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万見
- EMDB-64570: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor - class ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64570
タイトルCryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor - class 2 (2:1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 3
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードP2X ion channal / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / : ...detection of hypoxic conditions in blood by carotid body chemoreceptor signaling / Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / : / protein homotrimerization / neuromuscular junction development / response to ATP / cellular response to ATP / behavioral response to pain / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / ligand-gated monoatomic ion channel activity / response to mechanical stimulus / neuronal dense core vesicle / skeletal muscle fiber development / positive regulation of calcium-mediated signaling / establishment of localization in cell / response to cold / response to ischemia / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / sensory perception of sound / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium ion transmembrane transport / sensory perception of taste / response to heat / response to hypoxia / signaling receptor complex / apical plasma membrane / postsynapse / axon / neuronal cell body / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X3 purinoceptor / P2X2 purinoceptor / : / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 3 / P2X purinoceptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Zhang J / Cheng XY
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor - class 2 (2:1)
著者: Zhang J / Cheng XY
履歴
登録2025年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64570.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 342. Å		0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 342. Å		0.95 Å/pix.
x 360 pix.
= 342. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.5469353 - 1.3361685
平均 (標準偏差)-0.0003139688 (±0.026007395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 342.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64570_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64570_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor

全体名称: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 3
    • タンパク質・ペプチド: P2X purinoceptor 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor

超分子名称: Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: P2X purinoceptor 3

分子名称: P2X purinoceptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.900105 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNCISDFFTY ETTKSVVVKS WTIGIINRVV QLLIISYFVG WVFLHEKAYQ VRDTAIESSV VTKVKGSGLY ANRVMDVSDY VTPPQGTSV FVIITKMIVT ENQMQGFCPE SEEKYRCVSD SQCGPERLPG GGILTGRCVN YSSVLRTCEI QGWCPTEVDT V ETPIMMEA ...文字列:
MNCISDFFTY ETTKSVVVKS WTIGIINRVV QLLIISYFVG WVFLHEKAYQ VRDTAIESSV VTKVKGSGLY ANRVMDVSDY VTPPQGTSV FVIITKMIVT ENQMQGFCPE SEEKYRCVSD SQCGPERLPG GGILTGRCVN YSSVLRTCEI QGWCPTEVDT V ETPIMMEA ENFTIFIKNS IRFPLFNFEK GNLLPNLTAR DMKTCRFHPD KDPFCPILRV GDVVKFAGQD FAKLARTGGV LG IKIGWVC DLDKAWDQCI PKYSFTRLDS VSEKSSVSPG YNFRFAKYYK MENGSEYRTL LKAFGIRFDV LVYGNAGKFN IIP TIISSV AAFTSVGVGT VLCDIILLNF LKGADQYKAK KFEEVNET

UniProtKB: P2X purinoceptor 3

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分子 #2: P2X purinoceptor 2

分子名称: P2X purinoceptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.814996 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAQPKYPA GATARRLARG CWSALWDYET PKVIVVRNRR LGVLYRAVQL LILLYFVWYV FIVQKSYQES ETGPESSIIT KVKGITTSE HKVWDVEEYV KPPEGGSVFS IITRVEATHS QTQGTCPESI RVHNATCLSD ADCVAGELDM LGNGLRTGRC V PYYQGPSK ...文字列:
MAAAQPKYPA GATARRLARG CWSALWDYET PKVIVVRNRR LGVLYRAVQL LILLYFVWYV FIVQKSYQES ETGPESSIIT KVKGITTSE HKVWDVEEYV KPPEGGSVFS IITRVEATHS QTQGTCPESI RVHNATCLSD ADCVAGELDM LGNGLRTGRC V PYYQGPSK TCEVFGWCPV EDGASVSQFL GTMAPNFTIL IKNSIHYPKF HFSKGNIADR TDGYLKRCTF HEASDLYCPI FK LGFIVEK AGESFTELAH KGGVIGVIIN WDCDLDLPAS ECNPKYSFRR LDPKHVPASS GYNFRFAKYY KINGTTTRTL IKA YGIRID VIVHGQAGKF SLIPTIINLA TALTSVGVGS FLCDWILLTF MNKNKVYSHK KFDKVCTPSH PSGSWPVTLA RVLG QAPPE PGHRSEDQHP SPPSGQEGQQ GAECGPAFPP LRPCPISAPS EQMVDTPASE PAQASTPTDP KGLAQL

UniProtKB: P2X purinoceptor 2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.11 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119692
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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