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- EMDB-71299: ClpP1P2 complex from M. tuberculosis bound to Calprotamide A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71299
タイトルClpP1P2 complex from M. tuberculosis bound to Calprotamide A
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
  • リガンド: N-[(2R,4S)-2-ethyl-4-({(betaS)-N-[(2Z)-hex-2-enoyl]-beta-methyl-L-phenylalanyl}amino)-6-methyl-3-oxoheptanoyl]-L-alanine
キーワードMtb / ClpP / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / peptidoglycan-based cell wall / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Brady SF / Kan J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122559 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ClpP1P2 complex from M. tuberculosis bound to Calprotamide A
著者: Brady SF / Kan J
履歴
登録2025年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71299.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71299.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 251.94 Å		0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 251.94 Å		0.98 Å/pix.
x 256 pix.
= 251.94 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.98414 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0215
最小 - 最大-0.10309891 - 0.25119296
平均 (標準偏差)0.00014460522 (±0.009745426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 251.93983 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71299_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_71299_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71299_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71299_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A

全体名称: Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A
要素
  • 複合体: Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1
  • リガンド: N-[(2R,4S)-2-ethyl-4-({(betaS)-N-[(2Z)-hex-2-enoyl]-beta-methyl-L-phenylalanyl}amino)-6-methyl-3-oxoheptanoyl]-L-alanine

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超分子 #1: Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A

超分子名称: Tetranary complex of Mtb ClpP1P2 protomers bound with calprotamide A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 91.357 kDa/nm

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分子 #1: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 23.791988 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AGTMNSQNSQ IQPQARYILP SFIEHSSFGV KESNPYNKLF EERIIFLGVQ VDDASANDIM AQLLVLESLD PDRDITMYIN SPGGGFTSL MAIYDTMQYV RADIQTVCLG QAASAAAVLL AAGTPGKRMA LPNARVLIHQ PSLSGVIQGQ FSDLEIQAAE I ERMRTLME ...文字列:
AGTMNSQNSQ IQPQARYILP SFIEHSSFGV KESNPYNKLF EERIIFLGVQ VDDASANDIM AQLLVLESLD PDRDITMYIN SPGGGFTSL MAIYDTMQYV RADIQTVCLG QAASAAAVLL AAGTPGKRMA LPNARVLIHQ PSLSGVIQGQ FSDLEIQAAE I ERMRTLME TTLARHTGKD AGVIRKDTDR DKILTAEEAK DYGIIDTVLE YRKLSAQTA

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2

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分子 #2: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

分子名称: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 21.956898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AGTMSQVTDM RSNSQGLSLT DSVYERLLSE RIIFLGSEVN DEIANRLCAQ ILLLAAEDAS KDISLYINSP GGSISAGMAI YDTMVLAPC DIATYAMGMA ASMGEFLLAA GTKGKRYALP HARILMHQPL GGVTGSAADI AIQAEQFAVI KKEMFRLNAE F TGQPIERI ...文字列:
AGTMSQVTDM RSNSQGLSLT DSVYERLLSE RIIFLGSEVN DEIANRLCAQ ILLLAAEDAS KDISLYINSP GGSISAGMAI YDTMVLAPC DIATYAMGMA ASMGEFLLAA GTKGKRYALP HARILMHQPL GGVTGSAADI AIQAEQFAVI KKEMFRLNAE F TGQPIERI EADSDRDRWF TAAEALEYGF VDHIITRAHV NGEAQ

UniProtKB: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 1

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分子 #3: N-[(2R,4S)-2-ethyl-4-({(betaS)-N-[(2Z)-hex-2-enoyl]-beta-methyl-L...

分子名称: N-[(2R,4S)-2-ethyl-4-({(betaS)-N-[(2Z)-hex-2-enoyl]-beta-methyl-L-phenylalanyl}amino)-6-methyl-3-oxoheptanoyl]-L-alanine
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1CHD
分子量理論値: 529.668 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vgk

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1464563
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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