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- EMDB-66407: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66407
タイトルCryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
マップデータ
試料
  • 細胞: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
    • タンパク質・ペプチド: 1,3-beta-glucan synthase component GSC2
  • リガンド: ERGOSTEROL
  • リガンド: Enfumafungin
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードComplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type cell wall polysaccharide biosynthetic process / 1,3-beta-glucan synthase / 1,3-beta-D-glucan synthase activity / (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process / 1,3-beta-D-glucan synthase complex / prospore membrane / ascospore wall assembly / cellular bud neck / cell periphery / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / 1,3-beta-glucan synthase component FKS1, second domain / Glycosyl transferase, family 48 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1-like, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase component / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1, domain-1 / 1,3-beta-glucan synthase subunit FKS1
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-beta-glucan synthase component GSC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Bai L / Wang LX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171212 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Inhibition mechanism of the fungal β-1,3-glucan synthases by triterpenoid antifungal drugs.
著者: Zi-Long You / Lei Sun / Le-Xuan Wang / Yue-Ran Ni / Rui-Qing Lyu / Dan-Dan Chen / Cai-Hong Yun / Tiefeng Song / Yinggai Song / Lin Bai /
要旨: β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the ...β-1,3-glucan synthase is the molecular target for triterpenoid and echinocandin antifungal drugs in clinical. It catalyzes the formation of β-1,3-glucan, which is the primary component of the fungal cell wall. However, the inhibition mechanism of β-1,3-glucan synthase by triterpenoid drugs remains unclear. In this study, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Saccharomyces cerevisiae β-1,3-glucan synthase Fks1 and Fks2 in the apo state, the triterpenoid drug enfumafungin-bound state, and an open state. Structural analysis along with mutagenesis reveals the enfumafungin binding site, and the mechanism of the clinical drug-resistant mutations of the β-1,3-glucan synthases. Remarkably, the enfumafungin attaches on a single transmembrane helix TM5 of the β-1,3-glucan synthases, reorganizes its nearby lipid environment, and stabilizes the enzyme in a specific basal state with intact active site. Moreover, we elucidate that both the basal state and the open state are essential for FKS's glycosyltransferase activity. Our research also shows that Fks2 is highly conserved with Fks1 in terms of structure, activity, and drug inhibition. These findings provide deep insights into the fungal cell wall synthesis, and will facilitate the development of antifungal drugs targeting β-1,3-glucan synthase.
履歴
登録2025年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_66407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 512 pix.
= 378.88 Å		0.74 Å/pix.
x 512 pix.
= 378.88 Å		0.74 Å/pix.
x 512 pix.
= 378.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.42765513 - 0.6765214
平均 (標準偏差)0.000016969938 (±0.011637195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_66407_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_66407_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin

全体名称: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
要素
  • 細胞: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
    • タンパク質・ペプチド: 1,3-beta-glucan synthase component GSC2
  • リガンド: ERGOSTEROL
  • リガンド: Enfumafungin
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin

超分子名称: Cryo-EM structure of Fks2 in complex with enfumafungin
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: 1,3-beta-glucan synthase component GSC2

