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- EMDB-71257: Zebrafish TRPM5 Q771A mutant with 5mM calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71257
タイトルZebrafish TRPM5 Q771A mutant with 5mM calcium
マップデータZebrafish TRPM5 Q771A mutant with 5mM calcium
試料
  • 複合体: zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: Tigogenin
  • リガンド: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
キーワードTRPM5 channel / ion channel / cation channel / sodium channel / TRANSPORT PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / calcium-activated cation channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / virion component / calcium channel activity / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / calcium-activated cation channel activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / virion component / calcium channel activity / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. ...RNA-directed RNA polymerase L methyltransferase domain, rhabdovirus / Virus-capping methyltransferase, MT domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Transient receptor potential channel, canonical / TRPM, SLOG domain / : / : / SLOG in TRPM / TRPM2-like domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Ruan Z / Du J / Lu W
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R00NS128258 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL153219 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS112363 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138321 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS111031 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS129804 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: A single allosteric site merges activation, modulation and inhibition in TRPM5.
著者: Zheng Ruan / Junuk Lee / Yangyang Li / Ian J Orozco / Juan Du / Wei Lü /
要旨: TRPM5 is a Ca-activated monovalent cation channel essential for taste perception, insulin secretion and gastrointestinal chemosensation. Canonical TRPM5 activation requires Ca binding at two distinct ...TRPM5 is a Ca-activated monovalent cation channel essential for taste perception, insulin secretion and gastrointestinal chemosensation. Canonical TRPM5 activation requires Ca binding at two distinct sites: an agonist site within the lower vestibule of the S1-S4 pocket in the transmembrane domain (Ca) and a modulatory site in the intracellular domain (Ca) that tunes voltage dependence and agonist sensitivity. Here we characterize CBTA as a noncalcium agonist that binds to the upper vestibule of the S1-S4 pocket, directly above Ca. CBTA alone mimics the dual role of Ca and Ca, merging agonist activation with voltage modulation. CBTA also renders TRPM5 supersensitive to Ca, synergistically hyperactivating the channel even at near-resting Ca levels. We further demonstrate that the inhibitor triphenylphosphine oxide binds the same site but stabilizes a nonconductive state. These opposing effects reveal the upper S1-S4 pocket as a multifunctional regulatory hub integrating activation, inhibition and modulation in TRPM5.
履歴
登録2025年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71257.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71257.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zebrafish TRPM5 Q771A mutant with 5mM calcium
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0035
最小 - 最大-0.004432049 - 0.01645685
平均 (標準偏差)0.00010640855 (±0.0007780486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71257_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Additional Map

ファイルemd_71257_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 6

ファイルemd_71257_additional_2.map
注釈subunit class 6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 5

ファイルemd_71257_additional_3.map
注釈subunit class 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 4

ファイルemd_71257_additional_4.map
注釈subunit class 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 3

ファイルemd_71257_additional_5.map
注釈subunit class 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 2

ファイルemd_71257_additional_6.map
注釈subunit class 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: subunit class 1

ファイルemd_71257_additional_7.map
注釈subunit class 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_71257_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_71257_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium

全体名称: zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium
要素
  • 複合体: zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: Tigogenin
  • リガンド: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside

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超分子 #1: zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium

超分子名称: zebrafish TRPM5 D797A mutant in GDN detergent with 5mM calcium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation...

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L,Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NNS virus cap methyltransferase
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 166.758625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHA AASAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY K TRAEVKFE ...文字列:
MHHHHHHHHA AASAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGMVSKGEEL FTGVVPILVE LDGDVNGHKF SVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTTGKLPVP WPTLVTTLTY GVQCFSRYPD HMKQHDFFKS AMPEGYVQER TIFFKDDGNY K TRAEVKFE GDTLVNRIEL KGIDFKEDGN ILGHKLEYNY NSHNVYIMAD KQKNGIKVNF KIRHNIEDGS VQLADHYQQN TP IGDGPVL LPDNHYLSTQ SKLSKDPNEK RDHMVLLEFV TAAGITLGMD ELYKSGLRSG LVPRGSGGRA TMVEKSSERF DKQ MAGRLG DIDFTGVSRT RGKFVRVTSS TDPAEIYQIL TKQWGLAPPH LVVALMGGDE VAQLKPWLRD TLRKGLVKAA QSTG AWILT SGLRFGITKN LGQAVRDHSL ASTSPKVRVV AIGIAPWNMI QNRDLLLSAK PDHPATYPTE DLPYGAVYSL DCNHS HFIL VDEDPKRPGA TGEMRVKMLK HISLQRTGYG GTGSIEIPVL CLLVHGEPRI LQKMYKNIQN SIPWLILAGS GGVADI LVT LMDRGCWDAD IVQELLINTF PDGLHSTEIT SWTKLIQRIL DHGHLLTVHD PEQDSELDTV ILKALVKACK SQSQEAQ DF LDELKLAVAW NRVDIAKSEI FSGDVQWSAQ DLEEVMMEAL VNDKPDFVRL FVDNGVNIKQ FLTYGRLQEL YCSVSEKN L LHTLLLKKNQ ERQAQLARKR MSGNPNNELG DRKFRFTFHE VSKVLKDFLD DTCKGFYQKL PAERMGKGRL FHSQKNLPD MDRRCEHPWR DLFLWAILQN RQEMANYFWA MGPEAVAAAL VGCKIMKEMA HLATEAESAR SMKNAKYEQF AMDLFSECYS NSEDRAYSL LVRKTCCWSK ATVLNIATLA EAKCFFAHDG VQALLTKVWW GAMRTDTSIS RLVLTFFIPP LVWTSLIKFN P EEQVSKDE GEPFAELDSL ETEQALLLTD GDPVAGEGSA ETAARSCSAT FIRVVLRRWN RFWSAPVTVF MGNVIMYFAF LI LFSYVLL LDFRPPPPYG PSAAEIILYF WVFTLVLEEI RASFFTDEDM SILKKMKLYV EDNWNKCDMV AISLFVVGLS CRM AMSTYE AGRTVLALDF MVFTLRLIHI FAIHKQLGPK IIIVERMIKD VFFFLFFLSV WLIAYGVTTQ ALLHPNDPRI DWVF RRALY RPYLHIFGQI PLEEIDAAKM PDDNCTTDVQ EIILGTLPPC PNIYANWLVI LLLVIYLLVT NVLLLNLLIA MFSYT FQVV QENADIFWKF QRYNLIVEYH SRPALAPPFI IISHITQALL SFIKKTENTQ DLLERELPSG LDQKLMTWET VQKENY LAK LEHEHRESSG ERLRYTSSKV QTLLRMVGGF KDQEKRMATV ETEVRYCGEV LSWIAECFHK STLKCDRDAP KAPRSIA GS SRDQQPQGAK RQQPGGHPAY GTDKKLPFID HFE

UniProtKB: Replicase, Transient receptor potential cation channel subfamily M member 5

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: Tigogenin

分子名称: Tigogenin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: A1CGZ
分子量理論値: 416.636 Da

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分子 #5: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17be...

分子名称: (2R)-2-(hydroxymethyl)-4-{[(10xi,13xi,22xi,25R)-5beta,14beta,17beta-spirostan-3beta-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: A1CG0
分子量理論値: 843.049 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 3662754
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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