[日本語] English
万見
- EMDB-67624: Cryo-EM structure of the human P2X3 receptor in the ATP- and sivo... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-67624
タイトルCryo-EM structure of the human P2X3 receptor in the ATP- and sivopixant-bound closed state
マップデータ
試料
  • 複合体: human P2X3 trimer
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 3
  • リガンド: Sivopixant
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードP2X3 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / : / protein homotrimerization ...Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / : / protein homotrimerization / cellular response to ATP / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / response to mechanical stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / establishment of localization in cell / response to cold / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium ion transmembrane transport / sensory perception of taste / response to heat / response to hypoxia / signaling receptor complex / postsynapse / axon / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X3 purinoceptor / : / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Hattori M / Zhao Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human P2X3 receptor in the ATP- and sivopixant-bound closed state
著者: Hattori M / Zhao Z
履歴
登録2025年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_67624.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_67624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.192 Å		0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.192 Å		0.96 Å/pix.
x 288 pix.
= 276.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.959 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.2734595 - 0.6938353
平均 (標準偏差)0.0005029255 (±0.014666029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 276.192 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_67624_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_67624_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : human P2X3 trimer

全体名称: human P2X3 trimer
要素
  • 複合体: human P2X3 trimer
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 3
  • リガンド: Sivopixant
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: human P2X3 trimer

超分子名称: human P2X3 trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 110 KDa

-
分子 #1: P2X purinoceptor 3

分子名称: P2X purinoceptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.645332 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: WTIGIINRVV QLLIISYFVG WVFLHEKAYQ VRDTAIESSV VTKVKGSGLY ANRVMDVSDY VTPPQGTSVF VIITKMIVTE NQMQGFCPE SEEKYRCVSD SQCGPERLPG GGILTGRCVN YSSVLRTCEI QGWCPTEVDT VETPIMMEAE NFTIFIKNSI R FPLFNFEK ...文字列:
WTIGIINRVV QLLIISYFVG WVFLHEKAYQ VRDTAIESSV VTKVKGSGLY ANRVMDVSDY VTPPQGTSVF VIITKMIVTE NQMQGFCPE SEEKYRCVSD SQCGPERLPG GGILTGRCVN YSSVLRTCEI QGWCPTEVDT VETPIMMEAE NFTIFIKNSI R FPLFNFEK GNLLPNLTAR DMKTCRFHPD KDPFCPILRV GDVVKFAGQD FAKLARTGGV LGIKIGWVCD LDKAWDQCIP KY SFTRLDS VSEKSSVSPG YNFRFAKYYK MENGSEYRTL LKAFGIRFDV LVYGNAGKFN IIPTIISSVA AFTSVGVGTV LCD IILLNF L

UniProtKB: P2X purinoceptor 3

-
分子 #2: Sivopixant

分子名称: Sivopixant / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: A1E2N
分子量理論値: 507.926 Da

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5yve

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 71855
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る