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- EMDB-63406: Cryo-EM analysis of TLR7 in complex with mGrUrC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63406
タイトルCryo-EM analysis of TLR7 in complex with mGrUrC
マップデータ
試料
  • 複合体: TLR7 in complex with mGrUrC
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
    • RNA: RNA (5'-R(*(OMG)P*UP*C)-3')
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTLR7 / Toll like receptor / RNA / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / early phagosome / siRNA binding / endolysosome membrane / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production ...toll-like receptor 7 signaling pathway / toll-like receptor 8 signaling pathway / response to cGMP / early phagosome / siRNA binding / endolysosome membrane / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / positive regulation of interferon-alpha production / JNK cascade / positive regulation of chemokine production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / signaling receptor complex / single-stranded RNA binding / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang Z / Ohto U / Shimizu T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM analysis of TLR7 in complex with mGrUrC
著者: Gantier M
履歴
登録2025年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.06911224 - 0.17702867
平均 (標準偏差)-0.000051169 (±0.005312505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_63406_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63406_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63406_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TLR7 in complex with mGrUrC

全体名称: TLR7 in complex with mGrUrC
要素
  • 複合体: TLR7 in complex with mGrUrC
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
    • RNA: RNA (5'-R(*(OMG)P*UP*C)-3')
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: TLR7 in complex with mGrUrC

超分子名称: TLR7 in complex with mGrUrC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: Toll-like receptor 7

分子名称: Toll-like receptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 94.745594 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: RSPWARWFPK TLPCDVTLDV SKNHVIVDCT DKHLTEIPGG IPTNTTNLTL TINHIPDISP ASFHRLVHLV EIDFRCNCVP IRLGSKSNM CPRRLQIKPR SFSGLTYLKS LYLDGNQLLE IPQGLPPSLQ LLSLEANNIF SIRKEQLTEL ANIEILYLGQ N CYYRNPCY ...文字列:
RSPWARWFPK TLPCDVTLDV SKNHVIVDCT DKHLTEIPGG IPTNTTNLTL TINHIPDISP ASFHRLVHLV EIDFRCNCVP IRLGSKSNM CPRRLQIKPR SFSGLTYLKS LYLDGNQLLE IPQGLPPSLQ LLSLEANNIF SIRKEQLTEL ANIEILYLGQ N CYYRNPCY VSYSIEKDAF LNLTKLKVLS LKDNNVTTVP TVLPSTLTEL YLYNNMIAEI QEDDFNNLNQ LQILDLSGNC PR CYNAPFP CTPCKNNSPL QIPVNAFDAL TELKVLRLHS NSLQHVPPRW FKNINNLQEL DLSQNFLAKE IGDAKFLHFL PNL IQLDLS FNFELQVYRA SMNLSQAFSS LKSLKILRIR GYVFKELKSF QLSPLHNLQN LEVLDLGTNF IKIANLSMFK QFKR LKVID LSVNKISPSG DSLVPRGSSN ARTSVESYEP QVLEQLYYFR YDKYARSCRF KNKEASFTSV QESCYKYGQT LDLSK NSIF FIKSSDFQHL SFLKCLNLSG NLISQTLNGS EFQPLAELRY LDFSNNRLDL LHSTAFEELR KLEVLDISSN SHYFQS EGI THMLNFTKNL KVLQKLMMND NDISSSTSRT MESESLRTLE FRGNHLDVLW RDGDNRYLQL FKNLLKLEEL DISKNSL SF LPSGVFDGMP PNLKNLSLAK NGLKSFIWEK LRYLKNLETL DLSHNQLTTV PERLSNCSRS LKNLILKNNQ IRSLTKYF L QDAFQLRYLD LSSNKIQMIQ KTSFPENVLN NLKMLLLHHN RFLCTCDAVW FVWWVQHTEV TIPYLATDVT CVGPGAHKG QSVISLDLYT CELDLTNEFL VPR

UniProtKB: Toll-like receptor 7

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分子 #2: RNA (5'-R(*(OMG)P*UP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*(OMG)P*UP*C)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 925.622 Da
配列文字列:
(OMG)UC

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 197674
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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