[日本語] English
万見
- EMDB-65854: The structure of ARP module in ncBAF complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65854
タイトルThe structure of ARP module in ncBAF complex
マップデータThe structure of ARP module
試料
  • 複合体: ARP module of ncBAF
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
    • タンパク質・ペプチド: B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4
キーワードChromatin remodeling complex / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / cellular response to cytochalasin B / neural retina development / npBAF complex ...positive regulation of glucose mediated signaling pathway / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / positive regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / bBAF complex / Formation of the embryonic stem cell BAF (esBAF) complex / cellular response to cytochalasin B / neural retina development / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / Formation of the canonical BAF (cBAF) complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of transepithelial transport / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / Formation of neuronal progenitor and neuronal BAF (npBAF and nBAF) / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the polybromo-BAF (pBAF) complex / neuron projection arborization / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / Formation of annular gap junctions / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / Gap junction degradation / Formation of the non-canonical BAF (ncBAF) complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / Folding of actin by CCT/TriC / Tat protein binding / nucleosome array spacer activity / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / postsynaptic actin cytoskeleton / Ino80 complex / RSC-type complex / blastocyst formation / Regulation of CDH1 Function / host-mediated activation of viral transcription / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / nucleosome disassembly / apical protein localization / ATP-dependent chromatin remodeler activity / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / tight junction / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / nuclear androgen receptor binding / apical junction complex / positive regulation of double-strand break repair / spinal cord development / regulation of chromosome organization / maintenance of blood-brain barrier / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / positive regulation of stem cell population maintenance / NuA4 histone acetyltransferase complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / motor behavior / establishment or maintenance of cell polarity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / cortical cytoskeleton / regulation of DNA replication / nitric-oxide synthase binding / regulation of embryonic development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / brush border / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / positive regulation of myoblast differentiation / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / kinesin binding / ATP-dependent activity, acting on DNA / regulation of DNA repair / positive regulation of Wnt signaling pathway / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Chromatin modifying enzymes / DNA polymerase binding / EPHB-mediated forward signaling / cytoskeleton organization / axonogenesis / substantia nigra development / Interleukin-7 signaling / telomere maintenance / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / calyx of Held
類似検索 - 分子機能
BCL7 / BCL7, N-terminal conserver region / SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. ...BCL7 / BCL7, N-terminal conserver region / SWI/SNF complex subunit BRG1 / BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-like protein 6A / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4 / Actin, cytoplasmic 1 / B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chen KJ / Chen ZC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130016 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: ncBAF recognizes the nucleosome through BCL7A in chromatin remodeling.
著者: Kangjing Chen / Liwen Du / Yumin Liu / Mo Chen / Zhucheng Chen /
履歴
登録2025年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_65854.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The structure of ARP module
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 389.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.79291 - 3.0710838
平均 (標準偏差)0.000026261405 (±0.055287644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 389.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_65854_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65854_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : ARP module of ncBAF

全体名称: ARP module of ncBAF
要素
  • 複合体: ARP module of ncBAF
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
    • タンパク質・ペプチド: B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4

-
超分子 #1: ARP module of ncBAF

超分子名称: ARP module of ncBAF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Actin, cytoplasmic 1

分子名称: Actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.78266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列:
MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TFNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

-
分子 #2: Actin-like protein 6A

分子名称: Actin-like protein 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.509812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ...文字列:
MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ILDSGATHTT AIPVHDGYVL QQGIVKSPLA GDFITMQCRE LFQEMNIELV PPYMIASKEA VREGSPANWK RK EKLPQVT RSWHNYMCNC VIQDFQASVL QVSDSTYDEQ VAAQMPTVHY EFPNGYNCDF GAERLKIPEG LFDPSNVKGL SGN TMLGVS HVVTTSVGMC DIDIRPGLYG SVIVAGGNTL IQSFTDRLNR ELSQKTPPSM RLKLIANNTT VERRFSSWIG GSIL ASLGT FQQMWISKQE YEEGGKQCVE RKCP

UniProtKB: Actin-like protein 6A

-
分子 #3: B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A

分子名称: B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.842938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGRSVRAET RSRAKDDIKR VMAAIEKVRK WEKKWVTVGD TSLRIYKWVP VTEPKVDDKN KNKKKGKDEK CGSEVTTPEN SSSPGMMDM HDDNSNQSSI ADASPIKQEN SSNSSPAPEP NSAVPSDGTE AKVDEAQADG KEHPGAEDAS DEQNSQSSME H SMNSSEKV ...文字列:
MSGRSVRAET RSRAKDDIKR VMAAIEKVRK WEKKWVTVGD TSLRIYKWVP VTEPKVDDKN KNKKKGKDEK CGSEVTTPEN SSSPGMMDM HDDNSNQSSI ADASPIKQEN SSNSSPAPEP NSAVPSDGTE AKVDEAQADG KEHPGAEDAS DEQNSQSSME H SMNSSEKV DRQPSGDSGL AAETSAISQD LEGVPPSKKM KLEASQQNSE EM

UniProtKB: B-cell CLL/lymphoma 7 protein family member A

-
分子 #4: Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent re...

