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- EMDB-73043: Cryo-EM structure of post-fusion EBV gB in complex with AMMO2 fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73043
タイトルCryo-EM structure of post-fusion EBV gB in complex with AMMO2 fab
マップデータEBV post-fusion state with AMMO2 fabs
試料
  • 複合体: EBV gB with AMMO2 fab
    • タンパク質・ペプチド: AMMO2 fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AMMO2 fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: BALF4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPost-fusion / AMMO2 / fab / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chou CW / McCool RS / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of post-fusion EBV gB in complex with AMMO2 fab
著者: Chou CW / McCool RS / McLellan JS
履歴
登録2025年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73043.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73043.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EBV post-fusion state with AMMO2 fabs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.88 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.88 Å		0.93 Å/pix.
x 360 pix.
= 335.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.0020847223 - 2.4213917
平均 (標準偏差)0.0026412504 (±0.041117936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 335.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_73043_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_73043_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_73043_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EBV gB with AMMO2 fab

全体名称: EBV gB with AMMO2 fab
要素
  • 複合体: EBV gB with AMMO2 fab
    • タンパク質・ペプチド: AMMO2 fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: AMMO2 fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: BALF4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: EBV gB with AMMO2 fab

超分子名称: EBV gB with AMMO2 fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: AMMO2 fab heavy chain

分子名称: AMMO2 fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.393003 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSIKV SCKTSGGPFS TYGINWVRQA PGQGLEWMGW IIPVFDTSSF AQRFQDRLSI TADASTSTAY MELRSLRSE DTAVYYCARD RVLGAHGANP LNGHHYGMDV WGQGTTVTVS SAST

-
分子 #2: AMMO2 fab light chain

分子名称: AMMO2 fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.13467 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQITQSPSS VSASVGDRVT ITCRANLGIS DWLAWYQQKP GRAPKLLIYA ASSLESGVPS RFSGSGSGIY FTLTISSLQP EDVATYFCQ QANSFPLSFG GGTRVDIART VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQITQSPSS VSASVGDRVT ITCRANLGIS DWLAWYQQKP GRAPKLLIYA ASSLESGVPS RFSGSGSGIY FTLTISSLQP EDVATYFCQ QANSFPLSFG GGTRVDIART VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: BALF4

分子名称: BALF4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 81.665492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRRRVLSVV VLLAALACRL GAQTPEQPAP PATTVQPTAT RQQTSFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS FGTRENHTEG LLMVFKDNI IPYSFKVRSY TKIVTNILIY NGHRADSVTN RHEEKFSVES YETDQMDTIY QCYNAVKMTK DGLTRVYVDR D GVNITVNL ...文字列:
MTRRRVLSVV VLLAALACRL GAQTPEQPAP PATTVQPTAT RQQTSFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS FGTRENHTEG LLMVFKDNI IPYSFKVRSY TKIVTNILIY NGHRADSVTN RHEEKFSVES YETDQMDTIY QCYNAVKMTK DGLTRVYVDR D GVNITVNL KPTGGLANGV RRYASQTELY DAPGRVEATY RTRTTVNCLI TDMMAKSNSP FEFFVTTTGQ TVEMSPFYDG KN TETFHER ADSFHVRTNY KIVDYDNRGT NPQGERRAFL DKGTYTLSWK LENRTAYCPL QHWQTFDSTI ATETGKSIHF VTD EGTSSF VTNTTVGIEL PDAFKCIEEQ VNKTMHEKYE AVQDRYTKGQ EAITYFITSG GLLLAWLPLT PRSLATVKNL TELT TPTSS PPSSPSPPAP PAARGSTSAA VLGGSGGNAG NATTPVPPAA PGKSLGTLNN PATVQIQFAY DSLRRQINRM LGDLA RAWC LEQKRQNMVL RELTKINPTT VMSSIYGKAV AAKRLGDVIS VSQCVPVNQA TVTLRKSMRV PGSETMCYSR PLVSFS FIN DTKTYEGQLG TDNEIFLTKK MTEVCQATSQ YYFQSGNEIH VYNDYHHFKT IELDGIATLQ TFISLNTSLI ENIDFAS LE LYSRDEQRAS NVFDLEGIFR EYNFQAQNIA GLRKDLDNAV SNGRNQGGSG YIPEAPRDGQ AYVRKDGEWV LLSTFLGR A AASSLEVLFQ GPG

UniProtKB: BALF4

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3fvc

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 154000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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