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- EMDB-65145: Cryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65145
タイトルCryo-EM structure of the NuA3 complex bound to Ace-coenzyme A
マップデータ
試料
  • 複合体: NuA3
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase SAS3
    • タンパク質・ペプチド: NuA3 HAT complex component NTO1
    • タンパク質・ペプチド: Protein YNG1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF6
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL COENZYME *A
キーワードNuA3 / Cryo-EM / Histone / nucleosome / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / histone H3K36me3 reader activity / Platelet degranulation / SUMOylation of transcription cofactors / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex ...PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / histone H3K36me3 reader activity / Platelet degranulation / SUMOylation of transcription cofactors / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / Ino80 complex / histone H3K4me3 reader activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / SWI/SNF complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / transcription coregulator activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / ING family / YEATS / : / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. ...SAS complex subunit SAS5/transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Chromatin modification-related protein Eaf6 / Histone acetyltransferase subunit NuA4 / ING family / YEATS / : / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / : / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase SAS3 / Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / Chromatin modification-related protein EAF6 / Protein YNG1 / NuA3 HAT complex component NTO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Zhang HQ / Wang YR
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the NuA3 complex bound to Acetyl-coenzyme A
著者: Wang YR / Zhang HQ
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65145.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9643 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.7847701 - 2.3398054
平均 (標準偏差)0.000036425135 (±0.046760842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 270.004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65145_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65145_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NuA3

全体名称: NuA3
要素
  • 複合体: NuA3
    • タンパク質・ペプチド: Histone acetyltransferase SAS3
    • タンパク質・ペプチド: NuA3 HAT complex component NTO1
    • タンパク質・ペプチド: Protein YNG1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF6
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ACETYL COENZYME *A

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超分子 #1: NuA3

超分子名称: NuA3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Histone acetyltransferase SAS3

分子名称: Histone acetyltransferase SAS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 97.722461 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSLTANDESP KPKKNALLKN LEIDDLIHSQ FVRSDTNGHR TTRRLFNSDA SISHRIRGSV RSDKGLNKIK KGLISQQSKL ASENSSQNI VNRDNKMGAV SFPIIEPNIE VSEELKVRIK YDSIKFFNFE RLISKSSVIA PLVNKNITSS GPLIGFQRRV N RLKQTWDL ...文字列:
MSLTANDESP KPKKNALLKN LEIDDLIHSQ FVRSDTNGHR TTRRLFNSDA SISHRIRGSV RSDKGLNKIK KGLISQQSKL ASENSSQNI VNRDNKMGAV SFPIIEPNIE VSEELKVRIK YDSIKFFNFE RLISKSSVIA PLVNKNITSS GPLIGFQRRV N RLKQTWDL ATENMEYPYS SDNTPFRDND SWQWYVPYGG TIKKMKDFST KRTLPTWEDK IKFLTFLENS KSATYINGNV SL CNHNETD QENEDRKKRK GKVPRIKNKV WFSQIEYIVL RNYEIKPWYT SPFPEHINQN KMVFICEFCL KYMTSRYTFY RHQ LKCLTF KPPGNEIYRD GKLSVWEIDG RENVLYCQNL CLLAKCFINS KTLYYDVEPF IFYILTERED TENHPYQNAA KFHF VGYFS KEKFNSNDYN LSCILTLPIY QRKGYGQFLM EFSYLLSRKE SKFGTPQKPL SDLGLLTYRT FWKIKCAEVL LKLRD SARR RSNNKNEDTF QQVSLNDIAK LTGMIPTDVV FGLEQLQVLY RHKTRSLSSL DDFNYIIKID SWNRIENIYK TWSSKN YPR VKYDKLLWEP IILGPSFGIN GMMNLEPTAL ADEALTNETM APVISNNTHI ENYNNSRAHN KRRRRRRRSS EHKTSKL HV NNIIEPEVPA TDFFEDTVSS LTEYMCDYKN TNNDRLIYQA EKRVLESIHD RKGIPRSKFS TETHWELCFT IKNSETPL G NHAARRNDTG ISSLEQDEVE NDVDTELYVG ENAKEDEDED EDFTLDDDIE DEQISEENDE EEDTYEEDSD DDEDGKRKG QEQDENDIES HIRKERVRKR RKITLIEDDE E

UniProtKB: Histone acetyltransferase SAS3

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分子 #2: NuA3 HAT complex component NTO1

