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- EMDB-63892: C3 convertases zymogen C4b2 in activation state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63892
タイトルC3 convertases zymogen C4b2 in activation state
マップデータ
試料
  • 複合体: complement system C4b2 zymogen in activation state
    • タンパク質・ペプチド: Complement C2
    • タンパク質・ペプチド: Complement C4-B
  • リガンド: NICKEL (II) ION
キーワードcomplement system / classical passway / C3 convertases zymogen / activation state / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


classical-complement-pathway C3/C5 convertase / detection of molecule of bacterial origin / complement binding / opsonization / response to thyroid hormone / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation, GZMK pathway / symbiont cell surface / complement activation ...classical-complement-pathway C3/C5 convertase / detection of molecule of bacterial origin / complement binding / opsonization / response to thyroid hormone / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / complement activation, GZMK pathway / symbiont cell surface / complement activation / Initial triggering of complement / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / response to nutrient / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / carbohydrate binding / blood microparticle / response to lipopolysaccharide / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / axon / synapse / dendrite / cell surface / proteolysis / : / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Complement B/C2 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region ...: / : / Complement C4, MG1 domain / Complement C4A/B CUB C-terminal domain / Complement B/C2 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C2 / Complement C4-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang XK / Xiao JY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Complement C3 Recognition by C3 Convertases
著者: Yang XK / Xiao JY
履歴
登録2025年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.5123248 - 0.8615625
平均 (標準偏差)0.0004290601 (±0.027345454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63892_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63892_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complement system C4b2 zymogen in activation state

全体名称: complement system C4b2 zymogen in activation state
要素
  • 複合体: complement system C4b2 zymogen in activation state
    • タンパク質・ペプチド: Complement C2
    • タンパク質・ペプチド: Complement C4-B
  • リガンド: NICKEL (II) ION

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超分子 #1: complement system C4b2 zymogen in activation state

超分子名称: complement system C4b2 zymogen in activation state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Complement C2

分子名称: Complement C2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: classical-complement-pathway C3/C5 convertase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.363766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGPLMVLFCL LFLYPGLADS APSCPQNVNI SGGTFTLSHG WAPGSLLTYS CPQGLYPSPA SRLCKSSGQW QTPGATRSLS KAVCKPVRC PAPVSFENGI YTPRLGSYPV GGNVSFECED GFILRGSPVR QCRPNGMWDG ETAVCDNGAG HCPNPGISLG A VRTGFRFG ...文字列:
MGPLMVLFCL LFLYPGLADS APSCPQNVNI SGGTFTLSHG WAPGSLLTYS CPQGLYPSPA SRLCKSSGQW QTPGATRSLS KAVCKPVRC PAPVSFENGI YTPRLGSYPV GGNVSFECED GFILRGSPVR QCRPNGMWDG ETAVCDNGAG HCPNPGISLG A VRTGFRFG HGDKVRYRCS SNLVLTGSSE RECQGNGVWS GTEPICRQPY SYDFPEDVAP ALGTSFSHML GATNPTQKTK ES LGRKIQI QRSGHLNLYL LLDCSQSVSE NDFLIFKESA SLMVDRIFSF EINVSVAIIT FASEPKVLMS VLNDNSRDMT EVI SSLENA NYKDHENGTG TNTYAALNSV YLMMNNQMRL LGMETMAWQE IRHAIILLTD GKSNMGGSPK TAVDHIREIL NINQ KRNDY LDIYAIGVGK LDVDWRELNE LGSKKDGERH AFILQDTKAL HQVFEHMLDV SKLTDTICGV GNMSANASDQ ERTPW HVTI KPKSQETCRG ALISDQWVLT AAHCFRDGND HSLWRVNVGD PKSQWGKEFL IEKAVISPGF DVFAKKNQGI LEFYGD DIA LLKLAQKVKM STHARPICLP CTMEANLALR RPQGSTCRDH ENELLNKQSV PAHFVALNGS KLNINLKMGV EWTSCAE VV SQEKTMFPNL TDVREVVTDQ FLCSGTQEDE SPCKGESGGA VFLERRFRFF QVGLVSWGLY NPCLGSADKN SRKRAPRS K VPPPRDFHIN LFRMQPWLRQ HLGDVLNFLP L

