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- EMDB-64017: The overall cryo-EM map of the mouse CatSper dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64017
タイトルThe overall cryo-EM map of the mouse CatSper dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse CatSper dimer
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードsperm / hyperactivation / calcium channel / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / CatSper complex / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sodium-independent organic anion transport / : / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / organic anion transport / : ...Sperm Motility And Taxes / CatSper complex / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sodium-independent organic anion transport / : / calcium ion sensor activity / male meiotic nuclear division / organic anion transport / : / flagellated sperm motility / calcium-activated cation channel activity / fertilization / motile cilium / sperm capacitation / regulation of calcium ion transport / sodium ion transport / monoatomic ion channel complex / sperm flagellum / voltage-gated calcium channel activity / acrosomal vesicle / calcium ion transport / sperm principal piece / spermatogenesis / basolateral plasma membrane / calmodulin binding / cell differentiation / cilium / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / : / : ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma / Cation channel sperm-associated protein 4 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta/epsilon / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / CATSPERD, beta-propeller domain / CATSPERG beta-propeller domain / CATSPERB, C-terminal domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249 / CATSPER protein subunit beta protein 1st domain / CATSPER subunit beta protein 2nd domain / CATSPERB head domain / CATSPERB Ig-like domain / CATSPERG N-terminal domain / CATSPERE first N-terminal domain / CATSPERE second N-terminal domain / CATSPERE beta-propeller domain / CATSPERG C-terminal domain / CATSPERE Ig-like domain / CATSPERD/E C-terminal domain / CATSPERG Ig-like domain / CATSPERD Ig-like domain / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / MFS transporter superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation channel sperm-associated auxiliary subunit theta / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 / Solute carrier organic anion transporter family member 6C1 ...Cation channel sperm-associated auxiliary subunit theta / Cation channel sperm-associated protein 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon / Cation channel sperm-associated protein 3 / Cation channel sperm-associated protein 4 / Solute carrier organic anion transporter family member 6C1 / Cation channel sperm-associated protein 1 / Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Xu Q / Lin S / Zhao Q / Yan Z / Wu J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Molecular basis of the higher-order assembly of CatSper.
著者: Qikui Xu / Shiyi Lin / Qingqing Zhao / Yanfei Ru / Hang Kang / Xuhui Zeng / Min Jiang / Zhen Yan / Jianping Wu /
要旨: CatSper serves as the primary Ca entry pathway in the principal piece of sperm flagellum and is crucial for sperm motility and fertility. Sperm lacking functional CatSper channels fail to undergo ...CatSper serves as the primary Ca entry pathway in the principal piece of sperm flagellum and is crucial for sperm motility and fertility. Sperm lacking functional CatSper channels fail to undergo hyperactivation during fertilization, leading to complete male infertility. Along the longitudinal axis of the sperm flagellum, staggered CatSper complexes align in a hand-in-hand arrangement, forming a distinctive quadrilinear zigzag arrays known as CatSper nanodomains. However, the molecular details of how CatSper oligomerizes to form such higher-order assembly remain unclear. In this study, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of native CatSper dimer (~1.5 MDa) and trimer (~2.3 MDa) megacomplexes, which represent the fundamental units of the zigzag array. We reveal the overall configuration of the zigzag assembly by characterizing the two distinct dimer interfaces that mediate CatSper oligomerization. Specifically, we elucidate the interaction details of two extracellular interfaces formed by CATSPERβ and CATSPERγ at the two dimer interfaces, respectively, and find that CATSPERη, a recently identified component of CatSper, constitutes the transmembrane interface within one of these dimer interfaces. Functional studies in mice demonstrate that CATSPERη is essential for the formation of functional CatSper on the sperm flagellum, and CATSPERη-deficient sperm fail to hyperactivate during fertilization, resulting in male infertility both in vivo and in vitro. Our data provide insights into the higher-order assembly of CatSper at the molecular level, offering clues for the development of male contraceptives.
履歴
登録2025年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 222.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 388 pix.
= 421.756 Å		1.09 Å/pix.
x 388 pix.
= 421.756 Å		1.09 Å/pix.
x 388 pix.
= 421.756 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.178
最小 - 最大-1.1569734 - 2.3164656
平均 (標準偏差)0.007302057 (±0.067555666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ388388388
Spacing388388388
セルA=B=C: 421.756 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64017_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64017_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Mouse CatSper dimer

