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- EMDB-70596: Structure of human TRPC3 T573A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70596
タイトルStructure of human TRPC3 T573A mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードTRPC3 / cerebellar ataxia / MEMBRANE PROTEIN / moonwalker
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of second messengers in netrin-1 signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / response to ATP ...Role of second messengers in netrin-1 signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phototransduction / single fertilization / regulation of cytosolic calcium ion concentration / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / response to calcium ion / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bell B / Baker ML / Cordero-Morales JF
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149218 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Functional and structural basis of a hypermorphic TRPC3 variant.
著者: Briar Bell / Angela M Jaramillo-Granada / Luis O Romero / Irene A Gutierrez / Venkata K P S Mallampalli / Guizhen Fan / Sameer Varma / Matthew L Baker / Irina I Serysheva / Valeria Vásquez / ...著者: Briar Bell / Angela M Jaramillo-Granada / Luis O Romero / Irene A Gutierrez / Venkata K P S Mallampalli / Guizhen Fan / Sameer Varma / Matthew L Baker / Irina I Serysheva / Valeria Vásquez / Julio F Cordero-Morales /
要旨: Cerebellar ataxias are characterized by impaired motor coordination resulting from neuronal dysfunction within the cerebellum. The mechanisms underlying this pathology and its cerebellar-specific ...Cerebellar ataxias are characterized by impaired motor coordination resulting from neuronal dysfunction within the cerebellum. The mechanisms underlying this pathology and its cerebellar-specific neurodegeneration remain unknown. We uncover how a gain-of-function canonical transient receptor potential member 3 (TRPC3) mutation, coupled with a cerebellum-specific isoform, stabilizes the channel's open state, resists the leading inhibitor Pyr3, and drives calcium-dependent cell death. Restoring calcium homeostasis by expressing a Purkinje cell calcium pump improves cell viability. Transgenic expression of the TRPC3 hypermorphic variant in induces neurodegeneration, confirming its pathogenicity across species. Cryo-electron microscopy and molecular simulations reveal the structural basis for the stabilization of the cerebellar-specific TRPC3 variant in its open state and uncover a druggable allosteric inhibitory binding site. These findings provide an explanation for the vulnerability of cerebellar neurons in TRPC3-associated ataxias and highlight a site for therapeutic intervention.
履歴
登録2025年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.43174174 - 0.63652027
平均 (標準偏差)-0.00039075493 (±0.013952267)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70596_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70596_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex

全体名称: human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex
要素
  • 複合体: human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex

超分子名称: human TRPC3 T573A mutant tetrameric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 3

分子名称: Short transient receptor potential channel 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.435812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGSPSLRRM TVMREKGRRQ AVRGPAFMFN DRGTSLTAEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ESKTLNVNCV DYMGQNALQL AVGNEHLEV TELLLKKENL ARIGDALLLA ISKGYVRIVE AILNHPGFAA SKRLTLSPCE QELQDDDFYA YDEDGTRFSP D ITPIILAA ...文字列:
MEGSPSLRRM TVMREKGRRQ AVRGPAFMFN DRGTSLTAEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ESKTLNVNCV DYMGQNALQL AVGNEHLEV TELLLKKENL ARIGDALLLA ISKGYVRIVE AILNHPGFAA SKRLTLSPCE QELQDDDFYA YDEDGTRFSP D ITPIILAA HCQKYEVVHM LLMKGARIER PHDYFCKCGD CMEKQRHDSF SHSRSRINAY KGLASPAYLS LSSEDPVLTA LE LSNELAK LANIEKEFKN DYRKLSMQCK DFVVGVLDLC RDSEEVEAIL NGDLESAEPL EVHRHKASLS RVKLAIKYEV KKF VAHPNC QQQLLTIWYE NLSGLREQTI AIKCLVVLVV ALGLPFLAIG YWIAPCSRLG KILRSPFMKF VAHAASFIIF LGLL VFNAS DRFEGITTLP NITVTDYPKQ IFRVKTTQFT WTEMLIMVWV LGMMWSECKE LWLEGPREYI LQLWNVLDFG MLSIF IAAF TARFLAFLQA TKAQQYVDSY VQESDLSEVT LPPEIQYFTY ARDKWLPSDP QIISEGLYAI AVVLSFSRIA YILPAN ESF GPLQISLGRA VKDIFKFMVL FIMVFFAFMI GMFILYSYYL GAKVNAAFTT VEESFKTLFW SIFGLSEVTS VVLKYDH KF IENIGYVLYG IYNVTMVVVL LNMLIAMINS SYQEIEDDSD VEWKFARSKL WLSYFDDGKT LPPPFSLVPS PKSFVYFI M RIVNFPKCRR RRLQKDIEMG MGNSKSRLNL FTQSNSRVFE SHSFNSILNQ PTRYQQIMKR LIKRYVLKAQ VDKENDEVN EGELKEIKQD ISSLRYELLE DKSQATEELA ILIHKLSEKL NPSMLRCE

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 3

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分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 57354
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9olk


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: used for refinement into the map
得られたモデル

PDB-9oll:
Structure of human TRPC3 T573A mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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