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万見
- EMDB-66097: Structure of the cholesterol-bound human proline transporter puri... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66097
タイトルStructure of the cholesterol-bound human proline transporter purified in DDM/CHS buffer
マップデータ
試料
  • 複合体: PROT
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent proline transporter
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードhuman proline transporter purified / 12 transmembrane helices / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


proline:sodium symporter activity / L-proline transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / Creatine metabolism / proline transport / SLC-mediated transport of neurotransmitters / neurotransmitter transport / sodium ion transmembrane transport / protein catabolic process / synaptic membrane ...proline:sodium symporter activity / L-proline transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / Creatine metabolism / proline transport / SLC-mediated transport of neurotransmitters / neurotransmitter transport / sodium ion transmembrane transport / protein catabolic process / synaptic membrane / synapse / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent proline transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu JX / Zhou Y / Wang NQ / Wang JQ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371266 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into transport mechanism of proline transporter
著者: Zhou Y / Wu JX
履歴
登録2025年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月25日-
マップ公開2026年3月25日-
更新2026年3月25日-
現状2026年3月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_66097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-3.5787716 - 5.13673
平均 (標準偏差)-0.0030420525 (±0.11932566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_66097_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_66097_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_66097_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PROT

全体名称: PROT
要素
  • 複合体: PROT
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent proline transporter
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: PROT

超分子名称: PROT / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium-dependent proline transporter

分子名称: Sodium-dependent proline transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.960219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKKLQGAHLR KPVTPDLLMT PSDQGDVDLD VDFAAHRGNW TGKLDFLLSC IGYCVGLGNV WRFPYRAYTN GGGAFLVPYF LMLAICGIP LFFLELSLGQ FSSLGPLAVW KISPLFKGAG AAMLLIVGLV AIYYNMIIAY VLFYLFASLT SDLPWEHCGN W WNTELCLE ...文字列:
MKKLQGAHLR KPVTPDLLMT PSDQGDVDLD VDFAAHRGNW TGKLDFLLSC IGYCVGLGNV WRFPYRAYTN GGGAFLVPYF LMLAICGIP LFFLELSLGQ FSSLGPLAVW KISPLFKGAG AAMLLIVGLV AIYYNMIIAY VLFYLFASLT SDLPWEHCGN W WNTELCLE HRVSKDGNGA LPLNLTCTVS PSEEYWSRYV LHIQGSQGIG SPGEIRWNLC LCLLLAWVIV FLCILKGVKS SG KVVYFTA TFPYLILLML LVRGVTLPGA WKGIQFYLTP QFHHLLSSKV WIEAALQIFY SLGVGFGGLL TFASYNTFHQ NIY RDTFIV TLGNAITSIL AGFAIFSVLG YMSQELGVPV DQVAKAGPGL AFVVYPQAMT MLPLSPFWSF LFFFMLLTLG LDSQ FAFLE TIVTAVTDEF PYYLRPKKAV FSGLICVAMY LMGLILTTDG GMYWLVLLDD YSASFGLMVV VITTCLAVTR VYGIQ RFCR DIHMMLGFKP GLYFRACWLF LSPATLLALM VYSIVKYQPS EYGSYRFPPW AELLGILMGL LSCLMIPAGM LVAVLR EEG SLWERLQQAS RPAMDWGPSL EENRTGMYVA TLAGSQSPKP LMVHMRKYGG ITSFENTAIE VDREIAEEEE SMM

UniProtKB: Sodium-dependent proline transporter

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 56936
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-9wmm:
Structure of the cholesterol-bound human proline transporter purified in DDM/CHS buffer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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