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万見
- EMDB-72752: 2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crime... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72752
タイトル2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
マップデータ2.62 A Cryo-EM map of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
試料
  • 複合体: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCrimean-Congo hemorrhagic fever virus / L protein / RNA-dependent RNA polymerase / PA-like / PB1-like / PB2-like / viral replication / VIRAL PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 ...RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / protein deubiquitination / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus ...RNA-directed RNA polymerase, nairovirus / : / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / OTU-like cysteine protease / OTU domain / OTU domain profile. / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Liu B / Wang D / Yang G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2026
タイトル: Structure of Crimean-Congo haemorrhagic fever virus RNA polymerase
著者: Wang D / Yang G / Liu B
履歴
登録2025年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72752.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2.62 A Cryo-EM map of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88533 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.30845895 - 0.6976058
平均 (標準偏差)-0.00015868146 (±0.012152841)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 339.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 2.62 A Cryo-EM sharpened map of RNA-directed RNA...

ファイルemd_72752_additional_1.map
注釈2.62 A Cryo-EM sharpened map of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_72752_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_72752_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever ...

全体名称: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
要素
  • 複合体: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever ...

超分子名称: RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (ウイルス)
株: IbAr10200
分子量理論値: 448.527531 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDFLRSLDWT QVIAGQYVSN PRFNISDYFE IVRQPGDGNC FYHSIAELTM PNKTDHSYHY IKRLTESAAR KYYQEEPEAR LVGLSLEDY LKRMLSDNEW GSTLEASMLA KEMGITIIIW TVAASDEVEA GIKFGDGDVF TAVNLLHSGQ THFDALRILP Q FETDTREA ...文字列:
MDFLRSLDWT QVIAGQYVSN PRFNISDYFE IVRQPGDGNC FYHSIAELTM PNKTDHSYHY IKRLTESAAR KYYQEEPEAR LVGLSLEDY LKRMLSDNEW GSTLEASMLA KEMGITIIIW TVAASDEVEA GIKFGDGDVF TAVNLLHSGQ THFDALRILP Q FETDTREA LSLMDRVIAV DQLTSSSSDE LQDYEDLALA LTSAEESNRR SSLDEVTLSK KQAEILRQKA SQLSKLVNKS QN IPTRVGR VLDCMFNCKL CVEISADTLI LRPESKEKIG EIMSLRQLGH KLLTRDKQIK QEFSRMKLYV TKDLLDHLDV GGL LRAAFP GTGIERHMQL LHSEMILDIC TVSLGVMLST FLYGSNNKNK KKFITNCLLS TALSGKKVYK VLGNLGNELL YKAP RKALA TVCSALFGKQ INKLQNCFRT ISPVSLLALR NLDFDCLSVQ DYNGMIENMS KLDNTDVEFN HREIADLNQL TSRLI TLRK EKDTDLLKQW FPESDLTRRS IRNAANAEEF VISEFFKKKD IMKFISTSGR AMSAGKIGNV LSYAHNLYLS KSSLNM TSE DISQLLIEIK RLYALQEDSE VEPIAIICDG IESNMKQLFA ILPPDCAREC EVLFDDIRNS PTHSTAWKHA LRLKGTA YE GLFANCYGWQ YIPEDIKPSL TMLIQTLFPD KFEDFLDRTQ LHPEFRDLTP DFSLTQKVHF KRNQIPSVEN VQISIDAT L PESVEAVPVT ERKMFPLPET PLSEVHSIER IMENFTRLMH GGRLSTKKRD GDPAEQGNQQ SITEHESSSI SAFKDYGER GIVEENHMKF SGEDQLETRQ LLLVEVGFQT DIDGKIRTDH KKWKDILKLL ELLGIKCSFI ACADCSSTPP DRWWITEDRV RVLKNSVSF LFNKLSRNSP TEVTDIVVGA ISTQKVRSYL KAGTATKTPV STKDVLETWE KMKEHILNRP TGLTLPTSLE Q AMRKGLVE GVVISKEGSE SCINMLKENL DRITDEFERT KFKHELTQNI TTSEKMLLSW LSEDIKSSRC GECLSNIKKA VD ETANLSE KIELLAYNLQ LTNHCSNCHP NGVNISNTSN VCKRCPKIEV VSHCENKGFE DSNECLTDLD RLVRLTLPGK TEK ERRVKR NVEYLIKLMM