全体名称: Mouse CatSper dimer
要素
  • 複合体: Mouse CatSper dimer
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
    • タンパク質・ペプチド: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL

+
超分子 #1: Mouse CatSper dimer

超分子名称: Mouse CatSper dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Cation channel sperm-associated protein 1

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.080652 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: LLGLQQMILS LTQSLGFETF IFIVVCLNTV ILVAQTFTEL EIRGEWYFMV LDSIFLSIYV LEAVLKLIAL GLEYFYDPWN NLDFFIMVM AVLDFVLLQI NSLSYSFYNH SLFRILKVFK SMRALRAIRV LRRLSILTSL HEVAGTLSGS LPSITAILTL M FTCLFLFS ...文字列:
LLGLQQMILS LTQSLGFETF IFIVVCLNTV ILVAQTFTEL EIRGEWYFMV LDSIFLSIYV LEAVLKLIAL GLEYFYDPWN NLDFFIMVM AVLDFVLLQI NSLSYSFYNH SLFRILKVFK SMRALRAIRV LRRLSILTSL HEVAGTLSGS LPSITAILTL M FTCLFLFS VVLRALFQDS DPKRFQNIFT TLFTLFTMLT LDDWSLIYID NRAQGAWYII PILMIYIVIQ YFIFLNLVIA VL VDNFQMA LLKG

UniProtKB: Cation channel sperm-associated protein 1

+
分子 #2: Cation channel sperm-associated protein 2

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 33.115477 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: PLSLWAGWVL DSSVFSKFII SLIFLNTFVL MVEIELMEST NTALWPVKLA LEVADWFILL SFIVEILLMW LASFSLFWKD AWNVFDFFV TLLSLLPELV VLLGVPAHSV WLQLLRVCRV LRSLKLFARF RQIKVILLAL VRALKSMTFL LMLLLIFFYI F AVTGVYFF ...文字列:
PLSLWAGWVL DSSVFSKFII SLIFLNTFVL MVEIELMEST NTALWPVKLA LEVADWFILL SFIVEILLMW LASFSLFWKD AWNVFDFFV TLLSLLPELV VLLGVPAHSV WLQLLRVCRV LRSLKLFARF RQIKVILLAL VRALKSMTFL LMLLLIFFYI F AVTGVYFF REYSRSTIEG LEYNMFFSDL LNSLVTVFIL FTLDHWYAVL QDIWKVPESS RVFSSIYVIL WLLLGSIIFR NI IVAMMVT NFQNIRSELS EEMSHLEVQY KADMFKQQII QRRQ

UniProtKB: Cation channel sperm-associated protein 2

+
分子 #3: Cation channel sperm-associated protein 3

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.308949 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: ECQAYFRKVI KSTFFQIVMI TTVTTNSFLL VLGTNYDIQF EFFRTFEVSE LFFVSVYVCE FLMKVYVDPI TYWKDGYNIL DVIILIILT IPYLLRKIKG NHSAYLHFAD GIQSLRILKL ISYSRGIRTL IIAVGETVYT VASVLTLLFL LMFVFAILGF C LFGVTDRG ...文字列:
ECQAYFRKVI KSTFFQIVMI TTVTTNSFLL VLGTNYDIQF EFFRTFEVSE LFFVSVYVCE FLMKVYVDPI TYWKDGYNIL DVIILIILT IPYLLRKIKG NHSAYLHFAD GIQSLRILKL ISYSRGIRTL IIAVGETVYT VASVLTLLFL LMFVFAILGF C LFGVTDRG DLENWGNLAS AFFTLFSLAT VDGWTDLQEE LDKRKFTVSR AFTILFILLA SFIFLNMFVG VMIMHTEDSM KK FERDLTL ERNLAIMEEK QIILKRQQEE VNRLMNTQKS G

