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万見
- EMDB-70606: Cryo-EM structure of filament form Acidithiobacillus caldus (Aca)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70606
タイトルCryo-EM structure of filament form Acidithiobacillus caldus (Aca) short prokaryotic argonautes, HNH-associated (SPARHA) with gRNA and tDNA
マップデータLocal refinement (C2 symmetry) map using AcaSPARHA tetramer mask
試料
  • 複合体: Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA
    • 複合体: SPARHA complex
      • タンパク質・ペプチド: HNH endonuclease
      • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
    • 複合体: guide RNA and target DNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードSPARHA / prokaryotic argonaute / nuclease / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-DNA-RNA complex
生物種Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Murakami KS / Narwal M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM156623 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Target-induced Argonaute-HNH filaments confer bacterial immunity
著者: Murakami KS / Narwal M / Kanevskaya A / Kulbachinskiy A
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70606.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refinement (C2 symmetry) map using AcaSPARHA tetramer mask
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 377.6 Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 377.6 Å		0.94 Å/pix.
x 400 pix.
= 377.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.944 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.668136 - 0.98603755
平均 (標準偏差)0.00040727193 (±0.025716849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 377.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70606_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap-A

ファイルemd_70606_half_map_1.map
注釈halfmap-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap-B

ファイルemd_70606_half_map_2.map
注釈halfmap-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA

全体名称: Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA
要素
  • 複合体: Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA
    • 複合体: SPARHA complex
      • タンパク質・ペプチド: HNH endonuclease
      • タンパク質・ペプチド: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein
    • 複合体: guide RNA and target DNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA

超分子名称: Acidithiobacillus caldus SPARHA complex with guide RNA and target DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Tetramer with C2 symmetry
分子量理論値: 103.14 kDa/nm

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超分子 #2: SPARHA complex

超分子名称: SPARHA complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア)

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超分子 #3: guide RNA and target DNA

超分子名称: guide RNA and target DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア) / Synthetically produced: Yes

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分子 #1: HNH endonuclease

分子名称: HNH endonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Acidithiobacillus caldus short prokaryotic Argonaute HNH-APAZ endonuclease
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
分子量理論値: 50.263348 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAIEPRTKQI LWGRAGATCS FPGCGRNLVR DATPEDREVL VGEIAHIVGQ SKGGPRAEMS VPGGNVDGYD NLILLCHEHH ELVDQQPNT YPVEKLRQYK TDHEEWVRAR LSREQEFEGL TRPEAMVTET VYSNVLPITQ LPHYVYSGPC TVPEAEVKTL I KWPSDKRI ...文字列:
MAIEPRTKQI LWGRAGATCS FPGCGRNLVR DATPEDREVL VGEIAHIVGQ SKGGPRAEMS VPGGNVDGYD NLILLCHEHH ELVDQQPNT YPVEKLRQYK TDHEEWVRAR LSREQEFEGL TRPEAMVTET VYSNVLPITQ LPHYVYSGPC TVPEAEVKTL I KWPSDKRI LTPYIIRGGR LYAFNDLKDY ESPFATIVDP YSAQRHTLNE WLDKPDEMRW YVELLNRTVN KITGHLRLKL DK EHHRYFF EPDEPGKDKS VTYQSVGGVR SERKVAWNPH FKHNDMPKRY WEHLAVGLRF HRLGDMAWGF AIRPERRFTK DGF ESLEGK ATGKKSTKKK SRMYNFDVLK EVQFWRDFLS QGNPRITCLF GKQALVIDNS LMSAAITWPE ISGDQANRMS ASYE DDLFS LADLQEVSEF DEFDSDTDDL ETEDEVQGED

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分子 #2: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein

分子名称: Prokaryotic argonaute MID-PIWI family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Acidithiobacillus caldus argonaute MID-PIWI family protein
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
分子量理論値: 53.150621 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKTNTATVRC ELFEEPSLEF ASSRLHLCPK RGITIFGPRS LDMGKRHPDI VRVGFIGTGE TIDSATRWLE SCADGVEGDV ANYRFPGFR ADRGFFSDLS FDAETVERLT LRELEALARP RTKRERFEQA VALLDDKLRL LSQKDRPPDY VVLALPTELV K AQGRVDYY ...文字列:
MKTNTATVRC ELFEEPSLEF ASSRLHLCPK RGITIFGPRS LDMGKRHPDI VRVGFIGTGE TIDSATRWLE SCADGVEGDV ANYRFPGFR ADRGFFSDLS FDAETVERLT LRELEALARP RTKRERFEQA VALLDDKLRL LSQKDRPPDY VVLALPTELV K AQGRVDYY DKQDGEVHRD LRRAIKASAM KYRLPTQILL QRTTEATPGS KDVDHLSKCA WNFFTGLYYK TGGVPWIPAG LS NGTCYVG ISFHQLLGSK NSGYFTGLAQ AFDEQGNGLV LRGQDFVWDV GKHGNSAHMP APIAEELVSR VLKRYRDELK QSP RRVVIH KTTEFWPEER AGLQSALSGV DQFDLVAVRP TEDIRLFRDA RYPILRGSHI SLGDMHLLYT TGYISALQAF PHGH VPLPL KLTDHLGDSS ISTVLRELMV LTKMNWNSAN FGGLLPITLR FSKLVGEIMK EIPNSVDPLP QFKYYM

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分子 #3: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*UP*UP*UP*GP*GP*UP*UP*GP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*UP*CP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: guide RNA with 5'-phosphate group / コピー数: 4
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
分子量理論値: 5.720355 KDa
配列文字列:
AUUUGGUUGC GGUGCUCU

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分子 #4: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*CP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*AP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / 詳細: target DNA / コピー数: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Acidithiobacillus caldus (バクテリア)
分子量理論値: 5.487598 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)

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分子 #5: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 50 mM NaCl, and MnCl2 (0.1 mM)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF Estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold predicted model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 4.6.2)Local refinement
cryoSPARC (ver. 4.6.2)Non-uniform refinement

使用した粒子像数: 103628
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9om4:
Cryo-EM structure of filament form Acidithiobacillus caldus (Aca) short prokaryotic argonautes, HNH-associated (SPARHA) with gRNA and tDNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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