分子名称: NuA3 HAT complex component NTO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 86.146328 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNRGSLDDGP KLREEKHFQD FYPDLNADTL LPFIVPLVET KDNSTDTDSD DISNRNNREI GSVKSVQTKE LIFKGRVTTE PLVLKKNEV EFQKCKITTN ELKGKKNPYC VRFNESFISR YYHINKVRNR KSYKQQQKEF DGVEAPYFTK FSSKEAPNIT I STSTKSAI ...文字列:
MNRGSLDDGP KLREEKHFQD FYPDLNADTL LPFIVPLVET KDNSTDTDSD DISNRNNREI GSVKSVQTKE LIFKGRVTTE PLVLKKNEV EFQKCKITTN ELKGKKNPYC VRFNESFISR YYHINKVRNR KSYKQQQKEF DGVEAPYFTK FSSKEAPNIT I STSTKSAI QKFASISPNL VNFKPQYDMD EQDELYLHYL NKRYFKDQMS HEIFEILMTT LETEWFHIEK HIPSTNSLIA RH NILRDCK NYELYGSDDG TGLSMDQACA VCLGTDSDNL NTIVFCDGCD IAVHQECYGI IFIPEGKWLC RRCMISKNNF ATC LMCPSH TGAFKQTDTG SWVHNICALW LPELYFSNLH YMEPIEGVQN VSVSRWKLNC YICKKKMGAC IQCFQRNCFT AYHV TCARR AGLYMSKGKC TIQELASNQF SQKYSVESFC HKHAPRGWQT SIEGINKARK YFSLLSTLQT ETPQHNEAND RTNSK FNKT IWKTPNQTPV APHVFAEILQ KVVDFFGLAN PPAGAFDICK YWSMKRELTG GTPLTACFEN NSLGSLTEEQ VQTRID FAN DQLEDLYRLK ELTTLVKKRT QASNSLSRSR KKVFDIVKSP QKYLLKINVL DIFIKSEQFK ALERLVTEPK LLVILEK CK HCDFDTVQIF KEEIMHFFEV LETLPGASRI LQTVSSKAKE QVTNLIGLIE HVDIKKLLSR DFIINDDKIE ERPWSGPV I MEEEGLSDAE ELSAGEHRML KLILNSG

UniProtKB: NuA3 HAT complex component NTO1

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分子 #3: Protein YNG1

分子名称: Protein YNG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 25.391049 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEHLANENSD SDIRYSFLST LDHLPCELIR SLRLMQTIDL FKNEEDEPGM ERACRDLLLV ATYINDLVDD QIHFLKQHKK ELEIQKSVT KNFNSSLENI KSKLTLEEPG AYKEPKLLLK INLKKAKSRE RKESITSPTI GINQGDVTEG NNNQEEVYCF C RNVSYGPM ...文字列:
MEHLANENSD SDIRYSFLST LDHLPCELIR SLRLMQTIDL FKNEEDEPGM ERACRDLLLV ATYINDLVDD QIHFLKQHKK ELEIQKSVT KNFNSSLENI KSKLTLEEPG AYKEPKLLLK INLKKAKSRE RKESITSPTI GINQGDVTEG NNNQEEVYCF C RNVSYGPM VACDNPACPF EWFHYGCVGL KQAPKGKWYC SKDCKEIANQ RSKSKRQKRR K

UniProtKB: Protein YNG1

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分子 #4: Transcription initiation factor TFIID subunit 14

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 27.473154 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVATVKRTIR IKTQQHILPE VPPVENFPVR QWSIEIVLLD DEGKEIPATI FDKVIYHLHP TFANPNRTFT DPPFRIEEQG WGGFPLDIS VFLLEKAGER KIPHDLNFLQ ESYEVEHVIQ IPLNKPLLTE ELAKSGSTEE TTANTGTIGK RRTTTNTTAE P KAKRAKTG ...文字列:
MVATVKRTIR IKTQQHILPE VPPVENFPVR QWSIEIVLLD DEGKEIPATI FDKVIYHLHP TFANPNRTFT DPPFRIEEQG WGGFPLDIS VFLLEKAGER KIPHDLNFLQ ESYEVEHVIQ IPLNKPLLTE ELAKSGSTEE TTANTGTIGK RRTTTNTTAE P KAKRAKTG SASTVKGSVD LEKLAFGLTK LNEDDLVGVV QMVTDNKTPE MNVTNNVEEG EFIIDLYSLP EGLLKSLWDY VK KNTE

UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 14

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分子 #5: Chromatin modification-related protein EAF6

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 12.915704 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MTDELKSYEA LKAELKKSLQ DRREQEDTFD NLQQEIYDKE TEYFSHNSNN NHSGHGGAHG SKSHYSGNII KGFDTFSKSH HSHADSAFN NNDRIFSLSS ATYVKQQHGQ SQND

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF6

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: ACETYL COENZYME *A

分子名称: ACETYL COENZYME *A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ACO
分子量理論値: 809.571 Da
Chemical component information

ChemComp-ACO:
ACETYL COENZYME *A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 134246
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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