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万見
- EMDB-70625: Cryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70625
タイトルCryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (51-X3CDX2) complex.
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex
    • 複合体: DNA repair protein RAD51 homolog 1
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 1
    • 複合体: XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 3
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 4
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードPentameric / RAD51 / XRCC3 / RAD51C / RAD51D / XRCC2 / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


telomeric loop disassembly / meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / telomere maintenance via telomere trimming / resolution of mitotic recombination intermediates / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside ...telomeric loop disassembly / meiotic DNA recombinase assembly / Rad51C-XRCC3 complex / Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex / female meiosis sister chromatid cohesion / double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / telomere maintenance via telomere trimming / resolution of mitotic recombination intermediates / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / response to glucoside / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / crossover junction DNA endonuclease activity / mitotic recombination-dependent replication fork processing / DNA recombinase assembly / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / telomere maintenance via telomere lengthening / double-strand break repair involved in meiotic recombination / nuclear ubiquitin ligase complex / cellular response to cisplatin / regulation of centrosome duplication / DNA strand invasion / t-circle formation / cellular response to hydroxyurea / mitotic recombination / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / DNA strand exchange activity / gamma-tubulin binding / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / telomere maintenance via recombination / regulation of fibroblast apoptotic process / reciprocal meiotic recombination / single-stranded DNA helicase activity / centrosome cycle / positive regulation of neurogenesis / sister chromatid cohesion / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / ATP-dependent DNA damage sensor activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nuclear chromosome / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Transcriptional Regulation by E2F6 / male meiosis I / microtubule organizing center / replication fork processing / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / somitogenesis / interstrand cross-link repair / condensed chromosome / DNA polymerase binding / neurogenesis / telomere maintenance / replication fork / condensed nuclear chromosome / cellular response to ionizing radiation / male germ cell nucleus / response to gamma radiation / meiotic cell cycle / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / PML body / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Meiotic recombination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to toxic substance / multicellular organism growth / cell junction / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / double-stranded DNA binding / DNA recombination / spermatogenesis / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / mitochondrial matrix / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / centrosome / chromatin / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA repair protein XRCC2 / : / : / : / RAD51D, N-terminal domain / : / : / XRCC3/RpoA-like, helix-hairpin-helix domain / DNA recombination/repair protein Rad51 ...: / DNA repair protein XRCC2 / : / : / : / RAD51D, N-terminal domain / : / : / XRCC3/RpoA-like, helix-hairpin-helix domain / DNA recombination/repair protein Rad51 / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD51 homolog 3 / DNA repair protein XRCC3 / DNA repair protein XRCC2 / DNA repair protein RAD51 homolog 4 / DNA repair protein RAD51 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Ruben EA / Jia L / Olsen SK / Wasmuth EV / Rawal Y / Kwon Y / Sung P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (51-X3CDX2) complex.
著者: Ruben EA / Jia L / Olsen SK / Wasmuth EV / Rawal Y / Kwon Y / Sung P
履歴
登録2025年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 384 pix.
= 334.08 Å		0.87 Å/pix.
x 384 pix.
= 334.08 Å		0.87 Å/pix.
x 384 pix.
= 334.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0784
最小 - 最大-0.73941725 - 0.98891944
平均 (標準偏差)-0.00024038847 (±0.015105031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 334.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70625_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_70625_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70625_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_70625_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex

全体名称: Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex
要素
  • 複合体: Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex
    • 複合体: DNA repair protein RAD51 homolog 1
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 1
    • 複合体: XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 3
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD51 homolog 4
      • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex

超分子名称: Pentameric RAD51-XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 1

超分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2

超分子名称: XRCC3-RAD51C-RAD51D-XRCC2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA repair protein XRCC3

