[日本語] English
万見
- EMDB-71677: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71677
タイトルHIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
マップデータSharpened map.
試料
  • 複合体: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
    • タンパク質・ペプチド: 1-23 light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: 1-23 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: RM19R light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: RM19R heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41 - BG505 MD39
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / SOSIP / human / broadly neutralizing antibody / Fab / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bader DLV / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and immunogenetic signatures guide CD4-mimetic HIV vaccine development
著者: Bader DLV / Flynn CT
履歴
登録2025年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_71677.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71677.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 313.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-1.1698186 - 2.0378227
平均 (標準偏差)0.0072397552 (±0.059239566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 313.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_71677_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_71677_half_map_1.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_71677_half_map_2.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R

全体名称: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
要素
  • 複合体: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
    • タンパク質・ペプチド: 1-23 light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: 1-23 heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: RM19R light chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: RM19R heavy chain Fv
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41 - BG505 MD39
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R

超分子名称: HIV-1 bnAb 1-23 in complex with BG505 MD39 SOSIP and RM19R
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
分子 #1: 1-23 light chain Fv

分子名称: 1-23 light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.722116 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EPVLTQSPGT LSLSPGEGAT LSCRARQGFS ADHVAWFQKK PGRPPRLLIF EASRRASGTP ERFSGGGSGP EYTLTITRVE PEDFAVYYC QSYGSITPLV FGGGTRVDVK

-
分子 #2: 1-23 heavy chain Fv

分子名称: 1-23 heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.166889 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QLVQSGGGVR RPGASVKISC ETPEYTFTKY WLHWLRQAPG RGLEWMGVVS PHGGRPMFAF EFRDRLTLTR DIHTTTHYME LRGLTSDDT AVYFCARDSF GETFRGHDQP YQMDVWGGGT TVVVSS

-
分子 #3: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.141047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR D KKQKVYSL ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GAENLWVTVY YGVPVWKDAE TTLFCASDAK AYETEKHNVW ATHACVPTDP NPQEIHLEN VTEEFNMWKN NMVEQMHEDI ISLWDQSLKP CVKLTPLCVT LQCTNVTNNI TDDMRGELKN CSFNMTTELR D KKQKVYSL FYRLDVVQIN ENQGNRSNNS NKEYRLINCN TSAITQACPK VSFEPIPIHY CAPAGFAILK CKDKKFNGTG PC PSVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVIIRSEN ITNNAKNILV QLNTPVQINC TRPNNNTVKS IRIGPGQAFY YTG DIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TIIRFAQSSG GDLEVTTHSF NCGGEFFYCN TSGLFNSTWI SNTS VQGSN STGSNDSITL PCRIKQIINM WQRIGQAMYA PPIQGVIRCV SNITGLILTR DGGSTNSTTE TFRPGGGDMR DNWRS ELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV VGRRRRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

-
分子 #4: RM19R light chain Fv

分子名称: RM19R light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.808134 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AIRMTQSPAI LSLSPGERAT LSCRASQSVD SRLAWYQQKP GQSPRLLIYD VSSRATGIPD RFSGSGSGTE FTLTISSLEP EDVAVYFCH QENDWPWTFG QGTKVEIK

-
分子 #5: RM19R heavy chain Fv

分子名称: RM19R heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.268667 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGPG LVRPSETLSL TCAVSGDSIS TNNGWSWIRQ TPGKGLEWIG YINGRSGSTR YNPSLQSRVT ISTDTSGNQF SLKVNSVTA ADTAKYYCAF FWSTYYKRFD VWGPGVRVTV SS

-
分子 #6: Envelope glycoprotein gp41 - BG505 MD39

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 - BG505 MD39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.250541 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGTKHHH H HH

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

-
分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5.88 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4808 / 平均露光時間: 7.02 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 958003
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio (cryoSPARC)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.7.0) / 使用した粒子像数: 500071
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.7.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る