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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8097 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of GluN1/GluN2B NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound conformation | |||||||||
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![]() | ligand-gated ion channel / synaptic transmission / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / response to magnesium ion / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / long-term synaptic potentiation / late endosome / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane ...NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / response to zinc ion / response to magnesium ion / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / long-term synaptic potentiation / late endosome / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
![]() | Zhu S / Stein AR | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of NMDA Receptor Inhibition and Activation. 著者: Shujia Zhu / Richard A Stein / Craig Yoshioka / Chia-Hsueh Lee / April Goehring / Hassane S Mchaourab / Eric Gouaux / ![]() 要旨: N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are glutamate-gated, calcium-permeable ion channels that mediate synaptic transmission and underpin learning and memory. NMDAR dysfunction is directly ...N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) are glutamate-gated, calcium-permeable ion channels that mediate synaptic transmission and underpin learning and memory. NMDAR dysfunction is directly implicated in diseases ranging from seizure to ischemia. Despite its fundamental importance, little is known about how the NMDAR transitions between inactive and active states and how small molecules inhibit or activate ion channel gating. Here, we report electron cryo-microscopy structures of the GluN1-GluN2B NMDA receptor in an ensemble of competitive antagonist-bound states, an agonist-bound form, and a state bound with agonists and the allosteric inhibitor Ro25-6981. Together with double electron-electron resonance experiments, we show how competitive antagonists rupture the ligand binding domain (LBD) gating "ring," how agonists retain the ring in a dimer-of-dimers configuration, and how allosteric inhibitors, acting within the amino terminal domain, further stabilize the LBD layer. These studies illuminate how the LBD gating ring is fundamental to signal transduction and gating in NMDARs. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 160.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 504.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5iouMC ![]() 8098C ![]() 8101C ![]() 8102C ![]() 8103C ![]() 8104C ![]() 8105C ![]() 8106C ![]() 5iovC ![]() 5ipqC ![]() 5iprC ![]() 5ipsC ![]() 5iptC ![]() 5ipuC ![]() 5ipvC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : GluN1-GluN2B NMDA receptor
全体 | 名称: GluN1-GluN2B NMDA receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: GluN1-GluN2B NMDA receptor
超分子 | 名称: GluN1-GluN2B NMDA receptor / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a
分子 | 名称: N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1-8a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 92.651234 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DPKIVNIGAV LSTKKHEQIF REAVNQANFF HFTRKIQLNA TSVTHRPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPAPTDHL TPTPISYTA GFYRIPVIGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQALVW FEMMRLFNWN HVILIVSDDH EGRAAQKKLE T LLEEKESK ...文字列: DPKIVNIGAV LSTKKHEQIF REAVNQANFF HFTRKIQLNA TSVTHRPNAI QMALSVCEDL ISSQVYAILV SHPPAPTDHL TPTPISYTA GFYRIPVIGL TTRMSIYSDK SIHLSFLRTV PPYSHQALVW FEMMRLFNWN HVILIVSDDH EGRAAQKKLE T LLEEKESK ADKVLQFEPG TKNLTALLLE AKELEARVII LSASEDDATA VYKSAAMLDM TGAGYVWLVG EREISGSALR YA PDGIIGL QLINGKNESA HISDAVAVVA QAIHELFEME QITDPPRGCV GNTNIWKTGP LFKRVLMSSK YPDGVTGRIE FNE DGDRKF AQYSIMNLQN RKLVQVGIFD GSYIIQNDRK IIWPGGETER PQGYQMSTRL KIVTIHQEPF VYVRPTTSDG TCRE EYTIN GDPIKKVICN GPDETIPGRP TVPQCCYGFC VDLLIKLARE MDFTYEVHLV ADGKFGTQER VNNSNAAAWN GMMGE LLSG QADMIVAPLT INNERAQYIE FSKPFKYQGL TILVKKEIPR STLDSFMQPF QSTLWLLVGL SVHVVAVMLY LLDRFS PFG RFEDALTLSS AMWFSWRVLL NSGLGEGAPR SFSARILGMV WAGFAMIIVA SYTANLAAFL VLRRPEERIT GINDPRL RN PSDKFIYATV KQSSVDIYFR RQVELSTMYR HMEKHNYESA AEAIQAVRDN KLHAFIWDSA VLEFEASQKC DLVTTGEL F FRSGFGIGMR KDSPWKQEVS LNILKSHENG FMEELDKTWV RYQECDSRSN APATLTFENM AGVFMLVAGG IVAGIFLIF IEIAYKSRAE AKRMKGLEVL FQ UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 |
-分子 #2: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B
分子 | 名称: Ionotropic glutamate receptor subunit NR2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 93.234742 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRPTEACCYL KISLIILFYS RAYAQKHPNM DIAVILVGTT EEVAIKDVHE KDDFHHLPVT PRVELVTMQE SDPKSIITRI CDLMSDKKV QGVVFGDDTD QEAIAQILDF ISVQTLTPIL GIHGGSSMIM ADKEEASMFF QFGPSIEQQA SVMLNIMEEY D WYIFSIVT ...文字列: MRPTEACCYL KISLIILFYS RAYAQKHPNM DIAVILVGTT EEVAIKDVHE KDDFHHLPVT PRVELVTMQE SDPKSIITRI CDLMSDKKV QGVVFGDDTD QEAIAQILDF ISVQTLTPIL GIHGGSSMIM ADKEEASMFF QFGPSIEQQA SVMLNIMEEY D WYIFSIVT TYFPGYQDFE NKVRSTIENS FVGWELEEVI HLDMSLDDID SKIQNQLKKL QSPVILLYCT KEEATYIFEV AH SVGLTGY GFTWIVPSLV AGDTDTVPDE FPTGLISVSY DEWDYDLPAR VRDGIAIITT AASTMLSEHN SIPQSKSSCN NIQ ESRVYE AHMLKRYLIN VTFEGRDLSF SEDGYQMHPK LVIILLNQER KWERVGKYKD RSLKMWPVFD LYPNSEEHKD EHLS IVTLE EAPFVIVEDV DPLSGTCMRN TVPCRKQIRP ENRTEEGGNY IKRCCKGFCI DILKKIAKTV KFTYDLYLVT NGKHG KKIN GVWNGMIGEV VTKRAYMAVG SLTINEERSE VVDFSVPFIE TGISVMVSRS NGTVSPSAFL EPFSADVWVM MFVMLL IVS AVAVFVFEYF SPVGYNGPSF TIGKAIWLLW GLVFNNSLPV QNPKGTTSKI MVSVWAFFAV IFLASYTANL AAFMIQR RY VDQVSGLSDK KFQRPNDFSP AFRFGTVPNG STERNIRNNY LEMHSYMVKF NQRSVQDALL SLKSGKLDAF IYDAAVLN Y MAGRDEGCKL VTIGSGKVFA TTGYGIAIQK DSGWKRQVDL AILQLFGDGE MEELEALWLT GICHNEKNEV MSSQLDIDN MAGVFYMLAA AMALSLITFI MEHLF UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B |
-分子 #3: GLYCINE
分子 | 名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: GLY |
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分子量 | 理論値: 75.067 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GLY: |
-分子 #4: GLUTAMIC ACID
分子 | 名称: GLUTAMIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GLU |
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分子量 | 理論値: 147.129 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GLU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 8.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |