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- EMDB-70613: Cryo-EM structure of rhesus antibody V033-Int1 in complex with HI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70613
タイトルCryo-EM structure of rhesus antibody V033-Int1 in complex with HIV Env trimer Q23.17 MD39
マップデータ
試料
  • 複合体: V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp41 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: V033-Int1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: V033-Int1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードNeutralizing antibody / HIV-1 V2 apex / SHIV-elicited / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Roark RS / Shapiro L / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Immunol / 年: 2026
タイトル: Env-antibody coevolution identifies B cell priming as the principal bottleneck to HIV V2 apex broadly neutralizing antibody development.
著者: Rumi Habib / Ryan S Roark / Hui Li / Andrew Jesse Connell / Michael P Hogarty / Kshitij Wagh / Shuyi Wang / Lorie Marchitto / Ashwin N Skelly / John W Carey / Kirsten J Sowers / Kasirajan ...著者: Rumi Habib / Ryan S Roark / Hui Li / Andrew Jesse Connell / Michael P Hogarty / Kshitij Wagh / Shuyi Wang / Lorie Marchitto / Ashwin N Skelly / John W Carey / Kirsten J Sowers / Kasirajan Ayyanathan / Samantha J Plante / Frederic Bibollet-Ruche / Younghoon Park / Colby J Agostino / Ajay Singh / Christian L Martella / Emily Lewis / Juliette M Rando / Neha Chohan / Jinery Lora / Wenge Ding / Mary S Campion / Chengyan Zhao / Weimin Liu / Yingying Li / Xuduo Li / Bo Liang / Rohan Roy Chowdhury / Khaled Amereh / Elizabeth Van Itallie / Zizhang Sheng / Amrit R Ghosh / Katharine J Bar / Wilton B Williams / Kevin Wiehe / Kevin O Saunders / Robert J Edwards / Derek W Cain / Mark G Lewis / Facundo D Batista / Dennis R Burton / Raiees Andrabi / Daniel W Kulp / Barton F Haynes / Bette Korber / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / Beatrice H Hahn / George M Shaw /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are rarely elicited during HIV-1 infection. To identify obstacles to bNAb development, we longitudinally studied 122 rhesus macaques infected by 1 of 16 ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are rarely elicited during HIV-1 infection. To identify obstacles to bNAb development, we longitudinally studied 122 rhesus macaques infected by 1 of 16 different simian-human immunodeficiency viruses (SHIVs). We identified the V2 apex region of the envelope (Env) as the most common bNAb target and a subset of Envs that preferentially elicited these antibodies. In 10 macaques, we delineated Env-antibody coevolution from B cell priming to bNAb development. Antibody phylogenies revealed permissive developmental pathways guided by evolving Envs that contained few mutations in or near the V2 apex C-strand, which were a sensitive indicator of apex-targeted responses. The absence of such mutations reflected a failure in bNAb priming. These results indicate that efficiency of B cell priming, and not complexities in Env-guided affinity maturation, is a primary obstacle to V2 apex bNAb elicitation in SHIV-infected macaques and identify specific HIV-1 Envs to advance as vaccine platforms.
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70613.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70613.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å		1.07 Å/pix.
x 320 pix.
= 342.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.2518351 - 0.6150859
平均 (標準偏差)0.00017142811 (±0.017275983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 342.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70613_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70613_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer

全体名称: V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer
要素
  • 複合体: V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Env gp41 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: V033-Int1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: V033-Int1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer

超分子名称: V033-Int1 Fab in complex with Q23.17 MD39 envelope trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: HIV Env gp120

分子名称: HIV Env gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.996059 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VENLWVTVYY GVPVWRDADT TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTSVNT TGDREGLKNC SFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSAITQAC ...文字列:
VENLWVTVYY GVPVWRDADT TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTSVNT TGDREGLKNC SFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSAITQAC PKVSFEPIPI HYCTPAGFAI LKCKDEGFNG TGLCKNVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEKNIIIRSE NI TNNAKII IVQLVQPVTI KCIRPNNNTV KSIRIGPGQA FYYTGDIIGD IRQAHCNVTR SRWNKTLQEV AEKLRTYFGN KTI IFANSS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW YVNSTWNDTD STQESNDTIT LPCRIKQIIN MWQRAGQAMY APPI PGVIK CESNITGLLL TRDGGKDNNV NETFRPGGSD MRDNWRSELY KYKVVEIEPL GVAPTRCKRR VVER

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分子 #2: HIV Env gp41 ectodomain

分子名称: HIV Env gp41 ectodomain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.315576 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RNLLSGIVQQ QNNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSLD EIWNNMTWLQ WDKEINNYTQ LIYRLIEESQ NQQEKNEKEL LELD

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分子 #3: V033-Int1 heavy chain

分子名称: V033-Int1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 26.214199 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS SYWMNWVRQT PGKGLEWISA INSGGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMNSLRAE DTAVYYCAKV DEDDYGYYYT VPGDLKKYYF DYWGQGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSRS TSESTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
EVQLVESGGG LAKPGGSLRL SCAASGFTFS SYWMNWVRQT PGKGLEWISA INSGGGSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMNSLRAE DTAVYYCAKV DEDDYGYYYT VPGDLKKYYF DYWGQGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSRS TSESTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGSL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYVCNVN HKPSNTKVDK RVEIKTCGGG LE VLFQ

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分子 #4: V033-Int1 light chain

分子名称: V033-Int1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.199662 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDKVT ITCQASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKPLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYNSAPFSFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDKVT ITCQASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKPLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYNSAPFSFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTEYQS HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9bnp

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155379
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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