[日本語] English
万見
- EMDB-64622: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Class 2) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64622
タイトルCryo-EM structure of a class C GPCR (Class 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 6
  • リガンド: PHOSPHOSERINE
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


new growing cell tip / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / detection of light stimulus involved in visual perception / detection of visible light / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synapse assembly ...new growing cell tip / positive regulation of calcium ion import across plasma membrane / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / detection of light stimulus involved in visual perception / detection of visible light / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / synapse assembly / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / retina development in camera-type eye / G alpha (i) signalling events / gene expression / chemical synaptic transmission / Golgi membrane / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 6 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 6 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Lee SY / Yun Y / Ji JS / Jeong H / Lee HH
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
Samsung Science and Technology Foundation 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Class 2)
著者: Lee SY / Yun Y / Ji JS / Jeong H / Lee HH
履歴
登録2025年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64622.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 366.336 Å		0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 366.336 Å		0.85 Å/pix.
x 432 pix.
= 366.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-1.6148236 - 2.493876
平均 (標準偏差)-0.0005350865 (±0.039568905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 366.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64622_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64622_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)

全体名称: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)
    • タンパク質・ペプチド: Metabotropic glutamate receptor 6
  • リガンド: PHOSPHOSERINE

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)

超分子名称: Cryo-EM structure of a class C GPCR (Global, without symmetry)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Metabotropic glutamate receptor 6

分子名称: Metabotropic glutamate receptor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.539266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GLARAAGSVR LAGGLTLGGL FPVHARGAAG RACGQLKKEQ GVHRLEAMLY ALDRVNADPE LLPGVRLGAR LLDTCSRDTY ALEQALSFV QALIRGRGDG DEVGVRCPGG VPPLRPAPPE RVVAVVGASA SSVSIMVANV LRLFAIPQIS YASTAPELSD S TRYDFFSR ...文字列:
GLARAAGSVR LAGGLTLGGL FPVHARGAAG RACGQLKKEQ GVHRLEAMLY ALDRVNADPE LLPGVRLGAR LLDTCSRDTY ALEQALSFV QALIRGRGDG DEVGVRCPGG VPPLRPAPPE RVVAVVGASA SSVSIMVANV LRLFAIPQIS YASTAPELSD S TRYDFFSR VVPPDSYQAQ AMVDIVRALG WNYVSTLASE GNYGESGVEA FVQISREAGG VCIAQSIKIP REPKPGEFSK VI RRLMETP NARGIIIFAN EDDIRRVLEA ARQANLTGHF LWVGSDSWGA KTSPILSLED VAVGAITILP KRASIDGFDQ YFM TRSLEN NRRNIWFAEF WEENFNCKLT SSGTQSDDST RKCTGEERIG RDSTYEQEGK VQFVIDAVYA IAHALHSMHQ ALCP GHTGL CPAMEPTDGR MLLQYIRAVR FNGSAGTPVM FNENGDAPGR YDIFQYQATN GSASSGGYQA VGQWAETLRL DVEAL QWSG DPHEVPSSLC SLPCGPGERK KMVKGVPCCW HCEACDGYRF QVDEFTCEAC PGDMRPTPNH TGCRPTPVVR LSWSSP WAA PPLLLAVLGI VATTTVVATF VRYNNTPIVR ASGRELSYVL LTGIFLIYAI TFLMVAEPGA AVCAARRLFL GLGTTLS YS ALLTKTNRIY RIFEQGKRSV TPPPFISPTS QLVITFSLTS LQVVGMIAWL GARPPHSVID YEEQRTVDPE QARGVLKC D MSDLSLIGCL GYSLLLMVTC TVYAIKARGV PETFNEAKPI GFTMYTTCII WLAFVPIFFG TAQSAEKIYI QTTTLTVSL SLSASVSLGM LYVPKTYVIL FHPEQNVQKR KRSLKATSTV AAPPKGEDAE AHKFESRAST VPRARDPPVA TLEVLFQ

UniProtKB: Metabotropic glutamate receptor 6

-
分子 #2: PHOSPHOSERINE

分子名称: PHOSPHOSERINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: SEP
分子量理論値: 185.072 Da
Chemical component information

ChemComp-SEP:
PHOSPHOSERINE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 67.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold Model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146427
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る