UniProtKB: Complement C2

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分子 #2: Complement C4-B

分子名称: Complement C4-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 192.975188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCSP KVDFTLSSER DFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD SLSRTTNIQG INLLFSSRRG HLFLQTDQPI YNPGQRVRYR V FALDQKMR ...文字列:
MRLLWGLIWA SSFFTLSLQK PRLLLFSPSV VHLGVPLSVG VQLQDVPRGQ VVKGSVFLRN PSRNNVPCSP KVDFTLSSER DFALLSLQV PLKDAKSCGL HQLLRGPEVQ LVAHSPWLKD SLSRTTNIQG INLLFSSRRG HLFLQTDQPI YNPGQRVRYR V FALDQKMR PSTDTITVMV ENSHGLRVRK KEVYMPSSIF QDDFVIPDIS EPGTWKISAR FSDGLESNSS TQFEVKKYVL PN FEVKITP GKPYILTVPG HLDEMQLDIQ ARYIYGKPVQ GVAYVRFGLL DEDGKKTFFR GLESQTKLVN GQSHISLSKA EFQ DALEKL NMGITDLQGL RLYVAAAIIE SPGGEMEEAE LTSWYFVSSP FSLDLSKTKR HLVPGAPFLL QALVREMSGS PASG IPVKV SATVSSPGSV PEVQDIQQNT DGSGQVSIPI IIPQTISELQ LSVSAGSPHP AIARLTVAAP PSGGPGFLSI ERPDS RPPR VGDTLNLNLR AVGSGATFSH YYYMILSRGQ IVFMNREPKR TLTSVSVFVD HHLAPSFYFV AFYYHGDHPV ANSLRV DVQ AGACEGKLEL SVDGAKQYRN GESVKLHLET DSLALVALGA LDTALYAAGS KSHKPLNMGK VFEAMNSYDL GCGPGGG DS ALQVFQAAGL AFSDGDQWTL SRKRLSCPKE KTTRKKRNVN FQKAINEKLG QYASPTAKRC CQDGVTRLPM MRSCEQRA A RVQQPDCREP FLSCCQFAES LRKKSRDKGQ AGLQRALEIL QEEDLIDEDD IPVRSFFPEN WLWRVETVDR FQILTLWLP DSLTTWEIHG LSLSKTKGLC VATPVQLRVF REFHLHLRLP MSVRRFEQLE LRPVLYNYLD KNLTVSVHVS PVEGLCLAGG GGLAQQVLV PAGSARPVAF SVVPTAATAV SLKVVARGSF EFPVGDAVSK VLQIEKEGAI HREELVYELN PLDHRGRTLE I PGNSDPNM IPDGDFNSYV RVTASDPLDT LGSEGALSPG GVASLLRLPR GCGEQTMIYL APTLAASRYL DKTEQWSTLP PE TKDHAVD LIQKGYMRIQ QFRKADGSYA AWLSRGSSTW LTAFVLKVLS LAQEQVGGSP EKLQETSNWL LSQQQADGSF QDL SPVIHR SMQGGLVGND ETVALTAFVT IALHHGLAVF QDEGAEPLKQ RVEASISKAS SFLGEKASAG LLGAHAAAIT AYAL TLTKA PADLRGVAHN NLMAMAQETG DNLYWGSVTG SQSNAVSPTP APRNPSDPMP QAPALWIETT AYALLHLLLH EGKAE MADQ AAAWLTRQGS FQGGFRSTQD TVIALDALSA YWIASHTTEE RGLNVTLSST GRNGFKSHAL QLNNRQIRGL EEELQF SLG SKINVKVGGN SKGTLKVLRT YNVLDMKNTT CQDLQIEVTV KGHVEYTMEA NEDYEDYEYD ELPAKDDPDA PLQPVTP LQ LFEGRRNRRR REAPKVVEEQ ESRVHYTVCI WRNGKVGLSG MAIADVTLLS GFHALRADLE KLTSLSDRYV SHFETEGP H VLLYFDSVPT SRECVGFEAV QEVPVGLVQP ASATLYDYYN PERRCSVFYG APSKSRLLAT LCSAEVCQCA EGKCPRQRR ALERGLQDED GYRMKFACYY PRVEYGFQVK VLREDSRAAF RLFETKITQV LHFTKDVKAA ANQMRNFLVR ASCRLRLEPG KEYLIMGLD GATYDLEGHP QYLLDSNSWI EEMPSERLCR STRQRAACAQ LNDFLQEYGT QGCQV

UniProtKB: Complement C4-B

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分子 #3: NICKEL (II) ION

分子名称: NICKEL (II) ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: NI
分子量理論値: 58.693 Da
Chemical component information

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 36092
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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