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- EMDB-63884: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63884
タイトルThe 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb group protein ASXL1
キーワードPR-DUB / nucleosome / H2AK119Ub / BAP1 / BAP1/ASXL1 / ASXL1 K351Ub The 2:1 complex of BAP1-ASXL1-K351Ub and H2AK119Ub nucleosome / NUCLEAR PROTEIN/DNA / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombocyte differentiation / nucleate erythrocyte differentiation / platelet morphogenesis / histone H2A deubiquitinase activity / PR-DUB complex / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / macrophage homeostasis / leukocyte proliferation / lung saccule development / podocyte development ...thrombocyte differentiation / nucleate erythrocyte differentiation / platelet morphogenesis / histone H2A deubiquitinase activity / PR-DUB complex / positive regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / macrophage homeostasis / leukocyte proliferation / lung saccule development / podocyte development / negative regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / myeloid cell apoptotic process / regulation of kidney size / neutrophil differentiation / hematopoietic stem cell homeostasis / common myeloid progenitor cell proliferation / monoubiquitinated protein deubiquitination / tissue homeostasis / protein K48-linked deubiquitination / nuclear retinoic acid receptor binding / peroxisome proliferator activated receptor binding / bone marrow development / : / erythrocyte maturation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / hemopoiesis / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / homeostasis of number of cells / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / protein deubiquitination / Eukaryotic Translation Termination / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / response to retinoic acid / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / heart morphogenesis / negative regulation of megakaryocyte differentiation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / cytosolic ribosome / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / telomere organization / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / Interleukin-7 signaling / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / RNA Polymerase I Promoter Opening / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / Inhibition of DNA recombination at telomere
類似検索 - 分子機能
Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / UCH37-like (ULD) domain profile. / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain ...Polycomb protein ASX/ASX-like / Protein ASX-like, PHD domain / ASX, DEUBAD domain / Asx homology domain / PHD domain of transcriptional enhancer, Asx / UCH37-like (ULD) domain profile. / Peptidase C12, C-terminal domain / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolases / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / DEUBAD domain / DEUBAD (DEUBiquitinase ADaptor) domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase superfamily / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase (UCH) catalytic domain profile. / Peptidase C12, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc-binding ribosomal protein / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B type 1-K / Histone H2A type 1-B/E / Histone H4 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Histone H3.2 / Polycomb group protein ASXL1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Ai HS / Liu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)nos. 22137005, 92253302, 22227810, and T2488301 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Unique Gluing Effect of ASXL1 K351 Monoubiquitination Stimulates PR-DUB-Mediated Nucleosomal H2AK119Ub Deubiquitination
著者: Zhang T / Zheng J / Tong Z / Deng Z / He Z / Wu X / Wang M / Du Y / Xu Z / Tao S / Tian X / Deng H / Pan M / Ai H / Liu L
履歴
登録2025年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63884.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63884.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.060076617 - 0.11997949
平均 (標準偏差)0.00020271486 (±0.0029026186)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Focused BAP1/ASXL1-K351Ub map at 3.60 angstrom

ファイルemd_63884_additional_1.map
注釈Focused BAP1/ASXL1-K351Ub map at 3.60 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Globular postprocessing map at 3.02 angstrom

ファイルemd_63884_additional_2.map
注釈Globular postprocessing map at 3.02 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Globular 3D auto-refine map at 3.51 angstrom

ファイルemd_63884_additional_3.map
注釈Globular 3D auto-refine map at 3.51 angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63884_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_63884_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2...

全体名称: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome
要素
  • 複合体: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb group protein ASXL1

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超分子 #1: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2...

超分子名称: The 1:1 cryo-EM structure of BAP1/ASXL1-K351Ub in complex with H2AK119Ub nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.273838 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL SAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.034355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYS ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #4: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.790018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

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分子 #7: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.205906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: WLELESDPGL FTLLVEDFGV KGVQVEEIYD LQSKCQGPVY GFIFLFKWIE ERRSRRKVST LVDDTSVIDD DIVNNMFFAH QLIPNSCAT HALLSVLLNC SSVDLGPTLS RMKDFTKGFS PESKGYAIGN APELAKAHNS HARPEPRHLP EKQNGLSAVR T MEAFHFVS ...文字列:
WLELESDPGL FTLLVEDFGV KGVQVEEIYD LQSKCQGPVY GFIFLFKWIE ERRSRRKVST LVDDTSVIDD DIVNNMFFAH QLIPNSCAT HALLSVLLNC SSVDLGPTLS RMKDFTKGFS PESKGYAIGN APELAKAHNS HARPEPRHLP EKQNGLSAVR T MEAFHFVS YVPITGRLFE LDGLKVYPID HGPWGEDEEW TDKARRVIME RIGLATAGEP YHDIRFNLMA VVPDRRIKYE AR LHVLKVN RQTVLEALQQ LIRVTQPELI QTHKSQESQL PEESKSASNK SPLVLEANRA PAASEGNHTD GAEEAAGSCA QAP SHSPPN KPKLVVKPPG SSLNGVHPNP TPIVQRLPAF LDNHNYAKSP MQEEEDLAAG VGRSRVPVRP PQQYSDDEDD YEDD EEDDV QNTNSALRYK GKGTGKPGAL SGSADGQLSV LQPNTINVLA EKLKESQKDL SIPLSIKTSS GAGSPAVAVP THSQP SPTP SNESTDTASE IGSAFNSPLR SPIRSANPTR PSSPVTSHIS KVLFGEDDSL LRVDCIRYNR AVRDLGPVIS TGLLHL AED GVLSPLALTE GGKGSSPSIR PIQGSQGSSS PVEKEVVEAT DSREKTGMVR PGEPLSGEKY SPKELLALLK CVEAEIA NY EACLKEEVEK RKKFKIDDQR RTHNYDEFIC TFISMLAQEG MLANLVEQNI SVRRRQGVSI GRLHKQRKP

UniProtKB: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase BAP1

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分子 #8: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

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分子 #9: Polycomb group protein ASXL1

分子名称: Polycomb group protein ASXL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 18.50767 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ATGQMKRNRG EEIDFETPGS ILVNTNLRAL INSRTFHALP SHFQQQLLFL LPEVDRQVGT DGLLRLSSSA LNNEFFTHAA QSWRERLAD GEFTHEMQVR IRQEMEKEKK VEQWKEKFFE DYYGQKLGLT KEESLQQNVG QEEAEIKSGL CVPGHHHHHH

UniProtKB: Polycomb group protein ASXL1

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分子 #5: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.604047 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.145754 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 270505
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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