UniProtKB: Cation channel sperm-associated protein 3

+
分子 #4: Cation channel sperm-associated protein 4

分子名称: Cation channel sperm-associated protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 28.88043 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DVMEKKDAWD VQEFITQMYI KQLLRHPAFQ LLLAFLLLSN AITIALRTNS YLGQKHYELF STIDDIVLTI LICEVLLGWL NGFWIFWKD GWNILNFAIV FILFMGFFIK QLDMVAITYP LRVLRLVHVC MAVEPLARII KVILQSMPDL ANVMALILFF M LVFSVFGV ...文字列:
DVMEKKDAWD VQEFITQMYI KQLLRHPAFQ LLLAFLLLSN AITIALRTNS YLGQKHYELF STIDDIVLTI LICEVLLGWL NGFWIFWKD GWNILNFAIV FILFMGFFIK QLDMVAITYP LRVLRLVHVC MAVEPLARII KVILQSMPDL ANVMALILFF M LVFSVFGV TLFGAFVPKH FQNMGVALYT LFICITQDGW LDIYTDFQMD EREYAMEVGG AIYFAVFITL GAFIGLNLFV VV VTTNLEQ MMK

UniProtKB: Cation channel sperm-associated protein 4

+
分子 #5: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 121.580594 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: VIHNKGKERT YFSCSGEGIL TGLHTIKLFL TMDNLKVRCF FRNENQSPSK EILGLFTSGG LAPNMIITNS TFYGGYYFKL TPFSNRLEW LIDIPRQNIT VNTDIAAVEQ WMIKITMHEG LNIYDTEGTL LDLVREPILQ WNLGRVLTEM EVRDLYPEVN D IKVTKSPC ...文字列:
VIHNKGKERT YFSCSGEGIL TGLHTIKLFL TMDNLKVRCF FRNENQSPSK EILGLFTSGG LAPNMIITNS TFYGGYYFKL TPFSNRLEW LIDIPRQNIT VNTDIAAVEQ WMIKITMHEG LNIYDTEGTL LDLVREPILQ WNLGRVLTEM EVRDLYPEVN D IKVTKSPC ANDVALIGFM MKPSSNGVFI GKTISGFWTY KECIWHDLTE IIYAELKDEH QGLTVIDLVL TNHFLVILTS LG LYVSSDL RYPTTSQIKL SRAEFCGFER VDYIRGNLWY NEKCFANRES FEVDYVTITF NRNRTLSESS SCFFSKEPFL HWL PCVFST IKNEKSIPRV ITFLIDQETD SGIYLFNVQD TKETYVTVAM LKDGKPSPRP KFPSFHFPST FTLPLGMIFH PRSH FLYVY GSQIWVSMDG GNTFEMLCNL FSHHVTKTSN SFYTSDIVFI VEDGRILTTK AGLTTYSELG ILKDAIFTLY YDQLG YIHK LTPENFDAGS KLLGHGNSGS IFGKRPDLGF EAILVPQYIS TNEMYFFAHV PLTMPTNIQW KKRFKTIHLG KTIEFS KTG LANIKNVYMH KTEPVGFQTS IHTEIIVPFG IENSKDSPCL LSDLEITYSG KLYYTIKLLS KNPLHELKST DVEKSVL IP GYSSFLIMNI TDKWTASALA TMPQAIKSNL KFLTGSWFLY NFGTAGGRKW SISTRQCNYW IQQDSLDFMS LNLVKYID V GNTIDFQFKI IPKAMSTFPI PPVSMVVGNP GLVEVKTQGV FDLNENYYLD IHVSGRFFQK GSTSIALVLW EGSSKCYAI TLLPTIKSSC SYLRTMHHTP GRHIPPEDWI SGVHKDSQGF NMIKTLPINY RPPSHMGISI PLTDNFYHAD PSKPIPRNQF HKSKETGKY KQCANVTSRA MCNCSEHQKF SHAVAFSDCK EKVHRFKFPV TQYPVVLEIF NERDKISAEP PYLVTMTEVN M RKNWQLKH NEPENVKKMK HYLEPLLKTP VYNPLGLNLT IQGSELFHFK VSVVPGVSFC ELSEEFQIYV DEVPLPFPGH AL IAVATSV VLGVLIFIAF VFQLRNIH