分子名称: DNA repair protein XRCC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.899781 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDLDLLDLNP RIIAAIKKAK LKSVKEVLHF SGPDLKRLTN LSSPEVWHLL RTASLHLRGS SILTALQLHQ QKERFPTQHQ RLSLGCPVL DALLRGGLPL DGITELAGRS SAGKTQLALQ LCLAVQFPRQ HGGLEAGAVY ICTEDAFPHK RLQQLMAQQP R LRTDVPGE ...文字列:
MDLDLLDLNP RIIAAIKKAK LKSVKEVLHF SGPDLKRLTN LSSPEVWHLL RTASLHLRGS SILTALQLHQ QKERFPTQHQ RLSLGCPVL DALLRGGLPL DGITELAGRS SAGKTQLALQ LCLAVQFPRQ HGGLEAGAVY ICTEDAFPHK RLQQLMAQQP R LRTDVPGE LLQKLRFGSQ IFIEHVADVD TLLECVNKKV PVLLSRGMAR LVVIDSVAAP FRCEFDSQAS APRARHLQSL GA TLRELSS AFQSPVLCIN QVTEAMEEQG AAHGPLGFWD ERVSPALGIT WANQLLVRLL ADRLREEEAA LGCPARTLRV LSA PHLPPS SCSYTISAEG VRGTPGTQSH

UniProtKB: DNA repair protein XRCC3

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分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 3

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.244609 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR ...文字列:
MRGKTFRFEM QRDLVSFPLS PAVRVKLVSA GFQTAEELLE VKPSELSKEV GISKAEALET LQIIRRECLT NKPRYAGTSE SHKKCTALE LLEQEHTQGF IITFCSALDD ILGGGVPLMK TTEICGAPGV GKTQLCMQLA VDVQIPECFG GVAGEAVFID T EGSFMVDR VVDLATACIQ HLQLIAEKHK GEEHRKALED FTLDNILSHI YYFRCRDYTE LLAQVYLLPD FLSEHSKVRL VI VDGIAFP FRHDLDDLSL RTRLLNGLAQ QMISLANNHR LAVILTNQMT TKIDRNQALL VPALGESWGH AATIRLIFHW DRK QRLATL YKSPSQKECT VLFQIKPQGF RDTVVTSACS LQTEGSLSTR KRSRDPEEEL

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 3

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分子 #3: DNA repair protein RAD51 homolog 4

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.084254 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGVLRVGLCP GLTEEMIQLL RSHRIKTVVD LVSADLEEVA QKCGLSYKAL VALRRVLLAQ FSAFPVNGAD LYEELKTSTA ILSTGIGSL DKLLDAGLYT GEVTEIVGGP GSGKTQVCLC MAANVAHGLQ QNVLYVDSNG GLTASRLLQL LQAKTQDEEE Q AEALRRIQ ...文字列:
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UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 4

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分子 #4: DNA repair protein RAD51 homolog 1

分子名称: DNA repair protein RAD51 homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.009125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ...文字列:
MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ERLLAVAERY GLSGSDVLDN VAYARAFNTD HQTQLLYQAS AMMVESRYAL LIVDSATALY RTDYSGRGEL SA RQMHLAR FLRMLLRLAD EFGVAVVITN QVVAQVDGAA MFAADPKKPI GGNIIAHAST TRLYLRKGRG ETRICKIYDS PCL PEAEAM FAINADGVGD AKD

UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 1

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分子 #5: DNA repair protein XRCC2

分子名称: DNA repair protein XRCC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.995525 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL ...文字列:
MCSAFHRAES GTELLARLEG RSSLKEIEPN LFADEDSPVH GDILEFHGPE GTGKTEMLYH LTARCILPKS EGGLEVEVLF IDTDYHFDM LRLVTILEHR LSQSSEEIIK YCLGRFFLVY CSSSTHLLLT LYSLESMFCS HPSLCLLILD SLSAFYWIDR V NGGESVNL QESTLRKCSQ CLEKLVNDYR LVLFATTQTI MQKASSSSEE PSHASRRLCD VDIDYRPYLC KAWQQLVKHR MF FSKQDDS QSSNQFSLVS RCLKSNSLKK HFFIIGESGV EFC

UniProtKB: DNA repair protein XRCC2

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分子 #6: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析 #1

Image processing ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8faz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 487470
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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画像解析 #2

Image processing ID2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8faz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 487470
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る