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- EMDB-70274: Cryo-EM structure of the Zdhhc5-GOLGA7 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70274
タイトルCryo-EM structure of the Zdhhc5-GOLGA7 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Zdhhc5/GOLGA7 complex
    • タンパク質・ペプチド: Palmitoyltransferase ZDHHC5
    • タンパク質・ペプチド: Golgin subfamily A member 7
  • リガンド: ZINC ION
キーワードpalmitoyltransferase membrane protein complex protein S-acylation accessory protein / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to phagocytic vesicle / palmitoyltransferase complex / positive regulation of pattern recognition receptor signaling pathway / protein S-acyltransferase / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / pyroptotic cell death / palmitoyltransferase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NLRP3 inflammasome complex assembly ...positive regulation of protein localization to phagocytic vesicle / palmitoyltransferase complex / positive regulation of pattern recognition receptor signaling pathway / protein S-acyltransferase / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / pyroptotic cell death / palmitoyltransferase activity / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NLRP3 inflammasome complex assembly / Golgi to plasma membrane transport / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / Golgi to plasma membrane protein transport / Golgi stack / postsynaptic specialization, intracellular component / protein targeting to membrane / response to muramyl dipeptide / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / fatty acid transport / protein K63-linked ubiquitination / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / phagocytic vesicle / post-translational protein modification / protein catabolic process / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / protein maturation / GABA-ergic synapse / RAS processing / tertiary granule lumen / Maturation of spike protein / defense response to bacterium / postsynapse / Golgi membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / dendrite / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Golgin subfamily A member 7/ERF4 / Golgin subfamily A member 7/ERF4 family / Palmitoyltransferase, DHHC domain / DHHC palmitoyltransferase / DHHC domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Golgin subfamily A member 7 / Palmitoyltransferase ZDHHC5
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalia (両生類) / Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Kahlson MA / Dixon SJ / Butterwick JA / Wang H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA272485 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007276 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Functional dissection of the zDHHC palmitoyltransferase 5-golgin A7 palmitoylation complex.
著者: Martha A Kahlson / Joan Ritho / João Victor Gomes / Haoqing Wang / Joel A Butterwick / Scott J Dixon /
要旨: Small molecules serve as valuable tools for probing nonapoptotic cell death mechanisms. The small molecule caspase independent lethal 56 (CIL56) induces a unique form of nonapoptotic cancer cell ...Small molecules serve as valuable tools for probing nonapoptotic cell death mechanisms. The small molecule caspase independent lethal 56 (CIL56) induces a unique form of nonapoptotic cancer cell death that is promoted by a complex formed between zDHHC palmitoyltransferase 5 (ZDHHC5) and an accessory protein, golgin A7 (GOLGA7, also known as GCP16). The structure and function of this complex in nonapoptotic cell death regulation remain poorly understood. Here, we use coimmunoprecipitation, functional assays, and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to elucidate the structure and function of the Zdhhc5-GOLGA7 complex. We identify key residues in both Zdhhc5 and GOLGA7 that are necessary for complex formation and to promote nonapoptotic cancer cell death in response to caspase independent lethal 56. These results provide new insights into the structure and function of a death-promoting protein complex.
履歴
登録2025年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70274.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 319.488 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.6306621 - 1.1839945
平均 (標準偏差)0.0003627257 (±0.010848678)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 319.488 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70274_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70274_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zdhhc5/GOLGA7 complex

全体名称: Zdhhc5/GOLGA7 complex
要素
  • 複合体: Zdhhc5/GOLGA7 complex
    • タンパク質・ペプチド: Palmitoyltransferase ZDHHC5
    • タンパク質・ペプチド: Golgin subfamily A member 7
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Zdhhc5/GOLGA7 complex

超分子名称: Zdhhc5/GOLGA7 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
由来(天然)生物種: Mammalia (両生類)

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分子 #1: Golgin subfamily A member 7

分子名称: Golgin subfamily A member 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Full-length human GOLGA7 with N-terminal FLAG tag and flexible linker
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.556865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDYKDDDDKS GRAMRPQQAP VSGKVFIQRD YSSGTRCQFQ TKFPAELENR IDRQQFEETV RTLNNLYAEA EKLGGQSYLE GCLACLTAY TIFLCMETHY EKVLKKVSKY IQEQNEKIYA PQGLLLTDPI ERGLRVIEIT IYEDRGMSSG RAAA

UniProtKB: Golgin subfamily A member 7

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分子 #2: Palmitoyltransferase ZDHHC5

分子名称: Palmitoyltransferase ZDHHC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: N-terminal 3xFLAG-sfGFP fusion to full length mouse Zdhhc5 separated by a TEV protease cleavage site and flexible linker
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein S-acyltransferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 77.809891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPAESGKRFK PSKYVPVSAA AIFLVGATTL FFAFTCPGLS LNVSPAVPIY NAIMFLFVLA NFSMATFMDP GIFPRAEEDE DKEDDFRAP LYKTVEIKGI QVRMKWCATC RFYRPPRCSH CSVCDNCVEE FDHHCPWVNN CIGRRNYRYF FLFLLSLTAH I MGVFGFGL ...文字列:
MPAESGKRFK PSKYVPVSAA AIFLVGATTL FFAFTCPGLS LNVSPAVPIY NAIMFLFVLA NFSMATFMDP GIFPRAEEDE DKEDDFRAP LYKTVEIKGI QVRMKWCATC RFYRPPRCSH CSVCDNCVEE FDHHCPWVNN CIGRRNYRYF FLFLLSLTAH I MGVFGFGL LYVLYHIEEL SGVRTAVTMA VMCVAGLFFI PVAGLTGFHV VLVARGRTTN EQVTGKFRGG VNPFTNGCCN NV SRVLCSS PAPRYLGRPK KEKTIVIRPP FLRPEVSDGQ ITVKIMDNGI QGELRRTKSK GSLEITESQS ADAEPPPPPK PDL SRYTGL RTHLSLATNE DSSLLGKDSP PTPTMYKYRP GYSSSSTSAA MPHSSSAKLS RGDSLKEPTS IADSSRHPSY RSEP SLEPE SFRSPTFGKS FHFDPLSSGS RSSSLKSAQG TGFELGQLQS IRSEGTTSTS YKSLANQTRN GSLSYDSLLT PSDSP DFES VQAGPEPDPP LGYTSPFLSA RLAQQREAER HPRLLPTGPP HREPSPVRYD NLSRHIVASL QEREKLLRQS PPLAGR EEE PGLGDSGIQS TPGSGHAPRT SSSSDDSKRS PLSKTPLGRP AVPRFGKPDG LRSRGLGSPE PGTTAPYLGR SISYSSQ KA PSGVSETEEV ALQPLLTPKD EVQLKTTYSK SNGQPKSIGS ASPGPGQPPL SSPTRGGVKK VSGVGGTTYE ISVAAA

UniProtKB: Palmitoyltransferase ZDHHC5

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1383157
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold 3-predicted model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 93643
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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