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- EMDB-72288: dsDNA in the central channel of the bacteriophage P74-26 neck -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72288
タイトルdsDNA in the central channel of the bacteriophage P74-26 neck
マップデータ
試料
  • ウイルス: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
    • DNA: DNA (66-MER)
    • DNA: DNA (66-MER)
キーワードbacteriophage / thermophilic / Neck / Portal / VIRUS / VIRUS-DNA complex
生物種Oshimavirus P7426 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å
データ登録者Sedivy EL / Agnello E / Song K / Xu C / Kelch BA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1817338 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2026
タイトル: The structure of a thermostable phage's portal vertex and neck complex illuminates the headful maturation mechanism.
著者: Emma L Sedivy / Emily Agnello / Julia E Hobaugh / Rakeyah Ahsan / Kangkang Song / Chen Xu / Brian A Kelch /
要旨: Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged ...Viruses assemble from component parts inside their host cells, but the mechanisms coordinating this complex process are not completely understood. In tailed bacteriophages, the genome is packaged into its capsid shell through the portal complex. The portal complex then closes to retain DNA and connects to the tail, which is required for host recognition and infection. The trigger to stop pumping DNA and assemble the mature virus has been a longstanding conundrum in the field. We determined the structure of the portal, the proteins that connect it to the tail, and portal vertex in the hyperthermophilic phage Oshimavirus using cryo-Electron Microscopy (cryo-EM). We find highly intertwined loop structures, like in a wicker basket, potentially stabilizing the portal vertex against high temperatures. Moreover, we observe that the portal protrudes from the capsid in mature virions. We propose that portal is repositioned by packaged DNA, forming a pressure-sensitive switch that terminates genome packaging and triggers tail attachment in headful phages.
履歴
登録2025年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.44495785 - 0.9391107
平均 (標準偏差)-0.007503806 (±0.055281915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_72288_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72288_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72288_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Oshimavirus P7426

全体名称: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
    • DNA: DNA (66-MER)
    • DNA: DNA (66-MER)

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超分子 #1: Oshimavirus P7426

超分子名称: Oshimavirus P7426 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Virions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride gradient ultracentrifugation.
NCBI-ID: 466052 / 生物種: Oshimavirus P7426 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 820.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: DNA (66-MER)

分子名称: DNA (66-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
分子量理論値: 20.091855 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)

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分子 #2: DNA (66-MER)

分子名称: DNA (66-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Oshimavirus P7426 (ウイルス)
分子量理論値: 20.603148 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Virions were purified from infected Thermus thermophilus using cesium chloride and sucrose gradient ultracentrifugation.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16184 / 平均電子線量: 49.0571 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 4.1.0)Patch CTF Estimation
cryoSPARC (ver. 4.4.1)Local CTF Refinement

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement
詳細: FSC was calculated inside the provided mask, which only covers the lumen of the Neck channel
使用した粒子像数: 19306
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / ソフトウェア - 詳細: Local Refinement
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 38000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / ソフトウェア - 詳細: 3D Classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Initial model was created by ModelAngelo
ソフトウェア名称: Coot
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9q7a:
dsDNA in the central channel of the bacteriophage P74-26 neck

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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