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- EMDB-64982: Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT WT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64982
タイトルCryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT WT
マップデータcomposite map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: aspartate:alanine antiporter AspT
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate/alanine antiporter
  • リガンド: ASPARTIC ACID
キーワードamino acid / antiporter / elevator mechanism / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性YidE/YbjL duplication / Aspartate-alanine antiporter / Predicted Permease Membrane Region / : / antiporter activity / identical protein binding / plasma membrane / Aspartate/alanine antiporter
機能・相同性情報
生物種Tetragenococcus halophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nanatani K / Kanno R / Kawabata T / Watanabe S / Hidaka M / Yamanaka T / Toda K / Fujiki T / Kunii K / Miyamoto A ...Nanatani K / Kanno R / Kawabata T / Watanabe S / Hidaka M / Yamanaka T / Toda K / Fujiki T / Kunii K / Miyamoto A / Chiba F / Ogasawara S / Murata T / Humbel BM / Inaba K / Mitsuoka K / Guan L / Abe K / Yamamoto M / Koshiba S
資金援助 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07653 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K05004 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121019 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121038 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of the aspartate:alanine antiporter AspT from Tetragenococcus halophilus
著者: Nanatani K / Kanno R / Kawabata T / Watanabe S / Hidaka M / Yamanaka T / Toda K / Fujiki T / Kunii K / Miyamoto A / Chiba F / Ogasawara S / Murata T / Humbel BM / Inaba K / Mitsuoka K / Guan ...著者: Nanatani K / Kanno R / Kawabata T / Watanabe S / Hidaka M / Yamanaka T / Toda K / Fujiki T / Kunii K / Miyamoto A / Chiba F / Ogasawara S / Murata T / Humbel BM / Inaba K / Mitsuoka K / Guan L / Abe K / Yamamoto M / Koshiba S
履歴
登録2025年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.32 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.32 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.845 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.621
最小 - 最大-1.0844994 - 3.0795913
平均 (標準偏差)0.019693773 (±0.07984242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : aspartate:alanine antiporter AspT

全体名称: aspartate:alanine antiporter AspT
要素
  • 細胞器官・細胞要素: aspartate:alanine antiporter AspT
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate/alanine antiporter
  • リガンド: ASPARTIC ACID

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超分子 #1: aspartate:alanine antiporter AspT

超分子名称: aspartate:alanine antiporter AspT / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Tetragenococcus halophilus (バクテリア) / 株: D10
分子量理論値: 58 KDa

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分子 #1: Aspartate/alanine antiporter

分子名称: Aspartate/alanine antiporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The purification His-tag (Hisx6) is inserted at L331 and K332; however, this His-tag is not visible in the current map and is therefore not included in the model.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetragenococcus halophilus (バクテリア) / 株: D10
分子量理論値: 58.084 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNAIGNFLVG TPVFTIFICL ALGYLLGKLK IGSFTLGATV GVLIVALLIG QLGVFPRDTL LGDIFFDFFM FAIGYRVGPS FISSMKKFG AKIVYATLIF LVSAFIVAYA CFKMFHIGPG IAAGIIAGGL TQSAVIGSSL ETISKLPISD HLKTLYSNQI P IVYTLTYV ...文字列:
MNAIGNFLVG TPVFTIFICL ALGYLLGKLK IGSFTLGATV GVLIVALLIG QLGVFPRDTL LGDIFFDFFM FAIGYRVGPS FISSMKKFG AKIVYATLIF LVSAFIVAYA CFKMFHIGPG IAAGIIAGGL TQSAVIGSSL ETISKLPISD HLKTLYSNQI P IVYTLTYV FGTIGVLIFL RDIMPKLMHI DLKKQAVKTA KELDMIPVPV IVASTHFYTI NDGSSLIGQT LGTVNTKFAK GL VAAGLND SADMASVINA GDVLAISGGI DEIGRAVQEF NLLEVTGKTK AYVSKQVVLK KNFSADVLKN AQDKGVLVAT LAG DVMDPA QFSTLHHHHH HKPAESVTLV GQKDAVSEVQ SQLGRLRAAE NIINYSWFAL GIALSAALGI VGTKVSGVPI ALGG GTASL IVGLVQSIYR DKHAHMDTIP DSLLEFFQSI GLNLFIATVG LSAAKTFISA IQSMGISVLL IGAVISILPH IITFV ICYY LMKMEPISII GAQTGADTLS AALNDVSERV GSDASPFFAA AVAPAYAIGN IFLTLMGPIF IVLLS

UniProtKB: Aspartate/alanine antiporter

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分子 #2: ASPARTIC ACID

分子名称: ASPARTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ASP
分子量理論値: 133.103 Da
Chemical component information

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.83 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC6H13NO4S2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
100.0 mMNaClsodium chloride
0.003 %C47H88O22Lauryl maltose neopentyl glycol
100.0 mMC4H7NO4L-aspartic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 12357 / 平均露光時間: 30.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1636712
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 125465
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9vdc:
Cryo-EM structure of the aspartate:alanine antiporter AspT WT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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