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万見
- EMDB-64489: influx carrier substrate bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64489
タイトルinflux carrier substrate bound form
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: plant influx carrier hormone bound form
    • タンパク質・ペプチド: Auxin transporter protein 1
  • リガンド: (2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードhormone transporter / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


root hair cell differentiation / auxin binding / root cap development / somatic embryogenesis / lateral root formation / auxin influx transmembrane transporter activity / positive gravitropism / establishment of planar polarity / auxin polar transport / amino acid transmembrane transport ...root hair cell differentiation / auxin binding / root cap development / somatic embryogenesis / lateral root formation / auxin influx transmembrane transporter activity / positive gravitropism / establishment of planar polarity / auxin polar transport / amino acid transmembrane transport / auxin-activated signaling pathway / response to nematode / symporter activity / amino acid transmembrane transporter activity / endosome / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amino acid transporter, transmembrane domain / Transmembrane amino acid transporter protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin transporter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Chen H / Jiang D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2025
タイトル: Structural basis of auxin recognition and transport by the plant influx carrier AUX1.
著者: Huiwen Chen / Junping Fan / Cheng Chi / Jun Zhao / Di Wu / Xiaoguang Lei / Xing Wang Deng / Daohua Jiang /
要旨: Auxin regulates numerous aspects of plant growth and development, featuring polar auxin transport mediated by auxin efflux and influx carriers. AUX1 is the major auxin importer that actively takes up ...Auxin regulates numerous aspects of plant growth and development, featuring polar auxin transport mediated by auxin efflux and influx carriers. AUX1 is the major auxin importer that actively takes up natural and synthetic auxins. However, the precise mechanisms underlying AUX1-mediated auxin recognition and transport remain elusive. Here, we present cryoelectron microscopy structures of Arabidopsis thaliana AUX1 in both apo and auxin-bound states, revealing the structural basis for auxin recognition. Structural analyses show that AUX1 assumes the LeuT-like fold in an inward-facing conformation and the auxin analog 2,4-D is recognized by polar residues located in the central cavity of AUX1. Furthermore, we identify a putative cation-binding site that contributes to stabilizing the inward-facing conformation. Interestingly, we reveal that His249 undergoes a substantial conformational shift, and its mutation completely abolishes transport activity, suggesting a crucial role for His249 in AUX1 gating. Collectively, this study provides a structural foundation for a deeper understanding of auxin influx by AUX1-like carriers.
履歴
登録2025年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64489.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64489.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0284462 - 1.8945732
平均 (標準偏差)-0.0008112427 (±0.026557796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64489_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64489_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : plant influx carrier hormone bound form

全体名称: plant influx carrier hormone bound form
要素
  • 細胞器官・細胞要素: plant influx carrier hormone bound form
    • タンパク質・ペプチド: Auxin transporter protein 1
  • リガンド: (2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: plant influx carrier hormone bound form

超分子名称: plant influx carrier hormone bound form / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Auxin transporter protein 1

分子名称: Auxin transporter protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 54.10552 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSEGVEAIVA NDNGTDQVNG NRTGKDNEEH DGSTGSNLSN FLWHGGSVWD AWFSCASNQV AQVLLTLPYS FSQLGMLSGI VLQIFYGLL GSWTAYLISV LYVEYRARKE KEGKSFKNHV IQWFEVLDGL LGSYWKALGL AFNCTFLLFG SVIQLIACAS N IYYINDHL ...文字列:
MSEGVEAIVA NDNGTDQVNG NRTGKDNEEH DGSTGSNLSN FLWHGGSVWD AWFSCASNQV AQVLLTLPYS FSQLGMLSGI VLQIFYGLL GSWTAYLISV LYVEYRARKE KEGKSFKNHV IQWFEVLDGL LGSYWKALGL AFNCTFLLFG SVIQLIACAS N IYYINDHL DKRTWTYIFG ACCATTVFIP SFHNYRIWSF LGLGMTTYTA WYLAIASIIH GQAEGVKHSG PTKLVLYFTG AT NILYTFG GHAVTVEIMH AMWKPQKFKY IYLMATLYVF TLTIPSAAAV YWAFGDALLD HSNAFSLMPK NAWRDAAVIL MLI HQFITF GFACTPLYFV WEKVIGMHDT KSICLRALAR LPVVIPIWFL AIIFPFFGPI NSAVGALLVS FTVYIIPSLA HMLT YRSAS ARQNAAEKPP FFMPSWTAMY VLNAFVVVWV LIVGFGFGGW ASVTNFVRQV DTFGLFAKCY QCKPAAAAAH APVSA LHHR L

UniProtKB: Auxin transporter protein 1

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分子 #2: (2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID

分子名称: (2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CFA
分子量理論値: 221.037 Da
Chemical component information

ChemComp-CFA:
(2,4-DICHLOROPHENOXY)ACETIC ACID

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TITAN THEMIS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129741
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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