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- EMDB-65163: herpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65163
タイトルherpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • タンパク質・ペプチド: Helicase-primase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • DNA: DNA (44-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードherpes simplex virus type 1 / helicase / primase / UL5 / UL52 / UL8 / DNA replication / Helicase superfamily I / SF1 / REPLICATION/DNA / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / viral genome replication / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA replication / hydrolase activity / host cell nucleus / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication helicase domain / DNA helicase/primase complex-associated protein / DNA replication helicase, Herpesvirus / Herpesvirus DNA helicase/primase complex associated protein / Helicase / DNA primase / Herpesviridae UL52/UL70 DNA primase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Helicase-primase subunit / DNA replication helicase / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス) / ssDNA virus sp. (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wu YQ / Jiang ZY / Chen XL / Zheng ZY / Dong CJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic insights into the herpes simplex virus type 1 helicase-primase primosome.
著者: Yaqi Wu / Ziyi Jiang / Xiaoling Chen / Danyang Li / Zhengyu Zhang / Changjiang Dong /
要旨: DNA unwinding and primer synthesis are fundamental processes in genome replication. The human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) helicase-primase forms a unique heterotrimeric primosome that is ...DNA unwinding and primer synthesis are fundamental processes in genome replication. The human herpes simplex virus type 1 (HSV-1) helicase-primase forms a unique heterotrimeric primosome that is essential for viral DNA unwinding and primer synthesis and represents an ideal drug target. However, its molecular mechanism remains poorly understood. Here we report the cryo-electron microscopic structure of the primosome in complex with single-stranded DNA, ADP and Mg to 3.47 Å resolution, which reveals that the primosome forms an unprecedented architecture in a fully open DNA binding groove between the helicase domains 1A and 2A-2B and that the primase subunit UL52 interacts extensively with the helicase subunit UL5 and accessory protein subunit UL8. Integrating mutagenesis, biochemical assays, structural analysis and 3D variability display analysis, we have identified the active sites of the ATPase, helicase and primase and critical interfaces between UL52, UL5 and UL8. Our work suggests that the primosome unwinds and translocates DNA via bidirectional rotation, and proposes a mechanistic model for DNA-dependent ATPase activation and alternating activity between helicase and primase. Herpesviridae family viruses pose significant threats to human health worldwide, and this trimeric assembly of primosomes is conserved. Our work provides a framework for understanding replication mechanisms across related viruses and for the rational design of broad-spectrum antivirals.
履歴
登録2025年6月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 403.2 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 403.2 Å		0.84 Å/pix.
x 480 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.43872505 - 0.84031105
平均 (標準偏差)0.00445266 (±0.015508432)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium

全体名称: HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium
要素
  • 複合体: HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication helicase
    • タンパク質・ペプチド: Helicase-primase subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA primase
    • DNA: DNA (44-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium

超分子名称: HSV-1 helicase-primase in complex with ssDNA, ADP and magnesium
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: DNA replication helicase

分子名称: DNA replication helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 101.903492 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGADMAAAG GERQLDGQKP GPPHLQQPGD RPAVPGRAEA FLNFTSMHGV QPILKRIREL SQQQLDGAQ VPHLQWFRDV AALESPAGLP LREFPFAVYL ITGNAGSGKS TCVQTINEVL DCVVTGATRI AAQNMYAKLS G AFLSRPIN ...文字列:
MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGADMAAAG GERQLDGQKP GPPHLQQPGD RPAVPGRAEA FLNFTSMHGV QPILKRIREL SQQQLDGAQ VPHLQWFRDV AALESPAGLP LREFPFAVYL ITGNAGSGKS TCVQTINEVL DCVVTGATRI AAQNMYAKLS G AFLSRPIN TIFHEFGFRG NHVQAQLGQY PYTLTSNPAS LEDLQRRDLT YYWEVILDLT KRALAASGGE ELRNEFRALA AL ERTLGLA EGALTRLAPA THGALPAFTR SNVIVIDEAG LLGRHLLTAV VYCWWMINAL YHTPQYAARL RPVLVCVGSP TQT ASLEST FEHQKLRCSV RQSENVLTYL ICNRTLREYA RLSYSWAIFI NNKRCVEHEF GNLMKVLEYG LPITEEHMQF VDRF VVPEN YITNPANLPG WTRLFSSHKE VSAYMAKLHA YLKVTREGEF VVFTLPVLTF VSVKEFDEYR RLTHQPGLTI EKWLT ANAS RITNYSQSQD QDAGHMRCEV HSKQQLVVAR NDVTYVLNSQ IAVTARLRKL VFGFSGTFRA FEAVLRDDSF VKTQGE TSV EFAYRFLSRL IFSGLISFYN FLQRPGLDAT QRTLAYARMG ELTAEILSLR PKSSGVPTQA SVMADAGAPG ERAFDFK QL GPRDGGPDDF PDDDLDVIFA GLDEQQLDVF YCHYTPGEPE TTAAVHTQFA LLKRAFLGRF RILQELFGEA FEVAPFST Y VDNVIFRGCE MLTGSPRGGL MSVALQTDNY TLMGYTYARV FAFADELRRR HATANVAELL EEAPLPYVVL RDQHGFMSV VNTNISEFVE SIDSTELAMA INADYGISSK LAMTITRSQG LSLDKVAICF TPGNLRLNSA YVAMSRTTSS EFLRMNLNPL RERHERDDV ISEHILSALR DPNVVIVY

