EMDB-70309: Sf11 capsid Icosahedral Reconstruction

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-70309

タイトル

Sf11 capsid Icosahedral Reconstruction

マップデータ

試料

ウイルス: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
- タンパク質・ペプチド: Major capsid protein gp39
- タンパク質・ペプチド: Putative capsid decoration protein gp40

キーワード

Sf11 / bacteriophage / VIRUS

機能・相同性

Protein of unknown function DUF6260 / Family of unknown function (DUF6260) / Major capsid protein / Putative capsid decoration protein

機能・相同性情報

生物種

Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Subramanian S / Parent KN

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM116789	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140803	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	1750125	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Shigella bacteriophage Sf11
著者: Subramanian S / Dover JA / Parent KN

履歴

登録	2025年4月24日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月12日	-
マップ公開	2025年11月12日	-
更新	2025年11月12日	-
現状	2025年11月12日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_70309.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_70309.map.gz	776.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-70309-v30.xml emd-70309.xml	17.1 KB 17.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_70309_fsc.xml	19.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_70309.png	292.2 KB
マスクデータ	emd_70309_msk_1.map	824 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-70309.cif.gz	5.7 KB
その他	emd_70309_half_map_1.map.gz emd_70309_half_map_2.map.gz	760.5 MB 760.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70309	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_70309_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_70309_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_70309_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_70309_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70309	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9ocbMC 70310C 72999C 9occC 9yinC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_70309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.67 Å/pix. x 600 pix. = 1000.8 Å	1.67 Å/pix. x 600 pix. = 1000.8 Å	1.67 Å/pix. x 600 pix. = 1000.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.668 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.47
最小 - 最大	-2.1449852 - 3.7565968
平均 (標準偏差)	0.0032453202 (±0.1695219)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_70309_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_70309_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_70309_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Shigella phage Sf11 SMD-2017

全体	名称: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
要素	ウイルス: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ) タンパク質・ペプチド: Major capsid protein gp39 タンパク質・ペプチド: Putative capsid decoration protein gp40

-
超分子 #1: Shigella phage Sf11 SMD-2017

超分子	名称: Shigella phage Sf11 SMD-2017 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282196 / 生物種: Shigella phage Sf11 SMD-2017 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Shigella flexneri Y (フレクスナー赤痢菌)

-
分子 #1: Major capsid protein gp39

分子	名称: Major capsid protein gp39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
分子量	理論値: 39.727578 KDa
配列	文字列: MEKIIFTKDL VANSAVVADQ WNHLKIDRKV FVNAENALAK KYALNATALV TKDYWRDVDN VTTRVFRNEA GQDMMADLMG IAANINIGK TVAISRIASD AGKVVRTLSG QEPEDLDKTR YDYTGDVIPI FKTGYSREWR ELLGMQAEGF DPLLDDQANV T FNLRSDMA ...文字列: MEKIIFTKDL VANSAVVADQ WNHLKIDRKV FVNAENALAK KYALNATALV TKDYWRDVDN VTTRVFRNEA GQDMMADLMG IAANINIGK TVAISRIASD AGKVVRTLSG QEPEDLDKTR YDYTGDVIPI FKTGYSREWR ELLGMQAEGF DPLLDDQANV T FNLRSDMA QYLLTGDQTL NVNGVYTGYG ITNHPNTIQV NLNASGGLNI DLQTATPDEI VTFFNQDFQA ILDAQNVFEQ VT LWVSPAV RRSFMRPYSN AAGFKGGTVE QYITQFGNGR IGKIGTNFLL TGNHFVGYVR NDMYIRPRVA QPVSTYAAAR ANP HDNFNF LVWSAMGLQI RKDFTGKSKV FNGYGTQTPQ UniProtKB: Major capsid protein

-
分子 #2: Putative capsid decoration protein gp40

分子	名称: Putative capsid decoration protein gp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Shigella phage Sf11 SMD-2017 (ファージ)
分子量	理論値: 15.871763 KDa
配列	文字列: MATIRYGTII GGPARKNDPQ IREGIMNAAL QPGALVTFND DDKIIAHATA GGQGFPYVLQ HNYLGGGDVS EAVPANATGM AVQCEFGVT YHALVAQSSV LKKGTPLASN GAGALKVAGD GDNILFYSYE TYTVASDGAE LVAVRRAGNA SMPAGA UniProtKB: Putative capsid decoration protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	名称
10.0 mM	tris(hydroxymethyl)aminomethane
10.0 mM	magnesium chloride

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.45 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43242
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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-分子 #1: Major capsid protein gp39

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