SMSGIDCIKY PTGQLITHGR VSAKHNDGNL KDRSDDDQRL AEKIDTVRKE LSESKLKDYS TYAR GVISN SLKNLSRQGK SKCSVPRSWL EKVLFDLKVP TKDEEVLINI RNSLKARSEF VRNNDKLLIR SKEELKKCFD VQSFK LKKN KQPVPFQVDC ILFKEVAAEC MKRYIGTPYE GIVDTLVSLI NVLTRFTWFQ EVVLYGKICE TFLRCCTEFN RSGVKL VKI RHCNINLSVK LPSNKKENML CCLYSGNMEL LQGPFYLNRR QAVLGSSYLY IVITLYIQVL QQYRCLEVIN SVSEKTL QD IENHSMTLLE DSFREITFAL EGRFEESYKI RTSRCRASGN FLNRSSRDHF ISVVSGLNLV YGFLIKDNLL ANSQQQNK Q LQMLRFGMLA GLSRLVCPNE LGKKFSTSCR RIEDNIARLY LQTSIYCSVR DVEDNVKHWK QRDLCPEVTI PCFTVYGTF VNSDRQLIFD IYNVHIYNKE MDNFDEGCIS VLEETAERHM LWELDLMNSL CSDEKKDTRT ARLLLGCPNV RKAANREGKK LLKLNSDTS TDTQSIASEV SDRRSYSSSK SRIRSIFGRY NSQKKPFELR SGLEVFNDPF NDYQQAITDI CQFSEYTPNK E SILKDCLQ IIRKNPSHTM GSFELIQAIS EFGMSKFPPE NIDKARRDPK NWVSISEVTE TTSIVASPRT HMMLKDCFKI IL GTENKKI VKMLRGKLKK LGAISTNIEI GKRDCLDLLS TVDGLTDQQK ENIVNGIFEP SKLSFYHWKE LVKKNIDEVL LTE DGNLIF CWLKTISSSV KGSLKKRLKF MNIHSPELMP ENCLFSSEEF NELIKLKKLL LNEQQDEQEL KQDLLISSWI KCIT ACKDF ASINDKIQKF IYHLSEELYD IRLQHLELSK LKQEHPSVSF TKEEVLIKRL EKNFLKQHNL EIMETVNLVF FAALS APWC LHYKALESYL VRHPEILDCG SKEDCKLTLL DLSVSKLLVC LYQKDDEELI NSSSLKLGFL VKYVVTLFTS NGEPFS LSL NDGGLDLDLH KTTDEKLLHQ TKIVFAKIGL SGNSYDFIWT TQMIANSNFN VCKRLTGRST GERLPRSVRS KVIYEMV KL VGETGMAILQ QLAFAQALNY EHRFYAVLAP KAQLGGARDL LVQETGTKVM HATTEMFSRN LLKTTSDDGL TNPHLKET I LNVGLDCLAN MRNLDGKPIS EGSNLVNFYK VICISGDNTK WGPIHCCSFF SGMMQQVLKN VPDWCSFYKL TFIKNLCRQ VEIPAGSIKK ILNVLRYRLC SKGGVEQHSE EDLRRLLTDN LDSWDGNDTV KFLVTTYISK GLMALNSYNH MGQGIHHATS SVLTSLAAV LFEELAIFYL KRSLPQTTVH VEHAGSSDDY AKCIVVTGIL SKELYSQYDE TFWKHACRLK NFTAAVQRCC Q MKDSAKTL VSDCFLEFYS EFMMGYRVTP AVIKFMFTGL INSSVTSPQS LMQACQVSSQ QAMYNSVPLV TNTAFTLLRQ QI FFNHVED FIRRYGILTL GTLSPFGRLF VPTYSGLVSS AVALEDAEVI ARAAQTLQMN SVSIQSSSLT TLDSLGRSRT SST AEDSSS VSDTTAASHD SGSSSSSFSF ELNRPLSETE LQFIKALSSL KSTQACEVIQ NRITGLYCNS NEGPLDRHNV IYSS RMADS CDWLKDGKRR GNLELANRIQ SVLCILIAGY YRSFGGEGTE KQVKASLNRD DNKIIEDPMI QLIPEKLRRE LERLG VSRM EVDELMPSIS PDDTLAQLVA KKLISLNVST EEYSAEVSRL KQTLTARNVL HGLAGGIKEL SLPIYTIFMK SYFFKD NVF LSLTDRWSTK HSTNYRDSCG KQLKGRIITK YTHWLDTFLG CSVSINRHTT VKEPSLFNPN IRCVNLITFE DGLRELS VI QSHLKVFENE FTNLNLQFSD PNRQKLRIVE SRPAESELEA NRAVIVKTKL FSATEQVRLS NNPAVVMGYL LDESAISE V KPTKVDFSNL LKDRFKIMQF FPSVFTLIKM LTDESSDSEK SGLSPDLQQV ARYSNHLTLL SRMIQQAKPT VTVFYMLKG NLMNTEPTVA ELVSYGIKEG RFFRLSDTGV DASTYSVKYW KILHCISAIG CLPLSQADKS SLLMSFLNWR VNMDIRTSDC PLSSHEASI LSEFDGQVIA NILASELSSV KRDSEREGLT DLLDYLNSPT ELLKKKPYLG TTCKFNTWGD SNRSGKFTYS S RSGESIGI FIAGKLHIHL SSESVALLCE TERQVLSWMS KRRTEVITKE QHQLFLSLLP QSHECLQKHK DGSALSVIPD SS NPRLLKF VPLKKGLAVV KIKKQILTVK KQVVFDAESE PRLQWGHGCL SIVYDETDTQ TTYHENLLKV KHLVDCSTDR KKL LPQSVF SDSKVVLSRI KFKTELLLNS LTLLHCFLKH APSDAIMEVE SKSSLLHKYL KSGGVRQRNT EVLFREKLNK VVIK DNLEQ GVEEEIEFCN NLTKTVSENP LPLSCWSEVQ NYIEDIGFNN VLVNIDRNTV KSELLWKFTL DTNVSTTSTI KDVRT LVSY VSTETIPKFL LAFLLYEEVL MNLINQCKAV KELINSTGLS DLELESLLTL CAFYFQSECS KRDGPRCSFA ALLSLI HED WQRIGKNILV RANNELGDVS LKVNIVLVPL KDMSKPKSER VVMARRSLNH ALSLMFLDEM SLPELKSLSV NCKMGNF EG QECFEFTILK DNSARLDYNK LIDHCVDMEK KREAVRAVED LILMLTGRAV KPSAVTQFVH GDEQCQEQIS LDDLMAND T VTDFPDREAE ALKTGNLGFN WDSD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8574 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4409446
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 485017
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 59.61
得られたモデル

PDB-9ybm:
2.62A cryo-EM structure of RNA-directed RNA polymerase L of Crimean-Congo hemorrhagic fever virus (Apo state)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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