子 #31: aIF1

分子名称: aIF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 11.621787 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEICPRCGL PKELCVCEEI AKEEQKIKIY VTKRRFGKLM TIIEGFDTSV IDLKELAKKL KDICACGGTV KDNTIELQGD HRKKVAEEL VKMGFSRDSI EIR

+
分子 #33: aIF1A

分子名称: aIF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 13.078265 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPKKERKVEG DEVIRVPLPE GNQLFGVVEQ ALGAGWMDVR CEDGKIRRCR IPGKLRRRVW IRVGDLVIVQ PWPVQSDKRG DIVYRYTQT QVDWLLRKGK ITQEFLTGGS LLVE

+
分子 #34: aIF2-gamma

分子名称: aIF2-gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34
詳細: aIF2-gamma model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 45.84923 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAWPKVQPEV NIGVVGHVDH GKTTLVQAIT GIWTSKHSEE LKRGMTIKLG YAETNIGVCE SCKKPEAYVT EPSCKSCGSD DEPKFLRRI SFIDAPGHEV LMATMLSGAA LMDGAILVVA ANEPFPQPQT REHFVALGII GVKNLIIVQN KVDVVSKEEA L SQYRQIKQ ...文字列:
MAWPKVQPEV NIGVVGHVDH GKTTLVQAIT GIWTSKHSEE LKRGMTIKLG YAETNIGVCE SCKKPEAYVT EPSCKSCGSD DEPKFLRRI SFIDAPGHEV LMATMLSGAA LMDGAILVVA ANEPFPQPQT REHFVALGII GVKNLIIVQN KVDVVSKEEA L SQYRQIKQ FTKGTWAENV PIIPVSALHK INIDSLIEGI EEYIKTPYRD LSQKPVMLVI RSFDVNKPGT QFNELKGGVI GG SIIQGLF KVDQEIKVLP GLRVEKQGKV SYEPIFTKIS SIRFGDEEFK EAKPGGLVAI GTYLDPSLTK ADNLLGSIIT LAD AEVPVL WNIRIKYNLL ERVVGAKEML KVDPIRAKET LMLSVGSSTT LGIVTSVKKD EIEVELRRPV AVWSNNIRTV ISRQ IAGRW RMIGWGLVEI

+
分子 #35: aIF2-beta

分子名称: aIF2-beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35
詳細: aIF2-beta model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 15.94274 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSSEKEYVEM LDRLYSKLPE KGRKEGTQSL PNMIILNIGN TTIIRNFAEY CDRIRREDKI CMKYLLKELA APGNVDDKGE LVIQGKFSS QVINTLMERF LKAYVECSTC KSLDTILKKE KKSWYIVCLA CGAQTPVKPL

+
分子 #36: aIF2-alpha

分子名称: aIF2-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36
詳細: aIF2-alpha model from Sulfolobus solfataricus (PDB code 3V11) used for fitting
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
分子量理論値: 30.432355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIYSRSKLPS EGEILIATVK QVFDYGSYVS LDEYGGLQAF LPWSEVSSKW VKNIRDVLKE NRKVIVKVIR VDRRKGTVDV SLKKVTDDE RRKKNLQWKK IQRLDKILEL VSQKLKLSEK DAWEQVAWKL EAKYGDPITA IEKAVKEGEK ILIDAGVPEI W VKPLLEEA ...文字列:
MIYSRSKLPS EGEILIATVK QVFDYGSYVS LDEYGGLQAF LPWSEVSSKW VKNIRDVLKE NRKVIVKVIR VDRRKGTVDV SLKKVTDDE RRKKNLQWKK IQRLDKILEL VSQKLKLSEK DAWEQVAWKL EAKYGDPITA IEKAVKEGEK ILIDAGVPEI W VKPLLEEA SKHAEERKVK MSGLITVRTN EPLGVEKIKE VISKALENIE QDYESLLNIK IYTIGAPRYR VDVVGTNPKE AS EALNQII SNLIKIGKEE NVDISVVKK

+
分子 #37: METHIONINE

分子名称: METHIONINE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: MET
分子量理論値: 149.211 Da
Chemical component information

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

+
分子 #38: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #39: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #40: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12600
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る