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- EMDB-63764: Helical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63764
タイトルHelical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9 fab
マップデータHelical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9V1 map half main map
試料
  • 複合体: dengue virus type 2 bound with J9 fab
    • 複合体: monoclonal antibody J9
      • タンパク質・ペプチド: J9 Heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: J9 Light chain variable region
    • ウイルス: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein
キーワードDengue virus / neutralizing antibody binding / fab-virus complex / E-protein / helical / flavivirus / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.41 Å
データ登録者Roy A / Prasad VM
資金援助 インド, 2件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPG/2021/002433 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/22/1/506233 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural determinants of broadly neutralizing human antibodies binding to morphological dengue virus variants.
著者: Chatterjee A / Roy A / Srinivasan S / Charles S / Lubow J / Goo L / Prasad VM
履歴
登録2025年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63764.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Helical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9V1 map half main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.64 Å/pix.
x 140 pix.
= 649.6 Å		4.64 Å/pix.
x 140 pix.
= 649.6 Å		4.64 Å/pix.
x 140 pix.
= 649.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.304
最小 - 最大-0.23624879 - 1.5402261
平均 (標準偏差)0.04142262 (±0.16495486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 649.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_63764_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Helical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with...

ファイルemd_63764_half_map_1.map
注釈Helical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9V1 map half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Helical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with...

ファイルemd_63764_half_map_2.map
注釈Helical Reconstruction of DENV2/THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9V1 map half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dengue virus type 2 bound with J9 fab

全体名称: dengue virus type 2 bound with J9 fab
要素
  • 複合体: dengue virus type 2 bound with J9 fab
    • 複合体: monoclonal antibody J9
      • タンパク質・ペプチド: J9 Heavy chain variable region
      • タンパク質・ペプチド: J9 Light chain variable region
    • ウイルス: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Envelope Glycoprotein

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超分子 #1: dengue virus type 2 bound with J9 fab

超分子名称: dengue virus type 2 bound with J9 fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Cultured in C6/36 mosquito cell lines and purified from cell supernatent

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超分子 #3: monoclonal antibody J9

超分子名称: monoclonal antibody J9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment generated from papain based proteolytic cleavage of J9 IgG1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: dengue virus type 2

超分子名称: dengue virus type 2 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 11060 / 生物種: dengue virus type 2 / Sci species strain: DENV2/THSTI/TRC/01 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope Glycoprotein

分子名称: Envelope Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: sequence refers to UNZ79673.1 genebank / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: THSTI/TRC/01
分子量理論値: 54.262562 KDa
配列文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKI VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EVKVTPQS ...文字列:
MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKI VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EVKVTPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLSWFKKGS SIGQ MFETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWTM KILIGVVITW IGMNSRSTSL SVSLV LVGV VTLYLGVMVQ A

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分子 #2: J9 Heavy chain variable region

分子名称: J9 Heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.616318 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VRKPGSSVKV SCKTSGGSLN SYGISWVRQA PGGQGLEWMG GIIPFFGTVI YSDNYQGRAS FSSDESTTTA YMELRSLRS EDTAVYYCAR YCYSASCYHN WFDPWGQGTL VTVSTASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
QVQLVQSGAE VRKPGSSVKV SCKTSGGSLN SYGISWVRQA PGGQGLEWMG GIIPFFGTVI YSDNYQGRAS FSSDESTTTA YMELRSLRS EDTAVYYCAR YCYSASCYHN WFDPWGQGTL VTVSTASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKV

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分子 #3: J9 Light chain variable region

分子名称: J9 Light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.693346 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVG SSLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASKRASGFPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP GDFAVYYCQ QRSSWPPYMY TFGQGTKLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
DIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVG SSLAWYQQKP GQAPRLLIYD ASKRASGFPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP GDFAVYYCQ QRSSWPPYMY TFGQGTKLEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HCLNTE buffer
120.0 mMNaClNTE buffer
1.0 mMEDTANTE buffer
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細DENV2 virus and J9 fab mixture with Fab in greater amount.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3847 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.19 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 80.62 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.0)
詳細: Residues involved in atom clashes are the part of immunoglobulin constant region which are appearing to be in head on clash with each other on a dimer on which the Fab bind.
使用した粒子像数: 5769
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
Segment selection選択した数: 19729 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D-cylinder geometry
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.1) / 詳細: Maximum Likelihood
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
source_name: SwissModel, initial_model_type: in silico modelEdimer
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelJ9 fab
詳細map-correlation= 0.8595
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: map correlation
得られたモデル

PDB-9mb1:
Helical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9 fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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