[日本語] English
万見
- EMDB-64378: PSI-6 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64378
タイトルPSI-6 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
マップデータCryo-EM map of a PSI-6 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis.
試料
  • 複合体: Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
    • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 13種
キーワードphotosystem I / photosynthesis / chlorophyll / light-harvesting complex / biogenesis / assembly / LHCI / FCPI / coccolithophore / haptophyte
生物種Chrysotila roscoffensis (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者La Rocca R / Tsai P-C / Kato K / Nakajima Y / Akita F / Shen J-R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2026
タイトル: Multiple structures of photosystem I-FCPI supercomplexes from a coccolithophore alga reveal a modular antenna organization.
著者: Romain La Rocca / Pi-Cheng Tsai / Koji Kato / Yoshiki Nakajima / Fusamichi Akita / Jian-Ren Shen /
要旨: Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. ...Photosystem I (PSI) converts light energy into chemical energy in photosynthesis, and forms supercomplexes with light-harvesting complexes (LHCI) in eukaryotes to enhance energy capture and transfer. Various numbers and organizations of both PSI core and LHCI subunits are observed in various organisms. A subgroup of haptophytes named coccolithophores play a major role in marine carbon cycle and CaCO production, and the light-harvesting antennas of them are named FCPs (fucoxanthin-chlorophyll a/c binding protein) because they bind chlorophyll c and fucoxanthin in addition to chlorophyll a. A structure of a large PSI-FCPI supercomplex containing 38 FCPI subunits has been reported from a coccolithophore Emiliania huxleyi recently (L. Shen et al., Science 389, eadv2132, 2025). Here we solved five cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of PSI-FCPI supercomplexes isolated from another coccolithophore Chrysotila roscoffensis with different detergents at resolutions ranging from 2.3 to 1.7 Å. These structures represent discrete PSI-FCPIs containing 1, 4, 6, 8 and 9 FCPI subunits, with FCPIs arranged in a modular fashion. Association of each FCPI module to the PSI core, as well as the arrangement of protein subunits and pigments, are revealed. Contributions of individual antenna modules to excitation energy transfer were calculated and compared with PSI-FCPI supercomplexes from other species of coccolithophores and haptophytes. These results pinpoint the assembly of stable PSI-FCPI supercomplexes in C. roscoffensis and provide insights into how antenna modules contribute to energy transfer in coccolithophores.
履歴
登録2025年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64378.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of a PSI-6 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 436.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.727 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.35366148 - 1.114079
平均 (標準偏差)0.000034204295 (±0.017035946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 436.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_64378_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-A map.

ファイルemd_64378_half_map_1.map
注釈Half-A map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-B map.

ファイルemd_64378_half_map_2.map
注釈Half-B map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding pr...

全体名称: Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
要素
  • 複合体: Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX (psaJ)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 (psaA)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 (psaB)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center (psaC)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II (psaD)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV (psaE)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III (psaF)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII (psaI)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI (psaL)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII (psaM)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein III (FCPI-3)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VI (FCPI-6), GLY-CYS-PRO
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein IV (FCPI-4)
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaR
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPI-2)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI-1)
  • タンパク質・ペプチド: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein V (FCPI-5)
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: Chlorophyll c1
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding pr...

超分子名称: Photosystem I (PSI) with 6 fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI) supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #8 / 詳細: PSI-6 FCPI supercomplex.
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 (psaA)

