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- EMDB-6810: V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational state 1 -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6810 | |||||||||
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タイトル | V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational state 1 | |||||||||
![]() | The density map of V-type ATP synthase, state 1, from thermophilic bacterium, Thermus thermophilus. | |||||||||
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![]() | ATP synthase / proton pump / V-ATPase / Bioenergetics / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / plant-type vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / plant-type vacuole / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATPase binding / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
![]() | Nakanishi A / Kishikawa J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo EM structure of intact rotary H-ATPase/synthase from Thermus thermophilus. 著者: Atsuko Nakanishi / Jun-Ichi Kishikawa / Masatada Tamakoshi / Kaoru Mitsuoka / Ken Yokoyama / ![]() 要旨: Proton translocating rotary ATPases couple ATP hydrolysis/synthesis, which occurs in the soluble domain, with proton flow through the membrane domain via a rotation of the common central rotor ...Proton translocating rotary ATPases couple ATP hydrolysis/synthesis, which occurs in the soluble domain, with proton flow through the membrane domain via a rotation of the common central rotor complex against the surrounding peripheral stator apparatus. Here, we present a large data set of single particle cryo-electron micrograph images of the V/A type H-rotary ATPase from the bacterium Thermus thermophilus, enabling the identification of three rotational states based on the orientation of the rotor subunit. Using masked refinement and classification with signal subtractions, we obtain homogeneous reconstructions for the whole complexes and soluble V domains. These reconstructions are of higher resolution than any EM map of intact rotary ATPase reported previously, providing a detailed molecular basis for how the rotary ATPase maintains structural integrity of the peripheral stator apparatus, and confirming the existence of a clear proton translocation path from both sides of the membrane. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 46.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.5 KB 22.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 54 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 606.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 606.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | The density map of V-type ATP synthase, state 1, from thermophilic bacterium, Thermus thermophilus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational st...
+超分子 #1: V/A-type ATPase/synthase from Thermus thermophilus, rotational st...
+分子 #1: V-type ATP synthase alpha chain
+分子 #2: V-type ATP synthase beta chain
+分子 #3: V-type ATP synthase subunit D
+分子 #4: V-type ATP synthase subunit F
+分子 #5: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)
+分子 #6: V-type ATP synthase subunit E
+分子 #7: V-type ATP synthase subunit C
+分子 #8: V-type ATP synthase subunit I
+分子 #9: V-type ATP synthase, subunit K
+分子 #10: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.027 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 26.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |