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- EMDB-63994: PSI-LHCE-LHCII from Euglena gracilis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63994
タイトルPSI-LHCE-LHCII from Euglena gracilis
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 13種
キーワードPSI / LHCE / Euglena gracilis / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. ...Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chloroplast light-harvesting complex I protein / Chloroplast light-harvesting complex I protein / Chloroplast light-harvesting complex I protein / Chloroplast light-harvesting complex II protein / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I iron-sulfur center / Light harvesting chlorophyll a /b binding protein of PSII
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Feng Y / Li XB / Amunts A
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PSI-LHCE-LHCII from Euglena gracilis
著者: Feng Y
履歴
登録2025年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63994.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 512 pix.
= 496.64 Å		0.97 Å/pix.
x 512 pix.
= 496.64 Å		0.97 Å/pix.
x 512 pix.
= 496.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.07980791 - 0.39294198
平均 (標準偏差)0.0025946512 (±0.008304054)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 496.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis

全体名称: PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis
要素
  • 複合体: PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: Lhce5.7
    • タンパク質・ペプチド: Lhce7.3
    • タンパク質・ペプチド: Lhce5
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: LhcE6
    • タンパク質・ペプチド: Lhce8
    • タンパク質・ペプチド: PsaM
    • タンパク質・ペプチド: LhcE7
    • タンパク質・ペプチド: Lhce10
    • タンパク質・ペプチド: Lhce11
    • タンパク質・ペプチド: LhcbM4.6
    • タンパク質・ペプチド: LhcbM4.10
    • タンパク質・ペプチド: LhcbM2
    • タンパク質・ペプチド: LhcbM8
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER

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超分子 #1: PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis

超分子名称: PSI-LHCE-LHCI from Euglena gracilis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 82.780266 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATSHD FESHDGMTEN NLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWIKD PLHIRPIAH AISDPHFGQP AIEAFTRSQF PGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNVDLYNGS MFLLFIATLA LFAGWLHLEP K YSPKVSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATSHD FESHDGMTEN NLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWIKD PLHIRPIAH AISDPHFGQP AIEAFTRSQF PGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNVDLYNGS MFLLFIATLA LFAGWLHLEP K YSPKVSWF KDAESRLNHH LSALFGLSSL AWSGHLIHVA IPESRGIHVR WDNFLSQLPH PSGLEPFFKG NWSLYSENPD SL THVFGTA SGAGTAVLTF LGGFHPETKS LWLTDIAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTNFAI GHRIDDILNA HKAPSGKLGL GHF GLYETI NNSLHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLS PYAFLIQDRT TMAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DFDE EKNKG NVLSRILDHK EAIISHLSWV TLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQS AHGKNIYELN ILLSS DSSN AFSASQAIWL PGWLNGINDK STSLFLQIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS RLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWTTFY WHWKHITLWQ GNVGQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LAVWGWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPITNVFK WTDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYVFT Y AAFLIASTSA KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #2: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 8.784116 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYNT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SSPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG SETSRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #3: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 21.417994 KDa
配列文字列: DSKPAWQVPD LADALKNEAA VQKAKEISTQ LPTFWEVRDA LSEVPKSQFP EVFANFKGST GTLLGAAEKE EKYVITWTSS KKQIFELPT GGAAEMEEGE NVFYFSRKEQ CLALGAQLRT AFKPRIENFQ IFRVFPNGEV QYLHPKDGVF PEKVNQGRTK A NHNPRSIG ...文字列:
DSKPAWQVPD LADALKNEAA VQKAKEISTQ LPTFWEVRDA LSEVPKSQFP EVFANFKGST GTLLGAAEKE EKYVITWTSS KKQIFELPT GGAAEMEEGE NVFYFSRKEQ CLALGAQLRT AFKPRIENFQ IFRVFPNGEV QYLHPKDGVF PEKVNQGRTK A NHNPRSIG ENAEPASVKF TGTTPKDVQT EGAVA

+
分子 #4: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 17.581881 KDa
配列文字列:
FFFGQITMAF NNAMADPWFK FTAVSSATLM AIGCALMAIA ELTAPQQQAL YAAPAVQTRM ITRLADDAAA RVADRTQFIE EYKERRAEA PATPKAKAGP ARGSTVKVTR PESYWYNQYG KVISVDESGA IRYPVVVRFE KENYQGVTTN NFALDELEY

+
分子 #5: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 34.298152 KDa
配列文字列: SIFFRAEHKM YRCNYQNLES KQWSMTAVLG VTALLSVSVG ATAGFIASQP STTSLYAPAS TTTSISSVAA IPVSQAAARA PVQAVPVSE AQSVEQSIYT EAPQASFNWA PVAALIALPT AIAAFLLRRS ENEVKLATAG VAASAVLASG AMTAMPANAT E AILGLTPC ...文字列:
SIFFRAEHKM YRCNYQNLES KQWSMTAVLG VTALLSVSVG ATAGFIASQP STTSLYAPAS TTTSISSVAA IPVSQAAARA PVQAVPVSE AQSVEQSIYT EAPQASFNWA PVAALIALPT AIAAFLLRRS ENEVKLATAG VAASAVLASG AMTAMPANAT E AILGLTPC AESAKFQKVL TKEVKALEKR EKLYEPGSAP FQALEATKAK TQARFAKYAE SGLLCGADGL PHLISDPGLA VK YGHAGET LIPTIGFLYV AGYIGTAGRT YLQEISTRQK PTQSEIIIDV PLATSIAFKS WDWPNKAVKE LASGTLLEDA KNV PVSRR

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分子 #6: Lhce5.7

分子名称: Lhce5.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.693363 KDa
配列文字列:
HKDGVWFPGA QPPAHLTGEY PADRGFDPLS LAADPTVYAR MRVSEVFHAR LSMLAIVGSI VPELLGKGAW FEVGNSVDGI KLGFILMAI AAPTEYWRGN GGFNWDKGTA DRSYPGFDPL KLTTDYTKAA EIKNGRLAMT GLLGLTFQYL ATGESPLANL A AHLANPVG ANITTTLAMY STSGEK

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #7: Lhce7.3

分子名称: Lhce7.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 20.127889 KDa
配列文字列:
RLLWIPNATP PAHLTGEFPG DRGFDPLGLS KDPKVFARMR ISEVFHGRLA MLGIVGCVGQ EWLFNKGAWF DYSDFDLPRL GLIALQVIA PLEYWRGNGG FSWNGNDGPD RSYPGFDPLG LTTEDTKLRE IKNGRLAMSA MLGLEVQSHI TGKSPLTNLG D HLSSPFTA NILTGGGSVA MFSTSGK

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #8: Lhce5

分子名称: Lhce5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.522125 KDa
配列文字列:
HKDGVWFPGA TPPAHLTGEY PADRGFDPLS LAADPTVYAR MRVSEVFHAR LSMLAIVGAI VPEVLGKGAW FEAGNSVDGI KLGFIAMAI AAPTEYWRGN GGFNWDKGAA DRSYPGFDPL KLTTDYTKAA EIKNGRLAMA GLLGLTFQYL ATGESPLANL A AHLANPVG TNITTTLAMY STSGDK

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #9: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 4.512354 KDa
配列文字列:
LTMKYFTTYL STAPVVAVLW FTLTASLLIE INRFFPDIL

+
分子 #10: LhcE6

分子名称: LhcE6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 20.605459 KDa
配列文字列:
EKYRGLWFPN ITPPAYLTGE FPADRGFDPA GLAADPKVYE RMRVAEVFNG RLAMLAIVGC VYPELLGNGV WFEVWNKVDF YRFALISLQ VVAPLEYWRG NGGFGWDGEE KYDRSYPGFD PCNLTTEYTK AAEIKNGRLA MIGMFGLEVQ NHVTAQGPVA N LIEHLRHP LAANIGANLA HPWPPV

+
分子 #11: Lhce8

分子名称: Lhce8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 20.266133 KDa
配列文字列:
VDRPLWFPGG YAPSYLTGQY FGDRGFDPAG LAADPKVFER MRVSEVYHGR LAMLAIVGAV VPDILGKGAW YEAAQNAGIG VNEVAVFTA AYGVVEVARG LKANSDPTKN YPGFDPLKLT TDYTKEAEIK NGRLALTGML GLEVQRHVTG VSPLVNLVEH V KHPLNHNI AESVMHQWPV AMFAATGHK

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #12: PsaM

分子名称: PsaM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 3.445077 KDa
配列文字列:
MEITTNQVYI ALLASLIPAF FAFKLGKSLN Q