UniProtKB: DNA replication helicase

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分子 #2: Helicase-primase subunit

分子名称: Helicase-primase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 83.085953 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGADMDTAD IVWVEESVSA ITLYAVWLPP RAREYFHALV YFVCRNAAGE GRARFAEVSV TATELRDFY GSADVSVQAV VAAARAATTP AASPLEPLEN PTLWRALYAC VLAALERQTG PVALFAPLRI GSDPRTGLVV K VERASWGP ...文字列:
MHHHHHHHHD YDIPTTENLY FQGADMDTAD IVWVEESVSA ITLYAVWLPP RAREYFHALV YFVCRNAAGE GRARFAEVSV TATELRDFY GSADVSVQAV VAAARAATTP AASPLEPLEN PTLWRALYAC VLAALERQTG PVALFAPLRI GSDPRTGLVV K VERASWGP PAAPRAALLV AEANIDIDPM ALAARVAEHP DARLAWARLA AIRDTPQCAS AASLTVNITT GTALFAREYQ TL AFPPIKK EGAFGDLVEV CEVGLRPRGH PQRVTARVLL PRDYDYFVSA GEKFSAPALV ALFRQWHTTV HAAPGALAPV FAF LGPEFE VRGGPVPYFA VLGFPGWPTF TVPATAESAR DLVRGAAAAY AALLGAWPAV GARVVLPPRA WPGVASAAAG CLLP AVREA VARWHPATKI IQLLDPPAAV GPVWTARFCF PGLRAQLLAA LADLGGSGLA DPHGRTGLAR LDALVVAAPS EPWAG AVLE RLVPDTCNAC PALRQLLGGV MAAVCLQIEE TASSVKFAVC GGDGGAFWGV FNVDPQDADA ASGVIEDARR AIETAV GAV LRANGLRLRH PLCLALEGVY THAVAWSQAG VWFWNSRDNT DHLGGFPLRG PAYTTAAGVV RDTLRRVLGL TTACVPE ED ALTARGLMED ACDRLILDAF NKRLDAEYWS VRVSPFEASD PLPPTAFRGG ALLDAEHYWR RVVRVCPGGG ESVGVPVD L YPRPLVLPPV DCAHHLREIL REIELVFTGV LAGVWGEGGK FVYPFDDKMS FLFA

UniProtKB: Helicase-primase subunit

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分子 #3: DNA primase

分子名称: DNA primase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain 17 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 114.558562 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ...文字列:
MGQEDGNRGE RRAAGTPVEV TALYATDGCV ITSSIALLTN SLLGAEPVYI FSYDAYTHDG RADGPTEQDR FEESRALYQA SGGLNGDSF RVTFCLLGTE VGGTHQARGR TRPMFVCRFE RADDVAALQD ALAHGTPLQP DHIAATLDAE ATFALHANMI L ALTVAINN ASPRTGRDAA AAQYDQGASL RSLVGRTSLG QRGLTTLYVH HEVRVLAAYR RAYYGSAQSP FWFLSKFGPD EK SLVLTTR YYLLQAQRLG GAGATYDLQA IKDICATYAI PHAPRPDTVS AASLTSFAAI TRFCCTSQYA RGAAAAGFPL YVE RRIAAD VRETSALEKF ITHDRSCLRV SDREFITYIY LAHFECFSPP RLATHLRAVT THDPNPAAST EQPSPLGREA VEQF FCHVR AQLNIGEYVK HNVTPRETVL DGDTAKAYLR ARTYAPGALT PAPAYCGAVD SATKMMGRLA DAEKLLVPRG WPAFA PASP GEDTAGGTPP PQTCGIVKRL LRLAATEQQG PTPPAIAALI RNAAVQTPLP VYRISMVPTG QAFAALAWDD WARITR DAR LAEAVVSAEA AAHPDHGALG RRLTDRIRAQ GPVMPPGGLD AGGQMYVNRN EIFNGALAIT NIILDLDIAL KEPVPFR RL HEALGHFRRG ALAAVQLLFP AARVDPDAYP CYFFKSACRP GPASVGSGSG LGNDDDGDWF PCYDDAGDEE WAEDPGAM D TSHDPPDDEV AYFDLCHEVG PTAEPRETDS PVCSCTDKIG LRVCMPVPAP YVVHGSLTMR GVARVIQQAV LLDRDFVEA IGSYVKNFLL IDTGVYAHGH SLRLPYFAKI APDGPACGRL LPVFVIPPAC KDVPAFVAAH ADPRRFHFHA PPTYLASPRE IRVLHSLGG DYVSFFERKA SRNALEHFGR RETLTEVLGR YNVQPDAGGT VEGFASELLG RIVACIETHF PEHAGEYQAV S VRRAVSKD DWVLLQLVPV RGTLQQSLSC LRFKHGRASR ATARTFVALS VGANNRLCVS LCQQCFAAKC DSNRLHTLFT ID AGTPCSP SVPCSTSQPS S

UniProtKB: DNA primase

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分子 #4: DNA (44-MER)

分子名称: DNA (44-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: ssDNA virus sp. (ウイルス)
分子量理論値: 13.402571 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 35958
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9vlq:
herpes simplex virus type 1 helicase-primase structure in complex with ssDNA, ADP and magnesium ion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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