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 (psaA)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 83.368938 KDa
配列文字列: MKIGSKELEA KKVQVVVDKD PVVTSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWIS GMYFHGARFS NYSAWLANPT TIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFAGVQ ITSGFFQLWR ASGITSEIEL Y WTAIGGLI ...文字列:
MKIGSKELEA KKVQVVVDKD PVVTSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SQTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LAIIFLWIS GMYFHGARFS NYSAWLANPT TIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFAGVQ ITSGFFQLWR ASGITSEIEL Y WTAIGGLI MSALMVFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESMM NHHLAGLLGL GCLGWAGHQI HVSLPINKLL DAGVSPQEIP LP YELIFNQ DLMAQLYPSF KQGLVPFFTL NWSAYSDFLT FKGGLNPITG SLWLSDTAHH HLALSVLFIF AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPLTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMMGSVSII VAHHMYAMPP YPYIGIDYPT QLSLFTHHMW IGGF CVCGA GAHASIFMVR DYSPVQSYNN LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGTHSFGL YIHNDTMRAL GRPQDMFSDK AIQLQ PIFA QWVQSLHTLA PGNTAPNALA TTSYAFGGDV VAVNGKIAMM PIALGTADFL VHHIHAFTIH VTVLILLKGT LFARNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTVS AAGKISHVTG GNFANSA LT INGWLRDFLW SEASQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHSKLKLAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW SFFLARIISV G

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 (psaB)

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 (psaB)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 82.002906 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMSEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRAGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNNDLYFGA LGLLILSTAL LFAGWLHLQP K FRPGLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGIATAHD LESHDGMSEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFQQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQS AIKAFTRAGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNNDLYFGA LGLLILSTAL LFAGWLHLQP K FRPGLAWF KNNESRLNHH LSGLFGVSSL AWSGHLIHVA IPESRGQHIG WDNFTSTLPH PDGLTPFFTG NWGLYAENPD TV KHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS MWLTDIAHHH LAIAVLFIFA GHMYRTNWGI GHSMKEILDA HVPPKGRLGA GHR GLFETI TDSLHMQLGL ALASLGVATS LVAQHMYALP PYAFMAKDYV TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EVNKD NVLARMLQHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDVCVA FGTPEKQILF EPVFAQFIQA SSGKAVYGFD VLLSS STSA ATVASSKIWL PGWLEAINSG KNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAMFWM LNTIGWVTFY WHFKHMTIWG GNAAAFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNAFGM NA QAVWAWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPIANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLAH FTVGYIFT Y APFVIASTTG KFG

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center (psaC)

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center (psaC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 8.836194 KDa
配列文字列:
MSHNVRIYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRAEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SETTRSLGLS Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II (psaD)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II (psaD) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 15.936089 KDa
配列文字列:
MSTDILNLQI PSPTFGGSTG GWLRAAETEE KYAITWTSKK EQVFEMPTSG SAIMQKGENL LYLAKKEQCL ALGSQLRTGF KIQDYKIYR IFPNSEIQYL HPKDGVFPEK LNEGRIGVGN VDHSIGKNKQ PVNVKFSGRN TFD

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV (psaE)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV (psaE) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 7.342328 KDa
配列文字列:
MVSRGSVVRV MRPESYWFQE TGTVATIAKG GDRYPVVVRF DKVNYAGVAT NNFAVDELVE VSAPPAK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III (psaF)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III (psaF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 20.163416 KDa
配列文字列:
MKRILSILFL FSVIGNAPLV ASADVSGLVP CKDSSVFNRR LDGSVKKLTT RLKNYEEGTP AYLALEQQIA QTKTRFAMYA DKGLLCGTD GLPHLIADGR FSHAGEFMIP GVGFLYITGW IGWAGRSYLQ FSKKTDKPNE SEIIINVPVA LSMMSAAFIW P LAAWKELV SGQLLVSADE ITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII (psaI)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII (psaI) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 3.900682 KDa
配列文字列:
MTASFLPSIL TPVVTLIFPG LCFALFFVLI EQEEI

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX (psaJ)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX (psaJ) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 4.340066 KDa
配列文字列:
MDKNLLTYLS TAPVLLTAWM TITAGFSIEF LRFFPDAAA

