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- EMDB-71895: Cryo-EM structure of receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71895
タイトルCryo-EM structure of receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain
マップデータem map
試料
  • 複合体: Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードReceptor tyrosine kinase ROS1 / ROS1-NELL2 complex / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of phosphate transport / regulation of TOR signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding ...columnar/cuboidal epithelial cell development / regulation of phosphate transport / regulation of TOR signaling / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / regulation of cell growth / receptor protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / spermatogenesis / gene expression / protein phosphorylation / cell differentiation / signaling receptor complex / negative regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / signal transduction / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.57 Å
データ登録者Li H / Klein D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Clustering and a conformational switch drive activation of the mammalian receptor tyrosine kinase ROS1.
著者: Hengyi Li / Jianan Zhang / Tongqing Li / Yueyue Wang / Claudio R Alarcón / Daryl E Klein /
要旨: Receptor tyrosine kinases (RTKs) are key regulators of cellular signaling and are often co-opted in cancer. ROS1 is an orphan RTK aberrantly expressed in multiple tumors, yet no approved biologic ...Receptor tyrosine kinases (RTKs) are key regulators of cellular signaling and are often co-opted in cancer. ROS1 is an orphan RTK aberrantly expressed in multiple tumors, yet no approved biologic therapies target it, and its activation mechanism remains unknown. Here, we present Cryo-EM structures of mammalian ROS1 in ligand-free and NELL2-bound states, revealing how trimeric NELL2 induces both receptor clustering and a conformational switch that relieves receptor autoinhibition - both mechanisms are required for ROS1 activation. These structures, along with biochemical characterization, reflect a striking evolutionary divergence in regulatory logic compared to the invertebrate ortholog Sevenless (dROS1), highlighting how conserved RTKs can adopt fundamentally different activation strategies. Guided by these structural insights, we develop monoclonal antibodies that either block ligand binding or trap ROS1 in an inactive conformation. These agents potently suppress ROS1 signaling, representing distinct mechanistic classes of biologics that directly target ROS1 activity. Our findings elucidate a distinct mode of RTK regulation and establish a therapeutic framework for cancers driven by ROS1.
履歴
登録2025年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈em map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 384 pix.
= 499.2 Å		1.3 Å/pix.
x 384 pix.
= 499.2 Å		1.3 Å/pix.
x 384 pix.
= 499.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0857
最小 - 最大-0.38687935 - 0.8949566
平均 (標準偏差)-0.00032718942 (±0.014786816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 499.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_71895_half_map_1.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map

ファイルemd_71895_half_map_2.map
注釈half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain

全体名称: Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain
要素
  • 複合体: Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain

超分子名称: Receptor tyrosine kinase ROS1 extracellular domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

分子名称: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 207.759422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: STVLSSCLTS CVTNLGRQLD SGTRYNLSEA CIHGCQFWNS VDQETCALKC NDTYATICER ESCEVGCSNA EGSYEEEVLE STELPTAPF ASSIGSHGVT LRWNPANISG VKYIIQWKYA QLPGSWTFTE TVSKLSYTVE PLHPFTEYIF RVVWIFTAQL H LYSPPSPS ...文字列:
STVLSSCLTS CVTNLGRQLD SGTRYNLSEA CIHGCQFWNS VDQETCALKC NDTYATICER ESCEVGCSNA EGSYEEEVLE STELPTAPF ASSIGSHGVT LRWNPANISG VKYIIQWKYA QLPGSWTFTE TVSKLSYTVE PLHPFTEYIF RVVWIFTAQL H LYSPPSPS YRTHPYGVPE TAPLILNMES WSPDTVEVSW APPHFPGGPI LGYNLRLISK NQKLDSGTQR TSFQFYSTLP NT TYRFSIA AVNEVGEGPE AESTVTTPSP SVQEEEQWLF LSRKTSLRKR SLKYLVDEAH CLWSDAIHHN ITGISVYAQQ QVV YFSEGT VIWMKGAANM SDVSDLRIFY QGSGLVSSIS IDWLYQRMYF IMDKLVYVCE LKNCSNLEEI TPFSLIAPQK VVVD SYNGY LFYLLRDGIY RVNLPLPSGR DTKAVRIVES GTLKDFAVKP QSKRIIYFND TMQLFMSTFL DGSAFHRVLP WVPLV TVKS FACENNDFLI TDGKAIFQQD SLSFNEFIVG CDLSHIEEFG FGNLVIFGSS VQSYPLPGHP QEVSVLFGSR EALIQW TPP ALAIGASPSA WQNWTYEVKV YSQDILEITQ VFSNISGTML NVPELQSSTK YTVSVRASSP KGPGPWSAPS VGTTLVP AT EPPFIMAVKE DGLWSKPLCS FGPGEFLSSD VGNVSDMDWY NNSLYYSDTK GNVYVRPLNG MDISENYHIP SIVGAGAL A FEWLGHFLYW AGKTYVIQRQ SVLTGHTDIV THVKLLVNDM AVDSVGGYLY WTTLYSVEST RLNGESSLVL QAQPWLSGK KVIALTLDLS DGLLYWLVQD NQCIHLYTAV LRGWSGGDAT ITEFAAWSTS EISQNALMYY SGRLFWINGF RIITAQEIGQ RTSVSVSEP AKFNQFTIIQ TSLKPLPGNF SSTPKVIPDP VQESSFRIEG HTSSFQILWN EPPAVDWGIV FYSVEFSTHS K FLIIEQQS LPIFTVEGLE PYTLFNLSVT PYTYWGKGQK TSLSFRAPES VPSAPENPRI FILSSGRYTK KNEVVVEFRW NK PKHENGV LTKFEIFYHI SKQSGTNRST EDWMSASVIP PVMSFQLEAV SPEYTVAFQV RVFTSKGPGP FSDIVMSKTS EIK PCPYLI SLLGNKIVFL DMDQNQVLWT FSLEGDVSTV GYTTDDEMGY FAQGDTLFLL NLRNHSSSKL FQDALVSDIR VIAV DWIAR HLYFALKASQ NGTQIFNVDL EHKVKSPREV KTCKAHTTII SFSIYPLLSR LYWTEVSDLG HQMFYCNISN HTSQH VLQP KASNQHGRSQ CSCNVTESEL SGAMTVDTSD PDRPWIYFTK RQEIWAMDLE GCQCWKVIMV PTIPGKRIIS LTVDGE FIY WIMKTKDDAQ IYQAKKGSGA ILSQVKASRS KHILAYSSAL QPFPDKAYLS LASDMVEATI LYATNTSLTL KLPPVKT NL TWHGITHPTS TYLIYYMEAN RANSSDRRHK MLESQENVAR IEGLQPFSMY MIQIAVKNYY SEPLEHLPLG KEIQGQTK S GVPGAVCHIN ATVLSDTSLH VFWTESHKPN GPKESVRYQL VMSYLAPIPE TPLRQGEFPS AKLSLLITKL SGGQLYVMK VLACHPEEMW CTESHPVSVN MFDTPEKPSA LVPENTSLQL DWKARSNVNL TGFWFELQKW KYNEFYHVKA SCSQGPVYVC NITDLQPYT SYNIRVVVVY TTGENSSSIP ESFKTKAGVP SKPGIPKLLE GSKNSIQWEK AEDNGSRLMY YTLEVRKGIS N DSQNQSSR WKVVFNGSCS SICTWRSKNL KGTFQFRAVA ANEIGLGEYS EISEDITLVE DGGGGSSAWS HPQFEKGGGS GG GSGGSAW SHPQFEK

UniProtKB: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase ROS

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 23490
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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