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit beta

+
分子 #6: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 119.864367 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: HCTWLLVLNK FEKVGLHLSK DRFQDHEPID TVAKVFQKLT DSPIDPSENY LSFPYYLQIN FSCPGQNIEE LARKGHLMGM KPMVQINYM YSVNFYRWEM ENVQILMEAA PMRSTGYCPA EAMCVLNWYT PMPFKNGSVV SSVDIYTNGI GPFVSKKRFY V NMNGFLKR ...文字列:
HCTWLLVLNK FEKVGLHLSK DRFQDHEPID TVAKVFQKLT DSPIDPSENY LSFPYYLQIN FSCPGQNIEE LARKGHLMGM KPMVQINYM YSVNFYRWEM ENVQILMEAA PMRSTGYCPA EAMCVLNWYT PMPFKNGSVV SSVDIYTNGI GPFVSKKRFY V NMNGFLKR DASGKSLFAI GYESLVLKSS HFRLSKSRPL WYTVNHAPVF ILGGFYDEKS ILFSDSNFQD YVLLELSIDS CW VGSFYCP ILGFSATIHD AIATESTLFI RQNQLVYYFT GTYITLFDKS HGSSRWVRVL PSECIKRLCP VYASGNGSEY VLA LTTGKN EGYIHIGTIT DGLVSFEMVP DGWSVCEKLP GKNCSIDWAT YIADERNLLL LVKIDSGQFY LVNFNTEFKT LNIL YKIPE FIPEAKELDF LVLLDTVTYT NTPMTPKGLF FNTLNNMLYI WGNFILQSYN REEFIFLADF PKESTIKYMV NSFKG QMAV VTENEEIWYF LEGGYDVYQV VPSQGWETYH NLQKMQKSSF HSEDESLVSL FFEDGKLFQL VYLFDVGKER LVKRLL PVG TLMEYNLPKP FTVVNQGNYQ AISFTHTCPF KEIHLIDVPK KHHASRTESY VALPPLVSES LGFHNNNTLA VYQGLVY YL LWLHSKYDKP YADPVHDPTW RWWQHKTKDK DYFFYLFSNR LAAEGIYINM NAYQKLYNMS GDYGIPDLFF LDKGNWFT I TVVLLSHQDT FTSSDSQGPT INVDKKLAIA VTIADPECLS VTVTQDVLLN RNAVINKIKV IDKKRCSEQG MIGRNIKKT SMMLKVLGAP GNCIQRTYLG GIIQGFKVVP IFIGCPPGKR LAFDVSYTIM HSEEINKHYF DCVIKDAEMP CFLFRDLFQP FFLVQDLVT GDSGSFLGSY VLKVVGGGRT LNTIRDYTEE EIFRYNSPLD TTNSLIWKTK VERTTEDKKF YIMSHESPGV E WLCLENSP CYDIIPQSIY PPEFFFKLLV SNRGVDNSTY CDYKLTFIVH IHGLPLSSKR TSFIVMVSTS FFIALVVFYI LF CL

