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万見
- EMDB-72964: Cryo-EM structure of IDH1 R132H -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72964
タイトルCryo-EM structure of IDH1 R132H
マップデータstructure of IDH1 R132H
試料
  • 複合体: Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant
    • タンパク質・ペプチド: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
キーワードDehydrogenase / cellular metabolism / oxidative decarboxylation / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / NADPH regeneration / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process ...Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / NADPH regeneration / regulation of phospholipid catabolic process / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / NADPH regeneration / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / glyoxylate cycle / response to steroid hormone / female gonad development / peroxisomal matrix / tricarboxylic acid cycle / glutathione metabolic process / Peroxisomal protein import / NAD binding / NADP binding / tertiary granule lumen / peroxisome / response to oxidative stress / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Hu L / Seo H-S / Dhe-Paganon S / Berezuk AM / Tuttle KS / Zhu X / Subramaniam S / Wu X
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canada Excellence Research Chair Award カナダ
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: Autopalmitoylation of IDH1-R132H regulates its neomorphic activity in cancer cells.
著者: Lu Hu / Jinyu Lin / Liping Sun / Alison M Berezuk / Katharine S Tuttle / Xing Zhu / Hyuk-Soo Seo / Sirano Dhe-Paganon / Pan Li / Yang Sun / Lisheng Ni / Jianan Zhang / Dazhi Tan / Hiroaki ...著者: Lu Hu / Jinyu Lin / Liping Sun / Alison M Berezuk / Katharine S Tuttle / Xing Zhu / Hyuk-Soo Seo / Sirano Dhe-Paganon / Pan Li / Yang Sun / Lisheng Ni / Jianan Zhang / Dazhi Tan / Hiroaki Wakimoto / Daniel P Cahill / Xiaochen Bai / Xuelian Luo / John M Asara / Sriram Subramaniam / Yibing Shan / Xu Wu /
要旨: Gain-of-function mutations of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) lead to oncometabolite (R)-2-hydroxyglutarate production, contributing to the tumorigenesis of multiple human cancers. While fatty acid ...Gain-of-function mutations of isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) lead to oncometabolite (R)-2-hydroxyglutarate production, contributing to the tumorigenesis of multiple human cancers. While fatty acid biosynthesis is critical for IDH1-mutant tumor growth, the underlying mechanisms remain unclear. Here, leveraging chemical probes and chemoproteomic profiling, we identified that oncogenic IDH1-R132H is uniquely autopalmitoylated at C269, which is not observed in wild-type IDH1. This modification responds to fatty acids and regulates R132H enzymatic activity by enhancing substrate and cofactor binding, as well as dimerization. Loss of C269 palmitoylation reverses IDH1-R132H-induced metabolic reprogramming and hypermethylation phenotypes and impairs cell transformation. Interestingly, C269 autopalmitoylation occurs within a hydrophobic pocket, targeted by a clinical IDH1-mutant inhibitor (LY3410738). Our study reveals that autopalmitoylation, conferred by the IDH1 mutation, links fatty acid metabolism to the regulation of IDH1 mutant activity and represents a druggable vulnerability in IDH1-mutant cancers.
履歴
登録2025年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of IDH1 R132H
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.39582193 - 0.8461454
平均 (標準偏差)-0.00038573827 (±0.0165877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_72964_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_72964_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant

全体名称: Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant
要素
  • 複合体: Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant
    • タンパク質・ペプチド: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic
  • リガンド: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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超分子 #1: Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant

超分子名称: Human isocitrate dehydrogenase 1 R132H mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

分子名称: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: isocitrate dehydrogenase (NADP+)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.859395 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKKISGGSV VEMQGDEMTR IIWELIKEKL IFPYVELDLH SYDLGIENRD ATNDQVTKDA AEAIKKHNVG VKCATITPDE KRVEEFKLK QMWKSPNGTI RNILGGTVFR EAIICKNIPR LVSGWVKPII IGHHAYGDQY RATDFVVPGP GKVEITYTPS D GTQKVTYL ...文字列:
MSKKISGGSV VEMQGDEMTR IIWELIKEKL IFPYVELDLH SYDLGIENRD ATNDQVTKDA AEAIKKHNVG VKCATITPDE KRVEEFKLK QMWKSPNGTI RNILGGTVFR EAIICKNIPR LVSGWVKPII IGHHAYGDQY RATDFVVPGP GKVEITYTPS D GTQKVTYL VHNFEEGGGV AMGMYNQDKS IEDFAHSSFQ MALSKGWPLY LSTKNTILKK YDGRFKDIFQ EIYDKQYKSQ FE AQKIWYE HRLIDDMVAQ AMKSEGGFIW ACKNYDGDVQ SDSVAQGYGS LGMMTSVLVC PDGKTVEAEA AHGTVTRHYR MYQ KGQETS TNPIASIFAW TRGLAHRAKL DNNKELAFFA NALEEVSIET IEAGFMTKDL AACIKGLPNV QRSDYLNTFE FMDK LGENL KIKLAQAKLS LEHHHHHH

UniProtKB: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

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分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: NAP
分子量理論値: 743.405 Da
Chemical component information

ChemComp-NAP:
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 103976
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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