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万見
- EMDB-64648: Cryo-EM Structure of the Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64648
タイトルCryo-EM Structure of the Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit
マップデータMain_map_sharppen
試料
  • 複合体: The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG143
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein OPG155
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG107
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG086
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex associated protein OPG083
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG104
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG147
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG076
キーワードVaccinia Virus / Entry-Fusion Complex (EFC) / cryo-EM / Single-particle reconstruction / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / DNA-templated transcription termination / helicase activity / hydrolase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion membrane / DNA binding ...membrane fusion involved in viral entry into host cell / DNA-templated transcription termination / helicase activity / hydrolase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion membrane / DNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Poxvirus A21 / Poxvirus A21 Protein / Poxvirus L5 / Poxvirus G3 / Poxvirus L5 protein family / Chordopoxvirus G3 protein / Viral late protein H2 / Poxvirus A28 / Viral late protein H2 / Poxvirus A28 family ...Poxvirus A21 / Poxvirus A21 Protein / Poxvirus L5 / Poxvirus G3 / Poxvirus L5 protein family / Chordopoxvirus G3 protein / Viral late protein H2 / Poxvirus A28 / Viral late protein H2 / Poxvirus A28 family / Virion membrane protein, poxvirus L1-related / Lipid membrane protein of large eukaryotic DNA viruses / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16 / Pox virus entry-fusion-complex G9/A16
類似検索 - ドメイン・相同性
Entry-fusion complex protein OPG094 / Protein OPG104 / Protein OPG107 / Entry-fusion complex protein OPG076 / Virion membrane protein OPG143 / Entry-fusion complex associated protein OPG083 / Entry-fusion complex protein OPG086 / Entry-fusion complex protein OPG094 / Envelope protein OPG155 / Virion membrane protein OPG147
類似検索 - 構成要素
生物種Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Wang CH / Lin CSH / Chang W
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of the vaccinia virus entry fusion complex reveals a multicomponent fusion machinery.
著者: Chang Sheng-Huei Lin / Ching-An Li / Chun-Hsiung Wang / Chi-Fei Kao / Hsiao-Jung Chiu / Min-Chi Yeh / Hua-De Gao / Meng-Chiao Ho / Hsien-Ming Lee / Wen Chang
要旨: Membrane fusion is essential for viral entry. Unlike class I-III fusion proteins, vaccinia virus (VACV) uses a multicomponent entry fusion complex (EFC). Using cryo-electron microscopy, we determined ...Membrane fusion is essential for viral entry. Unlike class I-III fusion proteins, vaccinia virus (VACV) uses a multicomponent entry fusion complex (EFC). Using cryo-electron microscopy, we determined the full-length structure of the VACV EFC at near-atomic resolution, revealing a 15-protein asymmetric assembly organized into three layers. The central A16/G9/J5 heterotrimer forms the fusion core, stabilized by conserved PXXCW and Delta motifs, and anchors two A28/H2 adaptor dimers linked to peripheral G3/L5/A21/O3 scaffolds. Structural and evolutionary analyses identify a conserved N-terminal domain in A16 containing a myristoyl-binding pocket and a phenylalanine-rich region that stabilizes the trimer and may regulate lipid engagement. An additional component, F9, binds peripherally to J5, A21, and H2 through Delta-like motifs, reinforcing the prefusion architecture. Together, these results define the VACV EFC as a unique multiprotein fusion machinery and provide a structural framework for understanding the mechanism of poxvirus entry and membrane fusion.
履歴
登録2025年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 640 pix.
= 339.52 Å		0.53 Å/pix.
x 640 pix.
= 339.52 Å		0.53 Å/pix.
x 640 pix.
= 339.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5305 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.7202297 - 2.4813569
平均 (標準偏差)0.00032147855 (±0.035801854)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 339.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Main map unsharppen

ファイルemd_64648_additional_1.map
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投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_64648_half_map_1.map
注釈Half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_64648_half_map_2.map
注釈Half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit

全体名称: The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit
要素
  • 複合体: The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG143
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein OPG155
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG107
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG086
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG094
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex associated protein OPG083
    • タンパク質・ペプチド: Protein OPG104
    • タンパク質・ペプチド: Virion membrane protein OPG147
    • タンパク質・ペプチド: Entry-fusion complex protein OPG076

+
超分子 #1: The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit

超分子名称: The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)

+
分子 #1: Virion membrane protein OPG143

分子名称: Virion membrane protein OPG143 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 43.48659 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGAAVTLNRI KIAPGIADIR DKYMELGFNY PEYNRAVKFA EESYTYYYET SPGEIKPKFC LIDGMSIDHC SSFIVPEFAK QYVLIHGEP CSSFKFRPGS LIYYQNEVTP EYIKDLKHAT DYIASGQRCH FIKKDYLLGD SDSVAKCCSK TNTKHCPKIF N NNYKTEHC ...文字列:
MGAAVTLNRI KIAPGIADIR DKYMELGFNY PEYNRAVKFA EESYTYYYET SPGEIKPKFC LIDGMSIDHC SSFIVPEFAK QYVLIHGEP CSSFKFRPGS LIYYQNEVTP EYIKDLKHAT DYIASGQRCH FIKKDYLLGD SDSVAKCCSK TNTKHCPKIF N NNYKTEHC DDFMTGFCRN DPGNPNCLEW LRAKRKPAMS TYSDICSKHM DARYCSEFIR IIRPDYFTFG DTALYVFCND HK GNRNCWC ANYPKSNSGD KYLGPRVCWL HECTDESRDR KWLYYNQDVQ RTRCKYVGCT INVNSLALKN SQAELTSNCT RTT SAVGDV HPGEPVVKDK IKLPTWLGAA ITLVVISVIF YFISIYSRPK IKTNDINVRR R

UniProtKB: Virion membrane protein OPG143

+
分子 #2: Entry-fusion complex protein OPG094

分子名称: Entry-fusion complex protein OPG094 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 38.840285 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGGGVSVELP KRDPPPGVPT DEMLLNVDKM HDVIAPAKLL EYVHIGPLAK DKEDKVKKRY PEFRLVNTGP GGLSALLRQS YNGTAPNCC RTFNRTHYWK KDGKISDKYE EGAVLESCWP DVHDTGKCDV DLFDWCQGDT FDRNICHQWI GSAFNRSNRT V EGQQSLIN ...文字列:
MGGGVSVELP KRDPPPGVPT DEMLLNVDKM HDVIAPAKLL EYVHIGPLAK DKEDKVKKRY PEFRLVNTGP GGLSALLRQS YNGTAPNCC RTFNRTHYWK KDGKISDKYE EGAVLESCWP DVHDTGKCDV DLFDWCQGDT FDRNICHQWI GSAFNRSNRT V EGQQSLIN LYNKMQTLCS KDASVPICES FLHHLRAHNT EDSKEMIDYI LRQQSADFKQ KYMRCSYPTR DKLEESLKYA EP RECWDPE CSNANVNFLL TRNYNNLGLC NIVRCNTSVN NLQMDKTSSL RLSCGLSNSD RFSTVPVNRA KVVQHNIKHS FDL KLHLIS LLSLLVIWIL IVAI

UniProtKB: Entry-fusion complex protein OPG094

+
分子 #3: Envelope protein OPG155

分子名称: Envelope protein OPG155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 16.340536 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MNSLSIFFIV VATAAVCLLF IQGYSIYENY GNIKEFNATH AAFEYSKSIG GTPALDRRVQ DVNDTISDVK QKWRCVVYPG NGFVSASIF GFQAEVGPNN TRSIRKFNTM QQCIDFTFSD VININIYNPC VVPNINNAEC QFLKSVL

