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- EMDB-64078: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 KP.2 spike in complex with ACE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64078
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 KP.2 spike in complex with ACE2
マップデータ
試料
  • 複合体: KP.2 spike in complex with ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードSpike and ACE2 complex / Viral protein/Hydrolase / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / maternal process involved in female pregnancy / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / maternal process involved in female pregnancy / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / viral life cycle / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / membrane fusion / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / apical plasma membrane / cilium / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Jin XH / Sun L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92469108 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Pathogenicity, virological features, and immune evasion of SARS-CoV-2 JN.1-derived variants including JN.1.7, KP.2, KP.3, and KP.3.1.1.
著者: Jialu Shi / Xiaoyu Zhao / Xiaohui Jin / Jiayan Li / Yuanchen Liu / Huan Liu / Ye-Fan Hu / Zhe Chen / Yuxin Xiao / Lei Wang / Yajie Wang / Yixin He / Yue Chai / Bingjie Hu / Huiping Shuai / ...著者: Jialu Shi / Xiaoyu Zhao / Xiaohui Jin / Jiayan Li / Yuanchen Liu / Huan Liu / Ye-Fan Hu / Zhe Chen / Yuxin Xiao / Lei Wang / Yajie Wang / Yixin He / Yue Chai / Bingjie Hu / Huiping Shuai / Yang Wang / Xiangnan Li / Shujun Jiang / Yanliang Zhang / Xiaojuan Zhang / Wan-Mui Chan / Lin-Lei Chen / Jian-Piao Cai / Baokun Sui / Honglei Zhang / Dong Yang / Longchao Zhu / Shuofeng Yuan / Jie Zhou / Jian-Dong Huang / Kwok-Yung Yuen / Kelvin Kai-Wang To / Jasper Fuk-Woo Chan / Bao-Zhong Zhang / Qiao Wang / Maozhou He / Lei Sun / Pengfei Wang / Hin Chu /
要旨: KP.3.1.1 became a dominant successor to JN.1 by the second half of 2024 but the intrinsic pathogenicity and virological feature of KP.3.1.1 remain incompletely understood. Here, we comprehensively ...KP.3.1.1 became a dominant successor to JN.1 by the second half of 2024 but the intrinsic pathogenicity and virological feature of KP.3.1.1 remain incompletely understood. Here, we comprehensively evaluated the pathogenesis and characteristics of KP.3.1.1 in comparison to JN.1 and other JN.1-derived variants including JN.1.7, KP.2, and KP.3. The unique S31del mutation on KP.3.1.1 spike confers further evasion to the clinically authorized mAb Pemivibart and reduces convalescent serum neutralization efficiency. Structural analysis indicates that S31del induces novel glycosylation sites that facilitates evasion of neutralizing antibodies. We further reveal that S31del significantly enhances pseudovirus entry efficiency in all evaluated cell types including the human primary nasal epithelial cells. Nevertheless, the intrinsic pathogenicity of KP.3.1.1 is similar to JN.1 and KP.3, and higher than that of JN.1.7 and KP.2 in a male hamster model. Interestingly, the increased virus infectivity conferred by S31del in KP.3.1.1 spike is counterbalanced by the NSP10 S33C mutation. Overall, our study indicates that a single spike mutation can confer both enhanced immune escape and increased viral infectivity. The opposing effects of spike and non-spike mutations highlight the complex interplay of viral genomic elements in shaping their overall fitness, and reveal the high plasticity of coronavirus evolution.
履歴
登録2025年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372.8 Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372.8 Å		0.93 Å/pix.
x 400 pix.
= 372.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.22735792 - 26.116402000000001
平均 (標準偏差)-0.014616122 (±0.5075063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 372.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64078_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64078_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KP.2 spike in complex with ACE2

全体名称: KP.2 spike in complex with ACE2
要素
  • 複合体: KP.2 spike in complex with ACE2
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: KP.2 spike in complex with ACE2

超分子名称: KP.2 spike in complex with ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.989047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSSSSWLLLS LVAVTAAQST IEEQAKTFLD KFNHEAEDLF YQSSLASWNY NTNITEENVQ NMNNAGDKWS AFLKEQSTLA QMYPLQEIQ NLTVKLQLQA LQQNGSSVLS EDKSKRLNTI LNTMSTIYST GKVCNPDNPQ ECLLLEPGLN EIMANSLDYN E RLWAWESW ...文字列:
MSSSSWLLLS LVAVTAAQST IEEQAKTFLD KFNHEAEDLF YQSSLASWNY NTNITEENVQ NMNNAGDKWS AFLKEQSTLA QMYPLQEIQ NLTVKLQLQA LQQNGSSVLS EDKSKRLNTI LNTMSTIYST GKVCNPDNPQ ECLLLEPGLN EIMANSLDYN E RLWAWESW RSEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARANHYED YGDYWRGDYE VNGVDGYDYS RGQLIEDVEH TFEEIKPLYE HL HAYVRAK LMNAYPSYIS PIGCLPAHLL GDMWGRFWTN LYSLTVPFGQ KPNIDVTDAM VDQAWDAQRI FKEAEKFFVS VGL PNMTQG FWENSMLTDP GNVQKAVCHP TAWDLGKGDF RILMCTKVTM DDFLTAHHEM GHIQYDMAYA AQPFLLRNGA NEGF HEAVG EIMSLSAATP KHLKSIGLLS PDFQEDNETE INFLLKQALT IVGTLPFTYM LEKWRWMVFK GEIPKDQWMK KWWEM KREI VGVVEPVPHD ETYCDPASLF HVSNDYSFIR YYTRTLYQFQ FQEALCQAAK HEGPLHKCDI SNSTEAGQKL FNMLRL GKS EPWTLALENV VGAKNMNVRP LLNYFEPLFT WLKDQNKNSF VGWSTDWSPY ADLEVLFQGP HHHHHHHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 144.600156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TTTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHLTQ DLFLPFFSNV TWFHAISGTN GTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNFVIKVCEF QFCNDPFLDV YHKNNKSWME S ESGVYSSA ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAQCVNLI TTTQSYTNSF TRGVYYPDKV FRSSVLHLTQ DLFLPFFSNV TWFHAISGTN GTKRFDNPV LPFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNFVIKVCEF QFCNDPFLDV YHKNNKSWME S ESGVYSSA NNCTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIGR DFPQGFSALE PLVDLPIGIN IT RFQTLLA LNRSYLTPGD SSSGWTAGAA DYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTS NFRVQP TESIVRFPNV TNLCPFHEVF NATTFASVYA WNRTRISNCV ADYSVLYNFA PFFAFKCYGV SPTKLNDLCF TNVY ADSFV IKGNEVSQIA PGQTGNIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKHSGNYDY WYRSLRKSKL KPFERDISTE IYQAG NKPC KGKGPNCYFP LQSYGFRPTY GVGHQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTKSNK KFL PFQQFGRDIV DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV SVAIHADQLT PTWRVYS TG SNVFQTRAGC LIGAEYVNNS YECDIPIGAG VCASYQTQTK SRGSASSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTN F TISVTTEILP VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLKRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKYF GGFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGW TFGAGPALQI PFPMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLFSTPSALG KLQDVVNHNA Q ALNTLVKQ LSSKFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QS KRVDFCG KGYHLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFL TQRNFYEPQI ITT DNTFVS GNCDVVIGIV NNTVYDPLQL ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESL IDLQE LGKYEQGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVF LSTFLSGLEV LFQGPGGWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEK GGSG LNDIFEAQKI EWHEHHHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393648
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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