分子名称: 1,3-beta-glucan synthase component GSC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 1,3-beta-glucan synthase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 217.214875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSYNDPNLNG QYYSNGDGTG DGNYPTYQVT QDQSAYDEYG QPIYTQNQLD DGYYDPNEQY VDGTQFPQGQ DPSQDQGPYN NDASYYNQP PNMMNPSSQD GENFSDFSSY GPPSGTYPND QYTPSQMSYP DQDGSSGAST PYGNGVVNGN GQYYDPNAIE M ALPNDPYP ...文字列:
MSYNDPNLNG QYYSNGDGTG DGNYPTYQVT QDQSAYDEYG QPIYTQNQLD DGYYDPNEQY VDGTQFPQGQ DPSQDQGPYN NDASYYNQP PNMMNPSSQD GENFSDFSSY GPPSGTYPND QYTPSQMSYP DQDGSSGAST PYGNGVVNGN GQYYDPNAIE M ALPNDPYP AWTADPQSPL PIEQIEDIFI DLTNKFGFQR DSMRNMFDHF MTLLDSRSSR MSPEQALLSL HADYIGGDTA NY KKWYFAA QLDMDDEIGF RNMKLGKLSR KARKAKKKNK KAMQEASPED TEETLNQIEG DNSLEAADFR WKSKMNQLSP FEM VRQIAL FLLCWGEANQ VRFTPECLCF IYKCASDYLD SAQCQQRPDP LPEGDFLNRV ITPLYRFIRS QVYEIVDGRY VKSE KDHNK VIGYDDVNQL FWYPEGIAKI VMEDGTRLID LPAEERYLKL GEIPWDDVFF KTYKETRSWL HLVTNFNRIW IMHIS VYWM YCAYNAPTFY THNYQQLVDN QPLAAYKWAT AALGGTVASL IQVAATLCEW SFVPRKWAGA QHLSRRFWFL CVIMGI NLG PVIFVFAYDK DTVYSTAAHV VGAVMFFVAV ATLVFFSVMP LGGLFTSYMK KSTRSYVASQ TFTASFAPLH GLDRWMS YL VWVTVFAAKY AESYFFLILS LRDPIRILST TSMRCTGEYW WGNKICKVQP KIVLGLMIAT DFILFFLDTY LWYIVVNT V FSVGKSFYLG ISILTPWRNI FTRLPKRIYS KILATTDMEI KYKPKVLISQ IWNAIIISMY REHLLAIDHV QKLLYHQVP SEIEGKRTLR APTFFVSQDD NNFETEFFPR DSEAERRISF FAQSLSTPIP EPLPVDNMPT FTVLTPHYAE RILLSLREII REDDQFSRV TLLEYLKQLH PVEWDCFVKD TKILAEETAA YENNEDEPEK EDALKSQIDD LPFYCIGFKS AAPEYTLRTR I WASLRSQT LYRTISGFMN YSRAIKLLYR VENPEIVQMF GGNADGLERE LEKMARRKFK FLVSMQRLAK FKPHELENAE FL LRAYPDL QIAYLDEEPP LNEGEEPRIY SALIDGHCEI LENGRRRPKF RVQLSGNPIL GDGKSDNQNH ALIFYRGEYI QLI DANQDN YLEECLKIRS VLAEFEELGI EQIHPYTPGL KYEDQSTNHP VAIVGAREYI FSENSGVLGD VAAGKEQTFG TLFA RTLAQ IGGKLHYGHP DFINATFMTT RGGVSKAQKG LHLNEDIYAG MNAVLRGGRI KHCEYYQCGK GRDLGFGTIL NFTTK IGAG MGEQMLSREY YYLGTQLPID RFLTFYYAHP GFHLNNLFIQ LSLQMFMLTL VNLHALAHES ILCVYDRDKP ITDVLY PIG CYNFHPAIDW VRRYTLSIFI VFWIAFVPIV VQELIERGLW KATQRFFRHI LSLSPMFEVF AGQIYSSALL SDIAVGG AR YISTGRGFAT SRIPFSILYS RFAGSAIYMG SRSMLMLLFG TVAHWQAPLL WFWASLSALI FAPFIFNPHQ FAWEDFFL D YRDYIRWLSR GNNKYHRNSW IGYVRMSRSR VTGFKRKLVG DESEKSAGDA SRAHRTNLIM AEIIPCAIYA AGCFIAFTF INAQTGVKTT DEDRVNSTLR IIICTLAPIV IDIGVLFFCM GLSCCSGPLL GMCCKKTGSV MAGIAHGIAV VVHIVFFIVM WVLEGFSFV RMLIGVVTCI QCQRLIFHCM TVLLLTREFK NDHANTAFWT GKWYSTGLGY MAWTQPTREL TAKVIELSEF A ADFVLGHV ILIFQLPVIC IPKIDKFHSI MLFWLKPSRQ IRPPIYSLKQ ARLRKRMVRR YCSLYFLVLI IFAGCIVGPA VA SAHVPKD LGSGLTGTFH NLVQPRNVSN NDTGSQMSTY KSHYYTHTPS LKTWSTIK

UniProtKB: 1,3-beta-glucan synthase component GSC2

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分子 #3: ERGOSTEROL

分子名称: ERGOSTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: ERG
分子量理論値: 396.648 Da
Chemical component information

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL

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分子 #4: Enfumafungin

分子名称: Enfumafungin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1E06
分子量理論値: 708.876 Da

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分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0) / 使用した粒子像数: 250126
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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