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- EMDB-63769: the complex of D14 and RGSV P3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63769
タイトルthe complex of D14 and RGSV P3
マップデータ
試料
  • 複合体: the complex of D14 and RGSV P3
    • タンパク質・ペプチド: Strigolactone esterase D14
    • タンパク質・ペプチド: p3
キーワードDAWRF14 / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, Tenuivirus / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
p3 / Strigolactone esterase D14
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ) / Oryza sativa Japonica Group (イネ) / Tenuivirus oryzabrevis (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å
データ登録者Huang YC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2026
タイトル: Editing strigolactone hormone receptor for robust antiviral silencing in rice.
著者: Guoyi Yang / Ming Wu / Shuai Zhang / Yucen Huang / Yixiao Liu / Xiyuan Yu / Jiayang Hu / Le Mi / Peng Gan / Yuansheng Wu / Jing Zou / Baogang Zhang / Qun Hu / Jie Hu / Ruifeng Yao / Bojian ...著者: Guoyi Yang / Ming Wu / Shuai Zhang / Yucen Huang / Yixiao Liu / Xiyuan Yu / Jiayang Hu / Le Mi / Peng Gan / Yuansheng Wu / Jing Zou / Baogang Zhang / Qun Hu / Jie Hu / Ruifeng Yao / Bojian Zhong / Xianbo Huang / Huiting Xie / Yinghua Ji / Yi Li / Jie Zhang / Liming Yan / Shou-Wei Ding / Shanshan Zhao / Jianguo Wu /
要旨: The small interfering RNA (siRNA) pathway directs broad-spectrum antiviral defense through RNA silencing so that virulent infection requires efficient suppression of the defense mechanism. Here, we ...The small interfering RNA (siRNA) pathway directs broad-spectrum antiviral defense through RNA silencing so that virulent infection requires efficient suppression of the defense mechanism. Here, we show that strigolactone (SL) hormone signaling promotes antiviral silencing in rice plants by transcriptional activation of RNA-dependent RNA polymerase 1 (RDR1) and RDR6. We demonstrate that protein P3 of the rice grassy stunt virus (RGSV) blocks SL signaling by directly sequestering the receptor DWARF14 from DWARF3. Structural and functional analyses of the P3-DWARF14 complex reveal that the aspartic acid at position 102 (D102) of DWARF14 is essential for the P3 interaction but not for SL perception. Notably, a single D102N substitution of DWARF14, introduced into two rice cultivars by cytosine base editing (CBE) confers resistance against RGSV by blocking viral suppression of SL signaling-dependent antiviral silencing. Our findings establish a transgene-free strategy for engineering disease resistance by precise genome editing of the SL receptor to escape pathogen suppression of the endogenous defense pathway.
履歴
登録2025年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63769.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63769.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å		0.82 Å/pix.
x 300 pix.
= 246. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.36
最小 - 最大-0.15585956 - 19.800936
平均 (標準偏差)-0.0152177345 (±0.4516574)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 246.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63769_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63769_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : the complex of D14 and RGSV P3

全体名称: the complex of D14 and RGSV P3
要素
  • 複合体: the complex of D14 and RGSV P3
    • タンパク質・ペプチド: Strigolactone esterase D14
    • タンパク質・ペプチド: p3

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超分子 #1: the complex of D14 and RGSV P3

超分子名称: the complex of D14 and RGSV P3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)

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分子 #1: Strigolactone esterase D14

分子名称: Strigolactone esterase D14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 29.519916 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPLGSAKLLQ ILNVRVVGSG ERVVVLSHGF GTDQSAWSRV LPYLTRDHRV VLYDLVCAGS VNPDHFDFRR YDNLDAYVDD LLAILDALR IPRCAFVGHS VSAMIGILAS IRRPDLFAKL VLIGASPRFL NDSDYHGGFE LEEIQQVFDA MGANYSAWAT G YAPLAVGA ...文字列:
GPLGSAKLLQ ILNVRVVGSG ERVVVLSHGF GTDQSAWSRV LPYLTRDHRV VLYDLVCAGS VNPDHFDFRR YDNLDAYVDD LLAILDALR IPRCAFVGHS VSAMIGILAS IRRPDLFAKL VLIGASPRFL NDSDYHGGFE LEEIQQVFDA MGANYSAWAT G YAPLAVGA DVPAAVQEFS RTLFNMRPDI SLHVCQTVFK TDLRGVLGMV RAPCVVVQTT RDVSVPASVA AYLKAHLGGR TT VEFLQTE GHLPHLSAPS LLAQVLRRAL ARY

UniProtKB: Strigolactone esterase D14

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分子 #2: p3

分子名称: p3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tenuivirus oryzabrevis (ウイルス)
分子量理論値: 23.204436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLSSSSSMD IYGNVRPQNW TADDERYMLS LSGLRRFLEY IPHSDRLTVL NWTRHMAAND IQIGALNAFR KKVCDIMYET KDKRINNEL MKLYNELWSK TSSIYNITPC TTCEIYKKEL SQRVPESNIR YETQFIDSRV PIYQFLTPNN VSVVLVQHGN D LPDLNFPR ...文字列:
MSLSSSSSMD IYGNVRPQNW TADDERYMLS LSGLRRFLEY IPHSDRLTVL NWTRHMAAND IQIGALNAFR KKVCDIMYET KDKRINNEL MKLYNELWSK TSSIYNITPC TTCEIYKKEL SQRVPESNIR YETQFIDSRV PIYQFLTPNN VSVVLVQHGN D LPDLNFPR YVPLGQPRHK IAYYSDSRMI GQFLRIDHH

UniProtKB: p3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 103509
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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