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- EMDB-74142: Structure of an Engineered Sodium/Iodide Symporter (PF-NIS) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-74142
タイトルStructure of an Engineered Sodium/Iodide Symporter (PF-NIS)
マップデータPF-NIS at 2.58A in presence of ReO4- and Na
試料
  • 複合体: Transporter
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/iodide cotransporter
  • リガンド: PERRHENATE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードNIS iodide SLC5A5 perrhenate / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium:iodide symporter activity / iodide transmembrane transport / Thyroxine biosynthesis / cellular response to Thyroid stimulating hormone / Organic anion transport by SLC5/17/25 transporters / monoatomic anion:sodium symporter activity / iodide transmembrane transporter activity / cellular response to gonadotropin stimulus / iodide transport / thyroid hormone generation ...sodium:iodide symporter activity / iodide transmembrane transport / Thyroxine biosynthesis / cellular response to Thyroid stimulating hormone / Organic anion transport by SLC5/17/25 transporters / monoatomic anion:sodium symporter activity / iodide transmembrane transporter activity / cellular response to gonadotropin stimulus / iodide transport / thyroid hormone generation / symporter activity / sodium ion transport / cellular response to forskolin / cellular response to cAMP / protein homodimerization activity / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sodium/iodide cotransporter / : / Sodium:solute symporter family signature 1. / Sodium/solute symporter, conserved site / Sodium/solute symporter / Sodium/glucose symporter superfamily / Sodium:solute symporter family / Sodium:solute symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/iodide cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus (ネズミ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Llorente-Esteban A / Sabbineni H / Hoffsmith K / Manville RW / Lopez-Gonzalez D / Reyna-Neyra A / Leyva JA / Abbott GW / Bianchet MA / Carrasco N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM114250 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineering substrate selectivity in the human sodium/iodide symporter (NIS)
著者: Llorente-Esteban A / Sabbineni H / Hoffsmith K / Manville RW / Lopez-Gonzalez D / Reyna-Neyra A / Leyva JA / Abbott GW / Bianchet MA / Carrasco N
履歴
登録2025年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_74142.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_74142.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PF-NIS at 2.58A in presence of ReO4- and Na
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å		0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å		0.65 Å/pix.
x 360 pix.
= 232.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.54932183 - 0.64514637
平均 (標準偏差)0.000013668469 (±0.014590917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 232.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_74142_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_74142_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_74142_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transporter

全体名称: Transporter
要素
  • 複合体: Transporter
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/iodide cotransporter
  • リガンド: PERRHENATE
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Transporter

超分子名称: Transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)

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分子 #1: Sodium/iodide cotransporter

分子名称: Sodium/iodide cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 65.308949 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGAEAGARA TFGAWDYGVF ATMLLVSTGI GLWVGLARGG QRSADDFFTG GRQLAAVPVG LSLAASFMSA VQVLGVPAEA ARYGLKFLW MCAGQLLNSL LTAFLFLPIF YRLGLTSTYQ YLELRFSRAV RLCGTLQYLV ATMLYTGIVI YAPALILNQV T GLDIWASL ...文字列:
MEGAEAGARA TFGAWDYGVF ATMLLVSTGI GLWVGLARGG QRSADDFFTG GRQLAAVPVG LSLAASFMSA VQVLGVPAEA ARYGLKFLW MCAGQLLNSL LTAFLFLPIF YRLGLTSTYQ YLELRFSRAV RLCGTLQYLV ATMLYTGIVI YAPALILNQV T GLDIWASL LSTGIICTLY TTVGGMKAVV WTDVFQVVVM LVGFWVILAR GVILLGGPRN VLSLAQQHSR INLMDFDPDP RS RYTFWTF IVGGTPFWLS MYGVNQAQVQ RYVACHTEGK AKLALLVNQL GLFLIVASAA CCGIVMFVYY KDCDPLLTGR ISA PDQYMP LLVLDIFEDL PGVPGLFLAC AYSGTLSTAS TSINAMAAVT VEDLIKPRMP GLAPRKLVFI SKGLSFIYGS ACLT VAALS SLLGGGVLQG SFTVMGVISG PLLGAFTLGM LLPACNTPGV LSGLAAGLAV SLWVAVGATL YPPGEQTMGV LPTSA AGCT QDSVLLGPPG ATQASNGIPS SGMDTGRPAL ADTFYAISYL YYGALGTLTT MLCGALISYL TGPTKRSSLG PGLLWW DLA RQTASVAPKE DTATLEESLV KGPEDIPAVT KKPPGLKPGA ETHPLYLGHD VETNL

UniProtKB: Sodium/iodide cotransporter

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分子 #2: PERRHENATE

分子名称: PERRHENATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: REO
分子量理論値: 250.205 Da
Chemical component information

ChemComp-REO:
PERRHENATE

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

-
分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 21 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: We used the Ab-inito job of CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 461777
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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