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万見
- EMDB-64787: Structure of TolC, YbjP, and AcrA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64787
タイトルStructure of TolC, YbjP, and AcrA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: TolC-YbjP-AcrABZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized lipoprotein YbjP
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrA
キーワードMultidrug efflux pump / TolC / YbjP / AcrA / AcrB / lipoprotein / antibiotic resistance / Gram-negative / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...MacAB-TolC complex / alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / porin activity / bile acid and bile salt transport / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / fatty acid transport / cell outer membrane / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / : ...Domain of unknown function DUF3828 / Protein of unknown function (DUF3828) / : / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / : / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC / Multidrug efflux pump subunit AcrA / Uncharacterized lipoprotein YbjP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Ge XF / Gu ZW / Wang JW
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371254 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171190 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms of pump assembly and drug transport in the AcrAB-TolC efflux system
著者: Ge X / Gu Z / Wang J
履歴
登録2025年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64787.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64787.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 512 pix.
= 691.2 Å		1.35 Å/pix.
x 512 pix.
= 691.2 Å		1.35 Å/pix.
x 512 pix.
= 691.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.29
最小 - 最大-0.7771333 - 1.726251
平均 (標準偏差)-0.00020432593 (±0.04705199)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 691.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64787_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64787_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TolC-YbjP-AcrABZ complex

全体名称: TolC-YbjP-AcrABZ complex
要素
  • 複合体: TolC-YbjP-AcrABZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein TolC
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized lipoprotein YbjP
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug efflux pump subunit AcrA

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超分子 #1: TolC-YbjP-AcrABZ complex

超分子名称: TolC-YbjP-AcrABZ complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein TolC

分子名称: Outer membrane protein TolC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 53.783355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV ...文字列:
MKKLLPILIG LSLSGFSSLS QAENLMQVYQ QARLSNPELR KSAADRDAAF EKINEARSPL LPQLGLGADY TYSNGYRDAN GINSNATSA SLQLTQSIFD MSKWRALTLQ EKAAGIQDVT YQTDQQTLIL NTATAYFNVL NAIDVLSYTQ AQKEAIYRQL D QTTQRFNV GLVAITDVQN ARAQYDTVLA NEVTARNNLD NAVEQLRQIT GNYYPELAAL NVENFKTDKP QPVNALLKEA EK RNLSLLQ ARLSQDLARE QIRQAQDGHL PTLDLTASTG ISDTSYSGSK TRGAAGTQYD DSNMGQNKVG LSFSLPIYQG GMV NSQVKQ AQYNFVGASE QLESAHRSVV QTVRSSFNNI NASISSINAY KQAVVSAQSS LDAMEAGYSV GTRTIVDVLD ATTT LYNAK QELANARYNY LINQLNIKSA LGTLNEQDLL ALNNALSKPV STNPENVAPQ TPEQNAIADG YAPDSPAPVV QQTSA RTTT SNGHNPFRN

UniProtKB: Outer membrane protein TolC

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分子 #2: Uncharacterized lipoprotein YbjP

分子名称: Uncharacterized lipoprotein YbjP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 19.013287 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRYSKLTMLI PCALLLSACT TVTPAYKDNG TRSGPCVEGG PDNVAQQFYD YRILHRSNDI TALRPYLSDK LATLLSDASR DNNHRELLT NDPFSSRTTL PDSAHVASAS TIPNRDARNI PLRVDLKQGD QGWQDEVLMI QEGQCWVIDD VRYLGGSVHA T AGTLRQSI ENR

UniProtKB: Uncharacterized lipoprotein YbjP

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分子 #3: Multidrug efflux pump subunit AcrA

分子名称: Multidrug efflux pump subunit AcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 42.237488 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKNRGFTPL AVVLMLSGSL ALTGCDDKQA QQGGQQMPAV GVVTVKTEPL QITTELPGRT SAYRIAEVRP QVSGIILKRN FKEGSDIEA GVSLYQIDPA TYQATYDSAK GDLAKAQAAA NIAQLTVNRY QKLLGTQYIS KQEYDQALAD AQQANAAVTA A KAAVETAR ...文字列:
MNKNRGFTPL AVVLMLSGSL ALTGCDDKQA QQGGQQMPAV GVVTVKTEPL QITTELPGRT SAYRIAEVRP QVSGIILKRN FKEGSDIEA GVSLYQIDPA TYQATYDSAK GDLAKAQAAA NIAQLTVNRY QKLLGTQYIS KQEYDQALAD AQQANAAVTA A KAAVETAR INLAYTKVTS PISGRIGKSN VTEGALVQNG QATALATVQQ LDPIYVDVTQ SSNDFLRLKQ ELANGTLKQE NG KAKVSLI TSDGIKFPQD GTLEFSDVTV DQTTGSITLR AIFPNPDHTL LPGMFVRARL EEGLNPNAIL VPQQGVTRTP RGD ATVLVV GADDKVETRP IVASQAIGDK WLVTEGLKAG DRVVISGLQK VRPGVQVKAQ EVTADNNQQA ASGAQPEQSK S

UniProtKB: Multidrug efflux pump subunit AcrA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17043
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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