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- EMDB-72948: Structure of flagellin FlaB filament in H. pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72948
タイトルStructure of flagellin FlaB filament in H. pylori
マップデータFlagellin FlaB filament in H. pylori
試料
  • 細胞: Flagellar filament composed of flagellin FlaB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
  • リガンド: 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid
キーワードFlagella / Flagellin / Filament / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌) / Helicobacter pylori B128 (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Kumar R / Yu H / Tachiyama S / Liu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10 OD023603-01A1 米国
引用ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2026
タイトル: Assembly and glycosylation of sheathed flagella.
著者: Rajeev Kumar / Shoichi Tachiyama / Huaxin Yu / Samira Heydari / Jiaqi Guo / Jack M Botting / Wangbiao Guo / Timothy R Hoover / Jun Liu /
要旨: The bacterial flagellum is a complex nanomachine essential for motility, colonization, and invasion in diverse species. has evolved elaborate sheathed flagella that enable migration through the ...The bacterial flagellum is a complex nanomachine essential for motility, colonization, and invasion in diverse species. has evolved elaborate sheathed flagella that enable migration through the highly viscous gastric mucus layer to reach its colonization niche on the gastric epithelium, yet the molecular basis for these unique adaptations has remained elusive. Here, we use in situ single-particle cryo-electron microscopy to determine near-atomic structures of the flagellar filament within the membranous sheath of . The major flagellin FlaA constitutes the bulk of the filament, whereas the minor flagellin FlaB contributes critically to the hook-proximal region. Both FlaA and FlaB form a conserved core surrounded by variable surface-exposed domains. Our structures further reveal that pseudaminic acid glycans decorate these domains, where they mediate inter- and intra-subunit contacts that stabilize the filament and confer a negatively charged surface. Together, these findings support a model in which the filament rotates independently of the membranous sheath to drive motility and provide a molecular framework for understanding how the sheathed flagellum enables colonization and persistence within the gastric niche.
履歴
登録2025年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flagellin FlaB filament in H. pylori
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.052
最小 - 最大-0.14710149 - 0.2815027
平均 (標準偏差)0.0041870046 (±0.018501863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 478.464 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: FlaB Half map B

ファイルemd_72948_half_map_1.map
注釈FlaB Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: FlaB Half map A

ファイルemd_72948_half_map_2.map
注釈FlaB Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar filament composed of flagellin FlaB

全体名称: Flagellar filament composed of flagellin FlaB
要素
  • 細胞: Flagellar filament composed of flagellin FlaB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
  • リガンド: 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid

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超分子 #1: Flagellar filament composed of flagellin FlaB

超分子名称: Flagellar filament composed of flagellin FlaB / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori B128 (ピロリ菌)
分子量理論値: 53.88966 KDa
配列文字列: SFRINTNIAA LTSHAVGVQN NRDLSSSLEK LSSGLRINKA ADDSSGMAIA DSLRSQSANL GQAIRNANDA IGMVQTADKA MDEQIKILD TIKTKAVQAA QDGQTLESRR ALQSDIQRLL EELDNIANTT SFNGQQMLSG SFSNKEFQIG AYSNTTVKAS I GSTSSDKI ...文字列:
SFRINTNIAA LTSHAVGVQN NRDLSSSLEK LSSGLRINKA ADDSSGMAIA DSLRSQSANL GQAIRNANDA IGMVQTADKA MDEQIKILD TIKTKAVQAA QDGQTLESRR ALQSDIQRLL EELDNIANTT SFNGQQMLSG SFSNKEFQIG AYSNTTVKAS I GSTSSDKI GHVRMETSSF SGEGMLASAA AQNLTEVGLN FKQVNGVNDY KIETVRISTS AGTGIGALSE IINRFSNTLG VR ASYNVMA TGGTPVQSGT VRELTINGVE IGTVNDVHKN DADGRLTNAI NSVKDRTGVE ASLDIQGRIN LHSIDGRAIS VHA ASASGQ VFGGGNFAGI SGTQHAVIGR LTLTRTDARD IIVSGVNFSH VGFHSAQGVA EYTVNLRAVR GIFDANVASA AGAN ANGAQ AETNSQGIGA GVTSLKGAMI VMDMADSART QLDKIRSDMG SVQMELVTTI NNISVTQVNV KAAESQIRDV DFAEE SANF SKYNILAQSG SFAMAQANAV QQNVLRLLQ

UniProtKB: Flagellin

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分子 #2: 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulop...

分子名称: 5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 297 / 式: P8E
分子量理論値: 250.249 Da
Chemical component information

ChemComp-P8E:
5,7-diamino-3,5,7,9-tetradeoxy-L-glycero-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60029
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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