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #13: LhcE7

分子名称: LhcE7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.413971 KDa
配列文字列:
ERLLWIPNAT PPAHLTGEFP GDRGFDPLGL AKDPKVYQRM RISEVFHGRL AMLGIVGCVA PELFFSKGAW FDYSDYDLNR LGLIALQVI APLEYWRGNG GFSWDGNDGP DRSYPGFDPL GLTNEETKLQ EIKNGRLAMT AMLGLEVQSH ITGKSPLTNL S EHLSHPLS ANLLTGGGS

+
分子 #14: Lhce10

分子名称: Lhce10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.491924 KDa
配列文字列:
RPVWFPGATP PAYLTGEFPA DRGFDPLGLA KDPATYERMR SSEVFHSRLA MLGVVGSLIP ELQGQGAWYT LSEKQFGPGP NGEVIGFTE LALIGMLFSY PLEYWRGNGG FGWFEEKGDR TYPGFDPLQL TSEYTKTAEI KNGRLAMSAL LGFAVQHATT G ASPLENWA ATTGGSVAMF AA

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #15: Lhce11

分子名称: Lhce11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 18.799404 KDa
配列文字列:
ERATWFPGAK APPHLTGEFP GDRGFDPVDF AANPESFERM RASEVFHGRM AMLGVAGCLI PELLGRGVWF QAGESVDAAQ LGLYFMFLA APSEYWRGNG GFGWDQKEKK AGNRIYPGFD PLKMTSDETK TKEIKNGRLA MIAFLGLVSQ ANTTGVSPFQ N LAAVFGAS PVAML

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex I protein

+
分子 #16: LhcbM4.6

分子名称: LhcbM4.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 22.441398 KDa
配列文字列: RPTWFPGAEA PTWLTGEYPG DRGFDPFGLA KDPADFAKFR DSEVFHGRWA MLGLVGCLVP EVFGNLGIAQ LPAWYDAATV ANTSNLDYL GNPNLVHASN VSFIALSTLL LMGPVEAWRW NGALASEAKS AERTTYPGGP FDPLKLGASP ELKLKEIKNG R LAMVGMFG ...文字列:
RPTWFPGAEA PTWLTGEYPG DRGFDPFGLA KDPADFAKFR DSEVFHGRWA MLGLVGCLVP EVFGNLGIAQ LPAWYDAATV ANTSNLDYL GNPNLVHASN VSFIALSTLL LMGPVEAWRW NGALASEAKS AERTTYPGGP FDPLKLGASP ELKLKEIKNG R LAMVGMFG FWAQSYVTGE GPLANLAAHL ADPAHNNLLN TVAMFAASGE K

UniProtKB: Chloroplast light-harvesting complex II protein

+
分子 #17: LhcbM4.10

分子名称: LhcbM4.10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 21.355328 KDa
配列文字列: RPTWFPGAEA PAWLTGEFPG DRGFDPCGLA RDPVDFAKFR DSEVFHGRWA MLGLVGCLVP EVFGNLGIAQ LPAWYEAGAV ANTGSLDYL GNPNLVHASN VPLIFFTTLL LFLPIEAWRW NGQIAPEAKS KEWTTYPGGL FDPLKLGASP ELKLKEIKNG R LAMVGMFG ...文字列:
RPTWFPGAEA PAWLTGEFPG DRGFDPCGLA RDPVDFAKFR DSEVFHGRWA MLGLVGCLVP EVFGNLGIAQ LPAWYEAGAV ANTGSLDYL GNPNLVHASN VPLIFFTTLL LFLPIEAWRW NGQIAPEAKS KEWTTYPGGL FDPLKLGASP ELKLKEIKNG R LAMVGMFG FWAQSYVTGE GPLANLAAHL ADPAHNNL