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI (psaL)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI (psaL) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 15.045253 KDa
配列文字列:
MSEFVKPYNN DPFVGNLSTP VTTSTATKLY LGNLPIYRKG LSSLRRGLEI GMAHGYFLVG PFYLLGPLRN SESALLIGLF AAFGLILIL TLALTIYGLA SFQDNETGDA LESSSGWQKF TSGFFVGASG GAVVAYVLLA NI

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII (psaM)

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII (psaM) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 3.082678 KDa
配列文字列:
MITDGQIFLA LTVALTAAIF AIGLGRQLY

+
分子 #11: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein III (FCPI-3)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein III (FCPI-3)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 21.458887 KDa
配列文字列: MTATAFSGPS LPVGRAAAPA ISMMAERSAS IPFLNKPPAL DGSMVGDVGF DPLGFSTTIT ELGGDLNYVR EAELMHGRQA MLATVGFVF PSIFGKIPSD WSASVSTDPL VAQYQLPGTV LGQLIFSIAV AEGIRASIIF KKDSVPGEHG FDPAGFIPKF C NTPEKMAE ...文字列:
MTATAFSGPS LPVGRAAAPA ISMMAERSAS IPFLNKPPAL DGSMVGDVGF DPLGFSTTIT ELGGDLNYVR EAELMHGRQA MLATVGFVF PSIFGKIPSD WSASVSTDPL VAQYQLPGTV LGQLIFSIAV AEGIRASIIF KKDSVPGEHG FDPAGFIPKF C NTPEKMAE MKLKELKHCR IAMIAITGFF FQETITGHVV PFL

+
分子 #12: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VI (FCPI-6), GLY-CYS-PRO

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein VI (FCPI-6), GLY-CYS-PRO
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 24.382199 KDa
配列文字列: MLSLVASAPA FVPPTGLVAP AMQPLTQIRM AEGPMYDAPL APSGMGAEFI NAERAPISSY VGASWEAGDV VYDPLDLCEL WKVSANNPD AAFLREAELK HCRLAMLAFA GIIHTSAGFH IPGEIWAVDD WSAALSTVQA KNPAALGQIF AGIGIIEGYT S KGVFDMWF ...文字列:
MLSLVASAPA FVPPTGLVAP AMQPLTQIRM AEGPMYDAPL APSGMGAEFI NAERAPISSY VGASWEAGDV VYDPLDLCEL WKVSANNPD AAFLREAELK HCRLAMLAFA GIIHTSAGFH IPGEIWAVDD WSAALSTVQA KNPAALGQIF AGIGIIEGYT S KGVFDMWF GKTTVRAPGK LGFDPLGLMP KDKEGAAKME LSELKNGRMA MIAVAGIACN HYIPGSVPGC PFP

+
分子 #13: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein IV (FCPI-4)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein IV (FCPI-4)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 21.06448 KDa
配列文字列: MLSLVSGSLA FTAPLTPAVT QTRAHAPNML KSQALPFVEA PKALDGSMVG DVGFDPLNLS DGLDLKFMRE AELKHGRICM LAWLGYVVV DLGITAPGAP SVSSLAAHDT AVKEGAMYLL LMLVSGFEAI STPAVYEMMS GQSDRKPGDF QLDPFGWAKG D KAEKMMLS ...文字列:
MLSLVSGSLA FTAPLTPAVT QTRAHAPNML KSQALPFVEA PKALDGSMVG DVGFDPLNLS DGLDLKFMRE AELKHGRICM LAWLGYVVV DLGITAPGAP SVSSLAAHDT AVKEGAMYLL LMLVSGFEAI STPAVYEMMS GQSDRKPGDF QLDPFGWAKG D KAEKMMLS EVIHCRTAML AFSGVVTQSA LKEIGFPYF

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit psaR

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 9.637013 KDa
配列文字列:
MELKAQDTWW GDKDYPDSIV LGIGKGVPSI VYSVSSLIAL ALGSYCVAES NLLNILSGST VNGFYVVGAV LVPYSWGLHV AAWIQKQNG K