分子名称: Isoform 2 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 181.622281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG ...文字列:
MSTPDPPLGG TPRPGPSPGP GPSPGAMLGP SPGPSPGSAH SMMGPSPGPP SAGHPIPTQG PGGYPQDNMH QMHKPMESMH EKGMSDDPR YNQMKGMGMR SGGHAGMGPP PSPMDQHSQG YPSPLGGSEH ASSPVPASGP SSGPQMSSGP GGAPLDGADP Q ALGQQNRG PTPFNQNQLH QLRAQIMAYK MLARGQPLPD HLQMAVQGKR PMPGMQQQMP TLPPPSVSAT GPGPGPGPGP GP GPGPAPP NYSRPHGMGG PNMPPPGPSG VPPGMPGQPP GGPPKPWPEG PMANAAAPTS TPQKLIPPQP TGRPSPAPPA VPP AASPVM PPQTQSPGQP AQPAPMVPLH QKQSRITPIQ KPRGLDPVEI LQEREYRLQA RIAHRIQELE NLPGSLAGDL RTKA TIELK ALRLLNFQRQ LRQEVVVCMR RDTALETALN AKAYKRSKRQ SLREARITEK LEKQQKIEQE RKRRQKHQEY LNSIL QHAK DFKEYHRSVT GKIQKLTKAV ATYHANTERE QKKENERIEK ERMRRLMAED EEGYRKLIDQ KKDKRLAYLL QQTDEY VAN LTELVRQHKA AQVAKEKKKK KKKKKAENAE GQTPAIGPDG EPLDETSQMS DLPVKVIHVE SGKILTGTDA PKAGQLE AW LEMNPGYEVA PRSDSEESGS EEEEEEEEEE QPQAAQPPTL PVEEKKKIPD PDSDDVSEVD ARHIIENAKQ DVDDEYGV S QALARGLQSY YAVAHAVTER VDKQSALMVN GVLKQYQIKG LEWLVSLYNN NLNGILADEM GLGKTIQTIA LITYLMEHK RINGPFLIIV PLSTLSNWAY EFDKWAPSVV KVSYKGSPAA RRAFVPQLRS GKFNVLLTTY EYIIKDKHIL AKIRWKYMIV DEGHRMKNH HCKLTQVLNT HYVAPRRLLL TGTPLQNKLP ELWALLNFLL PTIFKSCSTF EQWFNAPFAM TGEKVDLNEE E TILIIRRL HKVLRPFLLR RLKKEVEAQL PEKVEYVIKC DMSALQRVLY RHMQAKGVLL TDGSEKDKKG KGGTKTLMNT IM QLRKICN HPYMFQHIEE SFSEHLGFTG GIVQGLDLYR ASGKFELLDR ILPKLRATNH KVLLFCQMTS LMTIMEDYFA YRG FKYLRL DGTTKAEDRG MLLKTFNEPG SEYFIFLLST RAGGLGLNLQ SADTVIIFDS DWNPHQDLQA QDRAHRIGQQ NEVR VLRLC TVNSVEEKIL AAAKYKLNVD QKVIQAGMFD QKSSSHERRA FLQAILEHEE QDEEEDEVPD DETVNQMIAR HEEEF DLFM RMDLDRRREE ARNPKRKPRL MEEDELPSWI IKDDAEVERL TCEEEEEKMF GRGSRHRKEV DYSDSLTEKQ WLKAIE EGT LEEIEEEVRQ KKSSRKRKRD SDAGSSTPTT STRSRDKDDE SKKQKKRGRP PAEKLSPNPP NLTKKMKKIV DAVIKYK DS SSGRQLSEVF IQLPSRKELP EYYELIRKPV DFKKIKERIR NHKYRSLNDL EKDVMLLCQN AQTFNLEGSL IYEDSIVL Q SVFTSVRQKI EKEDDSEGEE SEEEEEGEEE GSESESRSVK VKIKLGRKEK AQDRLKGGRR RPSRGSRAKP VVSDDDSEE EQEEDRSGSG SEED

UniProtKB: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 55992
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る