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万見
- EMDB-73814: Cryo-EM structure of rabbit major vault protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73814
タイトルCryo-EM structure of rabbit major vault protein complex
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Major vault protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein
キーワードcomplex / MVP / vault cap / trafficking / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / ERBB signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding ...protein activation cascade / ERBB signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li H / Clarke OB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The vault particle is enclosed by a C13-symmetric cap with a positively charged exterior
著者: Huan L / Oliver C
履歴
登録2025年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 700 pix.
= 773.5 Å		1.11 Å/pix.
x 700 pix.
= 773.5 Å		1.11 Å/pix.
x 700 pix.
= 773.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0753
最小 - 最大0.0 - 0.8552658
平均 (標準偏差)0.003834127 (±0.020665374)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 773.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Major vault protein complex

全体名称: Major vault protein complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Major vault protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Major vault protein

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超分子 #1: Major vault protein complex

超分子名称: Major vault protein complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Major vault protein

分子名称: Major vault protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 78 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 98.695156 KDa
配列文字列: MATEESIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERILFDPVRM VTVPLRHYCV VANPVVRDAQ GSVVLDVTGQ VRLRHADME IRLTQDPFPL YPGELMEKGI TPLEVVLPNT ALHLRALLDF EDSNGEKVVA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV L QIIHATII ...文字列:
MATEESIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERILFDPVRM VTVPLRHYCV VANPVVRDAQ GSVVLDVTGQ VRLRHADME IRLTQDPFPL YPGELMEKGI TPLEVVLPNT ALHLRALLDF EDSNGEKVVA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV L QIIHATII RPNEALRLRA RKEFCDRDGK QRVTGEEWLV RSVGAYLPGV FEEVLDLVGA VILTEKTALH LRARRNFQDV RG VTRRTGE EWLVTVQDTE AHVPDVHEEV LGVVPITTLG PQNYCVILDP VGPDGKNQLG QKRVVKGEKS FFLQPGESLE QGI QDVYVL SEQQGLLLRA LQPLEEGEGD ERVSHQAGDR WLIRGPLEYV PPVKVEVVEE RQAIPLDENE GIYVQDVKTG KVRA VIGST YMLTQDEILW DKELPPGVEE LLNKGHDPLA DRGEKVMAKP RQPPGPRNKT RVVSYRVPHN AAVQVYDYRE KKARV VFGP ELVSLGPEEQ FTVLSLSAGR PKRPHARRAL CLLLGPDFFT DVITIETADH ARLQLQLAYN WHFEVSDQRD PQETAK LFS VPDFVGDACK AIASRVRGAV ASVTFDDFHK NSARIIRAAV FGFETAEAKG PDGMALPRPR DRAVFPQNGL VVSSVDV QS VEPVDQRTRD ALQRSVQLAI EITTNSQEAA AKHEAQRLEQ EARGRLERQK ILDQSEAEKA RKELLELEAL SMAVESTG T AKAEAESRAE AARIEGEGSV LQAKLKAQAL AIETEAELQR VQKVRELELV YARAQLELEV SKAQQLAEVE AKKFKQMTE ALGPSTIKDL AVAGPEMQVK LLQSLGLKST LITDGSTPVN LFNTAFGLLG LGADGQPLGR MTAGGPRLQE AASPQSPSAP LAPGSTHIL P

UniProtKB: Major vault protein

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 34.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7pkr

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 159668
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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