UniProtKB: Envelope protein OPG155

+
分子 #4: Protein OPG107

分子名称: Protein OPG107 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 21.568877 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDKTTLSVNA CNLEYVREKA IVGVQAAKTS TLIFFVIILA ISALLLWFQT SDNPVFNELT RYMRIKNTVN DWKSLTDSKT KLESDRGRL LAAGKDDIFE FKCVDFGAYF IAMRLDKKTY LPQAIRRGTG DAWMVKKAAK VDPSAQQFCQ YLIKHKSNNV I TCGNEMLN ...文字列:
MDKTTLSVNA CNLEYVREKA IVGVQAAKTS TLIFFVIILA ISALLLWFQT SDNPVFNELT RYMRIKNTVN DWKSLTDSKT KLESDRGRL LAAGKDDIFE FKCVDFGAYF IAMRLDKKTY LPQAIRRGTG DAWMVKKAAK VDPSAQQFCQ YLIKHKSNNV I TCGNEMLN ELGYSGYFMS PHWCSDFSNM E

UniProtKB: Protein OPG107

+
分子 #5: Entry-fusion complex protein OPG086

分子名称: Entry-fusion complex protein OPG086 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 12.814793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASLLYLILF LLFVCISYYF TYYPTNKLQA AVMETDRENA IIRQRNDEIP TRTLDTAIFT DASTVASAQI HLYYNSNIGK IIMSLNGKK HTFNLYDDND IRTLLPILLL SK

UniProtKB: Entry-fusion complex protein OPG086

+
分子 #6: Entry-fusion complex protein OPG094

分子名称: Entry-fusion complex protein OPG094 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 15.062823 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MENVPNVYFN PVFIEPTFKH SLLSVYKHRL IVLFEVFVVF ILIYVFFRSE LNMFFMPKRK IPDPIDRLRR ANLACEDDKL MIYGLPWMT TQTSALSINS KPIVYKDCAK LLRSINGSQP VSLNDVLRR

UniProtKB: Entry-fusion complex protein OPG094

+
分子 #7: Entry-fusion complex associated protein OPG083

分子名称: Entry-fusion complex associated protein OPG083 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 23.900875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAETKEFKTL YNLFIDSYLQ KLAQHSIPTN VTCAIHIGEV IGQFKNCALR ITNKCMSNSR LSFTLMVESF IEVISLLPEK DRRRIAEEI GIDLDDVPSA VSKLEKNCNA YAEVNNIIDI QKLDIGECSA PPGQHMLLQI VNTGSAEANC GLQTIVKSLN K IYVPPIIE ...文字列:
MAETKEFKTL YNLFIDSYLQ KLAQHSIPTN VTCAIHIGEV IGQFKNCALR ITNKCMSNSR LSFTLMVESF IEVISLLPEK DRRRIAEEI GIDLDDVPSA VSKLEKNCNA YAEVNNIIDI QKLDIGECSA PPGQHMLLQI VNTGSAEANC GLQTIVKSLN K IYVPPIIE NRLPYYDPWF LVGVAIILVI FTVAICSIRR NLALKYRYGT FLYV

UniProtKB: Entry-fusion complex associated protein OPG083

+
分子 #8: Protein OPG104

分子名称: Protein OPG104 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 15.174698 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MTDEQIYAFC DANKDDIRCK CIYPDKSIVR IGIDTRLPYY CWYEPCKRSD ALLPASLKKN ITKCNVSDCT ISLGNVSITD SKLDVNNVC DSKRVATENI AVRYLNQEIR YPIIDIKWLP IGLLALAILI LAFF

UniProtKB: Protein OPG104

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分子 #9: Virion membrane protein OPG147

分子名称: Virion membrane protein OPG147 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 13.661822 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MITLFLILCY FILIFNIIVP AISEKMRRER AAYVNYKRLN KNFICVDDRL FSYNFTTSGI KAKVAVDNKN VPIPCSKINE VNNNKDVDT LYCDKDRDDI PGFARSCYRA YSDLFFTT

UniProtKB: Virion membrane protein OPG147

+
分子 #10: Entry-fusion complex protein OPG076

分子名称: Entry-fusion complex protein OPG076 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthopoxvirus vaccinia (ウイルス)
分子量理論値: 4.230069 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MLVVIMFFIA FAFCSWLSYS YLRPYISTKE LNKSR

UniProtKB: Entry-fusion complex protein OPG076

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 2.5 mM biotin, 0.02% NP-40 in PBS
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The Vaccinia Virus Entry/Fusion Complex (EFC) Including the F9 Subunit

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.99 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.13 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 474787
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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