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit gamma 2

+
分子 #7: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 82.834281 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: HTLCRVHTVR TGKVFKSNIQ LQGDPLFYAF PNTFVLKNVC KADISVYLGQ KVFLTIDNFE SSLLPLTVPK SLAVGVPSIT SAHFVSGSL VLFVISGKGY SYDYYENTWR KLEGISEPVS HISGDVCCFK GSFCLELSNN LFAYLRGGQI PGTNIYFSDN G GFSFQLMN ...文字列:
HTLCRVHTVR TGKVFKSNIQ LQGDPLFYAF PNTFVLKNVC KADISVYLGQ KVFLTIDNFE SSLLPLTVPK SLAVGVPSIT SAHFVSGSL VLFVISGKGY SYDYYENTWR KLEGISEPVS HISGDVCCFK GSFCLELSNN LFAYLRGGQI PGTNIYFSDN G GFSFQLMN TDKLSHLTGT LGGIFHLHSM SQVGVLMVEN NLGTFHYMEY PLNHSMGIAF SYKNLLEVIM KPYQRGFMVL WN QKSILVS SNSGQIVEHV RLIDQKIFTD LDVEHANINI YSVASNAYEL AFLVAEDHLY YGSQSYMGTY VIKLPHQPLW STH TSIYFE DIGILQVLTP VADPHFAAYD FDKCTVNVQS SLMDEKLALQ PCNVELLEST MINTMFTIDM NSKLKLSALM IPRK GENPT PLVMVSNPHA LGFKANLNEF GNTFDGNSKY KLDIELKQQH HWGNSDFNFT ASIKRHAISS VTVDIADKTL SCVDL KPLS TLISVGCDMT KKIVVQNKIS ACTMGILNPV QLQKNYTYTI EKEAYDPINH NGEAQDDLIV FYEYKDLGCP RLVYYD KPW KPVVELWKNG IVEEIMNAEY VISEINGLVT YSYSLTAATA NCRSQPQNWS TFESDIENEE PFLWNRENYV SCHEDNK DN PLLWPNVEYQ VLGGQTNNKI IFGQRNGIYT FHLSVVDPYY SYCNLNTIFS VYVHGALPVT KFQPLLTILL MVTTTLLT A WLAYAIPKQL RS

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit delta

+
分子 #8: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 107.004016 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: LWRYYINSQD YSIFSTRSSI KLEYEGNSFV SWKIPESCKV ENTTSPKTTL HCKRAGIHTI KPIAGNQEVE RHLTVDNSYI CYLWYFTVV DVYYNLSQIV TIWVYDPESA STEELIWTAK KPSLSSRVLT KQMNTLGQRP FIFTVEKRLT YHPGPLTSEG T WVIHLPMS ...文字列:
LWRYYINSQD YSIFSTRSSI KLEYEGNSFV SWKIPESCKV ENTTSPKTTL HCKRAGIHTI KPIAGNQEVE RHLTVDNSYI CYLWYFTVV DVYYNLSQIV TIWVYDPESA STEELIWTAK KPSLSSRVLT KQMNTLGQRP FIFTVEKRLT YHPGPLTSEG T WVIHLPMS SDDIAKVIRG NKVAFQDCFI ANLYFMLTYP MTIISEPPGY EPLTVPPGSP LMLSWDTCIS TFALLATDQE TF QTNDSFQ TWTRVRAPPG ILSDAQRHSL RDVIIFDQGT LFLVDGTVYL RTEDEFTKLD ESRGISETGI LGFSKRRWCQ IRY LYKLAS KKSILIAWSK TTVYAGYATF RFVTLTDTAK LKDFLKLPQT DTLEVMSVEY LWHPLEAAVL LSHCSVCTTN TRNI RIVIY SAIFQTWTLQ DFELQLPKEA ILEFRFLYSA MPDIIMWDQH HVYYSYKNFT VVGTISTPSG ETNLSSLSQG SKIHQ VLTD RIGNVVVKME NNVMFYIKAD ITEAVILHTW VNTTAKTVVL FDKSFEVCIL YYNENLDEKY QLQTQPYPLI LELQSI NKD LGDWCPYLAF QHNIHSQFYH MDKGESLTIW SQIVYPENRG LYIVVEHYGS SVMTWTQNLE YEIASGFCTK TMITRFF QT TNYELVDNYY QLQKENTGLM LLQFRPSEFS RTCLTAKPVF EIDVGCDSSK YIMVRGFNKS RCQRRDFSYV IDKELLRE S LSDNLKVRYD VAKYGCPLTL ELGQMFQPIV ELYDENGFIK IVDANFILWE IHGRNDYTFN STMEQNGCIN EAQTWDSMI EENPDIPLDD VWGPQNYRPC FSYAIGKPGD LGQPYEILNY SNKNHIKWPM TYAGMYVYRL KILDPNYSFC NLTTIFAIES LGMIPRSSV YLVAALIFVL MLTFISILVL SYFWYLKIYR QF

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit epsilon

+
分子 #9: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9

分子名称: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.942268 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MKLTPGCFLW YLYMDKIYCL LSLRNVKALM VYFHLLDVHH RNTLNDVLFF HFLQHVTNLN KSQIGMIFDL LDWTAVGEIG FDQFYVLIC ILLAHQDHLE DHFMYRHSRP VFELLDLDGE MNIGAANFQN YRFLFNIKKQ ELRDLFHDFD ITGDRLLNYK E FKLYTIFC TDKSID

UniProtKB: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 9

+
分子 #10: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM249
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 19.898578 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MCWVMPPSVF VLEYYLDTLW KGTMLFIICL VFISCNVLRE VKYQETWCFP AYGMVIGLWL MLSSIPQRRL VLNHTRGMYH FSIQGRTVC QGPMHLVYVR LALSSDAYGG RFFQLVLCGH KLEPLVLVQL SERYEQMEFL GRHLARKLNI NYFDYLASSY R HVVRHWPL

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit theta

+
分子 #11: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 17.504592 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
TANVSVSDVC EDFDEEGKSV RNRIRKYSQT ISIRDSLNLE PEEIQQQARR ELELCHGRSL EHGEDHEESE TSLASSTSES LIFSLWKPH RTYWTEQQNR LPLPLMELME TEVLDILKKA LITYRSTIGR NHFMTKELQG YIEGIRKRRN

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit zeta

+
分子 #12: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 68.34968 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: PIVLPFVQRF NNIDGFMTLY VAAVLIHGAL FAVVDMTLNI YQVQFSLTRT EWYLMDFSDY IASFVVAIII AHFGSKGNRT RWIAASCIL MGLESMLFAF PFFTYEIIIP GRQSIELCME ENEKRNIICG NSVPNRSKCI YFHIGGQCIH GIAGMPIYIL G ITFIFDHI ...文字列:
PIVLPFVQRF NNIDGFMTLY VAAVLIHGAL FAVVDMTLNI YQVQFSLTRT EWYLMDFSDY IASFVVAIII AHFGSKGNRT RWIAASCIL MGLESMLFAF PFFTYEIIIP GRQSIELCME ENEKRNIICG NSVPNRSKCI YFHIGGQCIH GIAGMPIYIL G ITFIFDHI PTSSCGFYLA IGHSAYLIGY LLGMVGGLQN FQPPPKEKTV EIEPAKVYQL LQSGWWKTFL IIAAISFCVS FM MVCFPTS LPGAHKLRLA KRKEPPTIDR RLKDMKIQPH LKGFLHNIWH ILKNPLMLTQ AICKVSEYLT FNTSLYFLPH HLQ TQFLIT PGIASLLTGA FVLPGGIIGH FLGGLIVDRL EMTNKNKLKF TLVTTVVSVG LFLLIFFVEC QTTTFAGINE DYDG YGQLG NLTADCNEYC DCTTSLYTSI CGRDEKEYFS PCFAGCKATK VSQTEKTYYN CSCIKEGLAA SDDEGQFIDA IAGTC DSDC LKLPLFFAFY FSATVFSNMC SIPVISIILQ SVPANFTSLS LGVTYAIVKF VASVPAPLLF RLSSAIACIY WDNNRC GGK ERCWIYNKNI LVYEFMGIWM SSQLIIVLLN IYAIQIHDVV VHGEITE

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 6C1

+
分子 #13: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262

分子名称: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit TMEM262
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.350882 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
MRWRDRIAVL CFPPGLMLTV AALILFFIHM GVFASDVHNF CVIHNYDHMS FRYTVVLIFS QVISIGWAAM GSLYAEMTGD KFLRCFALT ILILNGAMFF NRLCLEFLAI NYREER

UniProtKB: Cation channel sperm-associated auxiliary subunit eta

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分子 #14: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 2.400951 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #20: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #21: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 459159
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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