+
分子 #15: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPI-2)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein II (FCPI-2)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 22.708201 KDa
配列文字列: MAVRTLLLCA AIGSAAALTA PVTRAVRPAV RRTTDVQAVV NFDSAASQWN AEFPYLAKFG FGPSAKAERW NGRHAMFGWV VIVATGYAQ SHGLIPSPDV PLSYSSWGGL AQMGFNEYIT NERAVIMIAH THFLAFSLAA AFGPKVLDSL TLANGESDEE P AGFMPAIQ ...文字列:
MAVRTLLLCA AIGSAAALTA PVTRAVRPAV RRTTDVQAVV NFDSAASQWN AEFPYLAKFG FGPSAKAERW NGRHAMFGWV VIVATGYAQ SHGLIPSPDV PLSYSSWGGL AQMGFNEYIT NERAVIMIAH THFLAFSLAA AFGPKVLDSL TLANGESDEE P AGFMPAIQ PGLTASAELL NGRMAMLGLV LLVLTSAFTG KEILDVVNIG LGGLLLK

+
分子 #16: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI-1)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein I (FCPI-1)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 20.547621 KDa
配列文字列: MAAYLISLAS PSFVPGAAVH HIAPTITSQQ QIVAKVDGLV GDSAPLGFFD PLGYTKKASP ADLKKYRECE LKHGRVAMLA SMGMVVADF WHPLYGGGNS ANPLVAITQV PKAGLLQILA FIGFMEVMGQ LNMQRADYEP GNFLGSGQWE TSESWDDYQT R ELNNGRLA ...文字列:
MAAYLISLAS PSFVPGAAVH HIAPTITSQQ QIVAKVDGLV GDSAPLGFFD PLGYTKKASP ADLKKYRECE LKHGRVAMLA SMGMVVADF WHPLYGGGNS ANPLVAITQV PKAGLLQILA FIGFMEVMGQ LNMQRADYEP GNFLGSGQWE TSESWDDYQT R ELNNGRLA MFASIGMLAH AALTGKGPLE LIF

+
分子 #17: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein V (FCPI-5)

分子名称: Fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein V (FCPI-5)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chrysotila roscoffensis (真核生物)
分子量理論値: 21.37976 KDa
配列文字列: MISMVNAALA FAGQHAVLNG VARATAPVMQ QKSQSVPFLD RPAALDGTMV GDVGFDPLGI SSGIPMAWLR ESELKHGRVC MLATVGYIA VDMGIRAPYA ETLSVTSLTA HDATVATGQM WLLLIACGVL EVAGAAGIAA TLSGSDRKPG YFAFDPLGFG K DPKQMERM ...文字列:
MISMVNAALA FAGQHAVLNG VARATAPVMQ QKSQSVPFLD RPAALDGTMV GDVGFDPLGI SSGIPMAWLR ESELKHGRVC MLATVGYIA VDMGIRAPYA ETLSVTSLTA HDATVATGQM WLLLIACGVL EVAGAAGIAA TLSGSDRKPG YFAFDPLGFG K DPKQMERM ELSEIKNGRL AMLAFSGIVT QDALFEHAKN FPYL

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 145 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #19: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 18 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #23: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #24: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 23 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #26: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: Chlorophyll c1

分子名称: Chlorophyll c1 / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 9 / 式: KC1
分子量理論値: 610.941 Da
Chemical component information

ChemComp-KC1:
Chlorophyll c1

+
分子 #29: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 7 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #30: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 790 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMMES2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
50.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMEDTA[6-[3,4-dihydroxy-2,5-bis(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3,4,5-trihydroxyoxan-2-yl]methyl dodecanoate
0.05 %SMLsucrose monolaurate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

9uh3


詳細: PSI-9 FCPI supercomplex from haptophyte Chrysotila roscoffensis.
最終 再構成使用したクラス数: 12 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114380
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る