+
分子 #18: LhcbM2

分子名称: LhcbM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 24.432914 KDa
配列文字列: GSKWYGPNRP KWLGPLSGGA VPEYLKGEYA GDYGFDTAGL AADPKLFQRY RDAELQNGRW AMLGVLGCLA PEVLSNVFGV PYPEPVWFK TGATILNGGS IDYLANPKLI HASNLLLTLV LELVFFFAAE TWREAGEGPL GKAQDKSYPG GVFDPLGLSK D PAAFAEAK ...文字列:
GSKWYGPNRP KWLGPLSGGA VPEYLKGEYA GDYGFDTAGL AADPKLFQRY RDAELQNGRW AMLGVLGCLA PEVLSNVFGV PYPEPVWFK TGATILNGGS IDYLANPKLI HASNLLLTLV LELVFFFAAE TWREAGEGPL GKAQDKSYPG GVFDPLGLSK D PAAFAEAK VKEVKNGRLA MLAMLGLFVQ AGVTGQSPLE NLSAHLANPG VNFWTSYAPT LAMFAASGRK

UniProtKB: Light harvesting chlorophyll a /b binding protein of PSII

+
分子 #19: LhcbM8

分子名称: LhcbM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 23.914461 KDa
配列文字列: LSDWYGPNRK LFLGPLSDGA PEHLKGELPG DYGFDVLGLA TQPTRLERYR QGEIINGRWA MLGIVGCIVP ELLARNYGVP FPEPVWFKT GATVFSEEGL NYLGNPSLIH AKSIAAILVT EILFVGAAEA FRVSGGPLGP ATDLVYPGKA FDPLGLSKDE T AFAELKVK ...文字列:
LSDWYGPNRK LFLGPLSDGA PEHLKGELPG DYGFDVLGLA TQPTRLERYR QGEIINGRWA MLGIVGCIVP ELLARNYGVP FPEPVWFKT GATVFSEEGL NYLGNPSLIH AKSIAAILVT EILFVGAAEA FRVSGGPLGP ATDLVYPGKA FDPLGLSKDE T AFAELKVK EVKNGRLAML GMLGLFMQGF ATGKGPLQNL ADHLADPTGA NIITFHQRVL SDLGG

+
分子 #20: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 84.550961 KDa
配列文字列: DALPILTITP PEQQVKRVRV AFVSNPVETS FEKWSRPGHF SRLLSKGPNT TTWIWNLHAD AHDFDNHTTD LEDISRKVFS AHFGQLAII EIWLSGMFFH GARFSNYEAW LLDPIHVKPS AQIVWPIVGQ EILNGDVGGN FQGIQITSGL FQLWRSCGIT S EFQLYITA ...文字列:
DALPILTITP PEQQVKRVRV AFVSNPVETS FEKWSRPGHF SRLLSKGPNT TTWIWNLHAD AHDFDNHTTD LEDISRKVFS AHFGQLAII EIWLSGMFFH GARFSNYEAW LLDPIHVKPS AQIVWPIVGQ EILNGDVGGN FQGIQITSGL FQLWRSCGIT S EFQLYITA LTGLIFSAVL FFAGWFHYHK AAPKLEWFQN VESMLNHHLS GLLGLGCLSW AGHQIHVSLP INKLLDSGVN PA ELPLPHD FILDKSLISQ LYPSFSKGLA PFFTFHWSEY SDFLTFRGGL NNVTGGLWLT DVAHHHLALA VLFILAGHMY KTN WKIGHD IKGLLESHTG PFTGQGHKGL YEIFTNSWHA QLSLNLAMMG SLSIIVAQHM YSMPPYPYIA IDYGTELSLF THHY WIGGF CIVGAAAHAA IFMVRDYDPA LNFNNLLDRV LLHRDAIISH LNWVCIFLGL HSFGLYIHND TLSALGRPQD MFSDS AIQL QPVFAQWIQN THYLAPTLTA FNLVSPTTPV WGGDVVSISG KVAMMPIKLG TADFLVHHIH AFTIHVTVLI LLKGVL FSR SSRLIPDKAS LGFRFPCDGP GRGGTCQVSA WDHVFLGLFW MYNSISVAIF HFSWKMQSDV WGTVLANKVS HITGGNF SQ GSLTINGWLR DFLWAQSSQV IQSYGSPLSA YGLMFLGAHF VWAFSLMFLF SGRGYWQELI ESIVWAHNKL KVAPNIQP R ALSITQGRAV GVAHYLLGGI ATTWSFFLAR IISVG

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 12 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 279 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #23: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #24: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 42 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 23 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #27: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 36 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 21 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #29: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #30: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #31: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 8 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

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分子 #32: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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分子 #33: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: crYOLO / 使用した粒子像数: 51871
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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