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- EMDB-74564: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74564
タイトルNucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: mAb PL2-6 antibody
    • DNA: DNA (60-MER)
    • DNA: DNA (128-MER)
    • DNA: DNA (197-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Poly [ADP-ribose] polymerase 2
キーワードDNA damage binding protein / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex ...HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / polytene chromosome band / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / RNA Polymerase I Promoter Escape / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / response to oxygen-glucose deprivation / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / UCH proteinases / poly-ADP-D-ribose binding / polytene chromosome / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / hippocampal neuron apoptotic process / NAD+ ADP-ribosyltransferase / protein auto-ADP-ribosylation / nucleosomal DNA binding / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / nuclear chromosome / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / DNA repair-dependent chromatin remodeling / decidualization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / nucleosome binding / site of DNA damage / extrinsic apoptotic signaling pathway / nucleotidyltransferase activity / base-excision repair / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / structural constituent of chromatin / nucleosome / double-strand break repair / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromosome / chromatin organization / damaged DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. ...: / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B / Histone H3 / Histone H4 / Histone H2A / Poly [ADP-ribose] polymerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Kim TH / Jayathilake C / Virk RK / Gregory-Lott ER
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM154859 米国
American Cancer SocietyIRG-16-186-21 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2026
タイトル: High-Yield Production of Modified DNA Enables Structural Analysis of PARP2 Recognition of Nucleosomal Single-Strand Breaks.
著者: Chathuni Jayathilake / Clare E Mewhinney / Emily R Gregory-Lott / Rajbinder K Virk / Riya Nair / Junseo Yang / Eun Cho / Alexander G Day / Derek J Taylor / Tae Hun Kim /
要旨: Preparation of high-quality nucleosomal DNA substrates in milligram quantities remains a major bottleneck for mechanistic studies of chromatin-associated processes. Here, we present an optimized ...Preparation of high-quality nucleosomal DNA substrates in milligram quantities remains a major bottleneck for mechanistic studies of chromatin-associated processes. Here, we present an optimized large-scale PCR workflow that enables rapid, low-cost production of diverse nucleosomal DNAs suitable for biochemical assays and high-resolution cryo-EM. Systematic optimization of amplification conditions yields milligram quantities of homogeneous DNA that can be fluorescently or biotin-labeled and enzymatically modified to introduce site-specific single-strand breaks (SSBs) or epigenetic marks. We also engineered an improved Nt.BsmAI nickase variant (R386D) that minimizes undesired double-strand cleavage while maintaining robust nicking activity. Using nucleosomes reconstituted with these engineered DNAs, we demonstrate the versatility of this platform across EMSA, biolayer interferometry, and cryo-EM. Structural analysis reveals how the PARP2 WGR domain engages an SSB within the nucleosome and uncovers associated shifts in H2B tail conformation that facilitate access to lesions positioned near the tail. Overall, this workflow provides a robust and scalable method for generating precisely modified nucleosomal substrates, enabling quantitative and structural dissection of PARP2-mediated DNA damage recognition and the coupled histone H2B tail rearrangements that facilitate lesion accessibility in chromatin.
履歴
登録2025年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0304
最小 - 最大-0.18849482 - 0.5672087
平均 (標準偏差)0.00014771195 (±0.011650937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_74564_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_74564_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 an...

全体名称: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1
要素
  • 複合体: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: mAb PL2-6 antibody
    • DNA: DNA (60-MER)
    • DNA: DNA (128-MER)
    • DNA: DNA (197-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Poly [ADP-ribose] polymerase 2

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超分子 #1: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 an...

超分子名称: Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

+
分子 #1: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.388727 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKV KGKAKSRSNR AGLQFPVGRI HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVMEYLAA EVLELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLSG VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TEKKA

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #2: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.897275 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GMIPPKTSGK AAKKAGKAQK NITKTDKKKK RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #3: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.405036 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVGLFEDTN LSAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3

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分子 #4: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 11.521611 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MITGRGKGGK GLGKGGAKRH RKVLRDNIQG ITKPAIRRLA RRGGVKRISG LIYEETRGVL KVFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVV YALKRQGRTL YGFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #5: mAb PL2-6 antibody

分子名称: mAb PL2-6 antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Sequence corresponds to GenBank IDs X60334 and X60341.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.631662 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGRENLYFQ GNAMDIKMTQ SPSSMHASLG ERVTITCKAS QDIRSYLSWY QQKPWKSPKT LIYYATSLAD GVPSRFSGS GSGQDFSLTI NNLESDDTAT YYCLQHGESP YTFGSGTKLE IKRAGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSMEVQLQ Q SGPELVEP ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGRENLYFQ GNAMDIKMTQ SPSSMHASLG ERVTITCKAS QDIRSYLSWY QQKPWKSPKT LIYYATSLAD GVPSRFSGS GSGQDFSLTI NNLESDDTAT YYCLQHGESP YTFGSGTKLE IKRAGGGGSG GGGSGGGGSG GGGSMEVQLQ Q SGPELVEP GTSVKMPCKA SGYTFTSYTI QWVKQTPRQG LEWIGYIYPY NAGTKYNEKF KGKATLTSDK SSSTVYMELS SL TSEDSAV YYCARKSSRL RSTLDYWGQG TSVTVSS

+
分子 #9: Poly [ADP-ribose] polymerase 2

分子名称: Poly [ADP-ribose] polymerase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NAD+ ADP-ribosyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.503555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GKAPVDPECT AKVGKAHVYC EGNDVYDVML NQTNLQFNNN KYYLIQLLED DAQRNFSVWM RWGRVGKMGQ HSLVACSGNL NKAKEIFQK KFLDKTKNNW EDREKFEKVP GKYDMLQMDY ATNTQDEEET KKEESLKSPL KPESQLDLRV QELIKLICNV Q AMEEMMME ...文字列:
GKAPVDPECT AKVGKAHVYC EGNDVYDVML NQTNLQFNNN KYYLIQLLED DAQRNFSVWM RWGRVGKMGQ HSLVACSGNL NKAKEIFQK KFLDKTKNNW EDREKFEKVP GKYDMLQMDY ATNTQDEEET KKEESLKSPL KPESQLDLRV QELIKLICNV Q AMEEMMME MKYNTKKAPL GKLTVAQIKA GYQSLKKIED CIRAGQHGRA LMEACNEFYT RIPHDFGLRT PPLIRTQKEL SE KIQLLEA LGDIEIAIKL VKTELQSPEH PLDQHYRNLH CALRPLDHES YEFKVISQYL QSTHAPTHSD YTMTLLDLFE VEK DGEKEA FREDLHNRML LWHGSRMSNW VGILSHGLRI APPEAPITGY MFGKGIYFAD MSSKSANYCF ASRLKNTGLL LLSE VALGQ CNELLEANPK AEGLLQGKHS TKGLGKMAPS SAHFVTLNGS TVPLGPASDT GILNPDGYTL NYNEYIVYNP NQVRM RYLL KVQFNFLQLW

UniProtKB: Poly [ADP-ribose] polymerase 2

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分子 #6: DNA (60-MER)

分子名称: DNA (60-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 21.238523 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA) ...文字列:
(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)

+
分子 #7: DNA (128-MER)

分子名称: DNA (128-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 39.167 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #8: DNA (197-MER)

分子名称: DNA (197-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 61.197965 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 184580
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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