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- EMDB-65859: Open state of A8 gpJ 713 central tail fiber with OmpC G17 from E.... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65859
タイトルOpen state of A8 gpJ 713 central tail fiber with OmpC G17 from E. coli EDL933
マップデータ
試料
  • 複合体: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8
    • タンパク質・ペプチド: A8 gpJ 713
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane porin C
キーワードPhage Tail / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / : / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin C
類似検索 - 構成要素
生物種Lambdavirus (ウイルス) / Escherichia phage Lambda (λファージ) / Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Deng TY / Ge XF / Wang JW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254, 32171190 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Structures of λ-like phage A8 tail tip bound to OmpC provide insight into receptor recognition.
著者: Tingyue Deng / Xiaofei Ge / Jiawei Wang /
要旨: Bacteriophage infection begins with the specific recognition of bacterial surface receptors by tail tip proteins, a decisive event that determines host specificity and triggers genome delivery. ...Bacteriophage infection begins with the specific recognition of bacterial surface receptors by tail tip proteins, a decisive event that determines host specificity and triggers genome delivery. However, the structural principles underlying this process remain poorly understood. Here, we determined high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the engineered λ-like bacteriophage A8 gpJ713 in the unbound form and bound to the outer membrane porin OmpC. Comparisons with our previously determined structures of wild-type λ gpJ alone and bound to LamB reveal conserved receptor binding-induced conformational transitions across λ-like siphoviruses, defining a general mechanistic framework for tail-tip recognition. Guided by this framework, we restored stable binding to the previously incompatible OmpC G40 variant and converted OmpF into a functional receptor through a minimal loop deletion. These proof-of-concept receptor reprogramming experiments demonstrate the predictive power of our structural model and illustrate how targeted receptor engineering can complement directed evolution in developing therapeutic phages.
履歴
登録2025年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.463
最小 - 最大-1.7281213 - 2.819902
平均 (標準偏差)0.0021999015 (±0.054192577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65859_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65859_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8

全体名称: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8
要素
  • 複合体: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8
    • タンパク質・ペプチド: A8 gpJ 713
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane porin C

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超分子 #1: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8

超分子名称: Closed state of central tail fiber of bacteriophage lambda A8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Lambdavirus (ウイルス)

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分子 #1: A8 gpJ 713

分子名称: A8 gpJ 713 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 47.315691 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HHHHHHHHAP AAPSRIELTP GYFQITATPH LAVYDPTVQF EFWFSEKQIA DIRQVETSTR YLGTALYWIA ASINIKPGHD YYFYIRSVN TVGKSAFVEA VGRASDDAEG YLDFFKGKIT ESHLGKELLE KVELTEDNAS RLEEFSKEWK DASDKWNAMW A VKIEQTKD ...文字列:
HHHHHHHHAP AAPSRIELTP GYFQITATPH LAVYDPTVQF EFWFSEKQIA DIRQVETSTR YLGTALYWIA ASINIKPGHD YYFYIRSVN TVGKSAFVEA VGRASDDAEG YLDFFKGKIT ESHLGKELLE KVELTEDNAS RLEEFSKEWK DASDKWNAMW A VKIEQTKD GKHYVAGIGL SMEDTEEGKL SQFLVAANRI AFIDPANGNE TPMFVAQGNQ IFMNDVFLKR LTAPTITSGG NP PAFSLTP DGKLTAKNAD ISGSVNANSG TLNNVTINEN CQIKGKLSAN QIEGDIVKTV SKSFPRTNSY ASGTITVRIS DDQ KFDRQV MIPPVLFRGG KHENFNSNNQ QSYWYSTCRL RVTRNGQEIF NQSTTDAQGV FSSVIDMPAG QGTLTLTFTV SSSG ANNWT PTTSISDLLV VVMKKSTAGI SIS

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分子 #2: Outer membrane porin C

分子名称: Outer membrane porin C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 (大腸菌)
分子量理論値: 38.476484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AEVYNKDGNK LDLYGKVDGL HYFSDDKSVD GDQTYMRLGF KGETQVTDQL TGYGQWEYQI QGNSAENENN SWTRVAFAGL KFQDVGSFD YGRNYGVVYD VTSWTDVLPE FGGDTYGSDN FMQQRGNGFA TYRNTDFFGL VDGLNFAVQY QGKNGSVSGE G MTNNGREA ...文字列:
AEVYNKDGNK LDLYGKVDGL HYFSDDKSVD GDQTYMRLGF KGETQVTDQL TGYGQWEYQI QGNSAENENN SWTRVAFAGL KFQDVGSFD YGRNYGVVYD VTSWTDVLPE FGGDTYGSDN FMQQRGNGFA TYRNTDFFGL VDGLNFAVQY QGKNGSVSGE G MTNNGREA LRQNGDGVGG SITYDYEGFG IGAAVSSSKR TDDQNSPLYI GNGDRAETYT GGLKYDANNI YLAAQYTQTY NA TRVGSLG WANKAQNFEA VAQYQFDFGL RPSLAYLQSK GKNLGVINGR NYDDEDILKY VDVGATYYFN KNMSTYVDYK INL LDDNQF TRDAGINTDN IVALGLVYQF

UniProtKB: Outer membrane porin C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 168284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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