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- EMDB-72095: CryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72095
タイトルCryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia at 2.38A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: water
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating) / methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating, NAD) activity / thymine catabolic process / L-valine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Abendroth J / Davies DR / Yang M / Hoarnyi PS / Lorimer DD / Edwards TE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia at 2.38A resolution
著者: Abendroth J / Davies DR / Yang M / Hoarnyi PS / Lorimer DD / Edwards TE
履歴
登録2025年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å		0.89 Å/pix.
x 256 pix.
= 227.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.57
最小 - 最大-1.8028625 - 2.7889354
平均 (標準偏差)-0.00045976366 (±0.11178121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 227.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72095_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72095_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde deh...

全体名称: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase
要素
  • 複合体: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde deh...

超分子名称: Tetrameric sample of purified Methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

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分子 #1: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)

分子名称: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA-acylating)
由来(天然)生物種: Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
分子量理論値: 55.120836 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MAHHHHHHMT TVPAYTSDAD VGHYLDGAPV AGRSGRFQDV FNPALGRAVR RVALAGNDEV ERAVASARAA FPAWADTPPI RRARVLHRF LQLMNEHRDT LAAIITAEHG KVFSDAQGEV ARGIDIIEFA CGVPQLLKGD FTDQVSTGID NWTMRQPLGV V AGITPFNF ...文字列:
MAHHHHHHMT TVPAYTSDAD VGHYLDGAPV AGRSGRFQDV FNPALGRAVR RVALAGNDEV ERAVASARAA FPAWADTPPI RRARVLHRF LQLMNEHRDT LAAIITAEHG KVFSDAQGEV ARGIDIIEFA CGVPQLLKGD FTDQVSTGID NWTMRQPLGV V AGITPFNF PCMVPCWMFP VALATGNTFV LKPSERDPSA ALFIADLLTQ AGLPAGVFNV VQGDKGAVDA LLDHPDVQAV SF VGSTPIA AYVQQRAVQS GKRVQALGGA KNHLVVMPDA NIDQAVDALI GAAYGSAGER CMAISIAVLV GDVADKIVPA VAE RARKLV IGDGMSPEVE MGPIVTGEAL KRIEGYIEQG VNEGAQLVVD GRGLRVPGRE AGFFTGGTLF DHVKPDMRIY KEEI FGPVL GCVRVKDFGE AVDLINAHEF GNGVSCFTSD GGIAREFARR IQVGMVGINV PIPVPMAWHG FGGWKKSLFG DMHAY GEEG VRFYTRQKSV MQRWSSSIGK GAEFAMPTAK

UniProtKB: methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (CoA acylating)

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分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 346 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 10 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM NAD
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: new
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: BuceA.00020.a.B1.PS01775 was diluted from 58 mg/mL to 10 mg/mL into dilution buffer (25 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl) and then further diluted to 1 mg/mL in dilution buffer supplemented with ...詳細: BuceA.00020.a.B1.PS01775 was diluted from 58 mg/mL to 10 mg/mL into dilution buffer (25 mM HEPES pH 8.0, 150 mM NaCl) and then further diluted to 1 mg/mL in dilution buffer supplemented with 1 mM NAD. 3 uL of mix was transferred onto a Cu 300 QF R1.2/1.3 grid and vitrified in liquid ethane with a Vitrobot using the following parameters: 3 sec wait, 4 sec blot at blot force 7, 95% humidity, 5 C. Data were collected on the University of Washington Glacios equipped with a K3 camera; CEM0001125JA..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4642 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 47.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold2 model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 2412495
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX
精密化空間: REAL / 当てはまり具合の基準: ‘’
得られたモデル

PDB-9q0d:
CryoEM structure of methylmalonic acid semialdehyde dehydrogenase from Burkholderia cenocepacia at 2.38A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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