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- EMDB-67296: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-67296
タイトルArabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Isoamylase 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Isoamylase 1, chloroplastic
キーワードisoamylase / ISA1 / ISA2 / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


isoamylase complex / chloroplast isoamylase complex / isoamylase / isoamylase activity / amylopectin biosynthetic process / starch biosynthetic process / starch catabolic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Isoamylase 2, catalytic domain / : / Isoamylase 1-3, C-terminal / Glycogen debranching enzyme GlgX/isoamylase, N-terminal Early set domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Isoamylase 2, catalytic domain / : / Isoamylase 1-3, C-terminal / Glycogen debranching enzyme GlgX/isoamylase, N-terminal Early set domain / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Isoamylase 1, chloroplastic / Isoamylase 2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Wang RY / Lin HJ / Fan MR
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB0630101 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer
著者: Wang RY / Lin HJ / Fan MR
履歴
登録2025年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_67296.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_67296.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å		0.97 Å/pix.
x 400 pix.
= 388. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-1.6924281 - 2.365164
平均 (標準偏差)-0.00011593756 (±0.050155632)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 388.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_67296_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_67296_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_67296_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer

全体名称: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer
要素
  • 複合体: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer
    • タンパク質・ペプチド: Isoamylase 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Isoamylase 1, chloroplastic

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超分子 #1: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer

超分子名称: Arabidopsis ISA2-ISA1-ISA1 heterotrimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Isoamylase 2, chloroplastic

分子名称: Isoamylase 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 97.595516 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DGDLVTSALQ SYQFSKICAS KTSIELREAL SSRRAEADDL KKVTSYSFR TKAGALVKVK VEKKREKYSI LVYVSSLELS GDDKSRLVMV WGVYRSDSSC FLPLDFENSS QDSQTHTTET T FVKSSLSE ...文字列:
MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DGDLVTSALQ SYQFSKICAS KTSIELREAL SSRRAEADDL KKVTSYSFR TKAGALVKVK VEKKREKYSI LVYVSSLELS GDDKSRLVMV WGVYRSDSSC FLPLDFENSS QDSQTHTTET T FVKSSLSE LMLGLEFDGK ESPFYLSFHL KLVSGRDPDG QEMLTHRDTD FCIPVGFTAG HPLPLGLSSG PDDDSWNFSF FS RSSTNVV LCLYDDSTTD KPALELDLDP YVNRTGDVWH ASVDNTWDFV RYGYRCKETA HSKEDVDVEG EPIVLDPYAT VVG KSVSQK YLGSLSKSPS FDWGEDVSPN IPLEKLLVYR LNVKGFTQHR SSKLPSNVAG TFSGVAEKVS HLKTLGTNAV LLEP IFSFS EQKGPYFPFH FFSPMDIYGP SNSLESAVNS MKVMVKKLHS EGIEVLLEVV FTHTADSGAL RGIDDSSYYY KGRAN DLDS KSYLNCNYPV VQQLVLESLR YWVTEFHVDG FCFINASSLL RGVHGEQLSR PPLVEAIAFD PLLAETKLIA DCWDPL EMM PKEVRFPHWK RWAELNTRYC RNVRNFLRGR GVLSDLATRI CGSGDVFTDG RGPAFSFNYI SRNSGLSLVD IVSFSGP EL ASELSWNCGE EGATNKSAVL QRRLKQIRNF LFIQYISLGV PVLNMGDECG ISTRGSPLLE SRKPFDWNLL ASAFGTQI T QFISFMTSVR ARRSDVFQRR DFLKPENIVW YANDQTTPKW EDPASKFLAL EIKSESEEEE TASLAEPNEP KSNDLFIGF NASDHPESVV LPSLPDGSKW RRLVDTALPF PGFFSVEGET VVAEEPLQQL VVYEMKPYSC TLFETINTTA

UniProtKB: Isoamylase 2, chloroplastic

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分子 #2: Isoamylase 1, chloroplastic

分子名称: Isoamylase 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: isoamylase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 87.301906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHGSGSGSGS GSEFAKDRRS NEAENIAVVE KPLKSDRFFI SDGLPSPFGP TVRDDGVNFS VYSTNSVSAT ICLISLSDL RQNKVTEEIQ LDPSRNRTGH VWHVFLRGDF KDMLYGYRFD GKFSPEEGHY YDSSNILLDP YAKAIISRDE F GVLGPDDN ...文字列:
MAHHHHHHHH HHGSGSGSGS GSEFAKDRRS NEAENIAVVE KPLKSDRFFI SDGLPSPFGP TVRDDGVNFS VYSTNSVSAT ICLISLSDL RQNKVTEEIQ LDPSRNRTGH VWHVFLRGDF KDMLYGYRFD GKFSPEEGHY YDSSNILLDP YAKAIISRDE F GVLGPDDN CWPQMACMVP TREEEFDWEG DMHLKLPQKD LVIYEMHVRG FTRHESSKIE FPGTYQGVAE KLDHLKELGI NC IELMPCH EFNELEYYSY NTILGDHRVN FWGYSTIGFF SPMIRYASAS SNNFAGRAIN EFKILVKEAH KRGIEVIMDV VLN HTAEGN EKGPIFSFRG VDNSVYYMLA PKGEFYNYSG CGNTFNCNHP VVRQFILDCL RYWVTEMHVD GFRFDLGSIM SRSS SLWDA ANVYGADVEG DLLTTGTPIS CPPVIDMISN DPILRGVKLI AEAWDAGGLY QVGMFPHWGI WSEWNGKFRD VVRQF IKGT DGFSGAFAEC LCGSPNLYQG GRKPWHSINF ICAHDGFTLA DLVTYNNKNN LANGEENNDG ENHNYSWNCG EEGDFA SIS VKRLRKRQMR NFFVSLMVSQ GVPMIYMGDE YGHTKGGNNN TYCHDNYMNY FRWDKKEEAH SDFFRFCRIL IKFRDEC ES LGLNDFPTAK RLQWHGLAPE IPNWSETSRF VAFSLVDSVK KEIYVAFNTS HLATLVSLPN RPGYRWEPFV DTSKPSPY D CITPDLPERE TAMKQYRHFL DANVYPMLSY SSIILLLSPI KDP

UniProtKB: Isoamylase 1, chloroplastic

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 300200
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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